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Viewing changes to include/OpenMS/FORMAT/MascotOutfile.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

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removed removed

Lines of Context:
include/OpenMS/FORMAT/MascotOutfile.h
1
 
// -*- mode: C++; tab-width: 2; -*-
2
 
// vi: set ts=2:
3
 
//
4
 
// --------------------------------------------------------------------------
5
 
//                   OpenMS Mass Spectrometry Framework
6
 
// --------------------------------------------------------------------------
7
 
//  Copyright (C) 2003-2011 -- Oliver Kohlbacher, Knut Reinert
8
 
//
9
 
//  This library is free software; you can redistribute it and/or
10
 
//  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
11
 
//  License as published by the Free Software Foundation; either
12
 
//  version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
13
 
//
14
 
//  This library is distributed in the hope that it will be useful,
15
 
//  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16
 
//  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17
 
//  Lesser General Public License for more details.
18
 
//
19
 
//  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20
 
//  License along with this library; if not, write to the Free Software
21
 
//  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
22
 
//
23
 
// --------------------------------------------------------------------------
24
 
// $Maintainer: Nico Pfeifer $
25
 
// $Authors: $
26
 
// --------------------------------------------------------------------------
27
 
 
28
 
#ifndef OPENMS_FORMAT_MASCOTOUTFILE_H
29
 
#define OPENMS_FORMAT_MASCOTOUTFILE_H
30
 
 
31
 
#include <OpenMS/CONCEPT/Types.h>
32
 
#include <OpenMS/METADATA/PeptideIdentification.h>
33
 
 
34
 
#include <vector>
35
 
 
36
 
namespace OpenMS
37
 
{
38
 
        class ProteinIdentification;
39
 
 
40
 
  /**
41
 
    @brief Representation of a Mascot output file
42
 
    
43
 
                !WARNING!
44
 
 
45
 
                This class is only provided for convenience. The MascotAdapter reads the 
46
 
                output from Mascot via MascotXML and pepXML. E.g. This class does not 
47
 
                provide support for modifications. MascotXML and pepXML can be exported
48
 
                from Mascot using export*.pl scripts.
49
 
                
50
 
    This class serves to read in a Mascot outfile. The information can be 
51
 
    retrieved via the load function.
52
 
        
53
 
        @ingroup FileIO
54
 
  */
55
 
  class OPENMS_DLLAPI MascotOutfile
56
 
  {
57
 
    public:
58
 
      
59
 
      /// Constructor
60
 
      MascotOutfile();
61
 
 
62
 
                  /**
63
 
                    @brief loads data from a Mascot outfile
64
 
                    
65
 
                    @param filename the file to be loaded
66
 
                    @param protein_identification the protein identification
67
 
                    @param peptide_identifications the peptide identifications
68
 
                                @param p the significance level (for the protein hit scores)
69
 
                                @throw ParseError is thrown if the file could not be parsed
70
 
 
71
 
                    This class serves to read in a Mascot outfile. The information can be 
72
 
                    retrieved via the load function. This class is only contained to be compatible with previous versions.
73
 
                    You should use the MascotXMLFile instead. 
74
 
                  */
75
 
                        void load(String filename, ProteinIdentification& protein_identification, std::vector<PeptideIdentification>& peptide_identifications, Real p = 0.05);
76
 
 
77
 
    protected:
78
 
 
79
 
   };
80
 
 
81
 
} //namespace OpenMS
82
 
 
83
 
#endif // OPENMS_FORMAT_MASCOTOUTFILE_H