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Viewing changes to include/OpenMS/ANALYSIS/QUANTITATION/ItraqEightPlexQuantitationMethod.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

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Lines of Context:
include/OpenMS/ANALYSIS/QUANTITATION/ItraqEightPlexQuantitationMethod.h
 
1
// --------------------------------------------------------------------------
 
2
//                   OpenMS -- Open-Source Mass Spectrometry
 
3
// --------------------------------------------------------------------------
 
4
// Copyright The OpenMS Team -- Eberhard Karls University Tuebingen,
 
5
// ETH Zurich, and Freie Universitaet Berlin 2002-2013.
 
6
// 
 
7
// This software is released under a three-clause BSD license:
 
8
//  * Redistributions of source code must retain the above copyright
 
9
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 
10
//  * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 
11
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 
12
//    documentation and/or other materials provided with the distribution.
 
13
//  * Neither the name of any author or any participating institution
 
14
//    may be used to endorse or promote products derived from this software
 
15
//    without specific prior written permission.
 
16
// For a full list of authors, refer to the file AUTHORS.
 
17
// --------------------------------------------------------------------------
 
18
// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
 
19
// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
 
20
// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
 
21
// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL ANY OF THE AUTHORS OR THE CONTRIBUTING
 
22
// INSTITUTIONS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
 
23
// EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
 
24
// PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS;
 
25
// OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
 
26
// WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR
 
27
// OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF
 
28
// ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 
29
// 
 
30
// --------------------------------------------------------------------------
 
31
// $Maintainer: Stephan Aiche $
 
32
// $Authors: Stephan Aiche $
 
33
// --------------------------------------------------------------------------
 
34
 
 
35
#ifndef OPENMS_ANALYSIS_QUANTITATION_ITRAQEIGHTPLEXQUANTITATIONMETHOD_H
 
36
#define OPENMS_ANALYSIS_QUANTITATION_ITRAQEIGHTPLEXQUANTITATIONMETHOD_H
 
37
 
 
38
#include <OpenMS/config.h>
 
39
 
 
40
#include <OpenMS/ANALYSIS/QUANTITATION/IsobaricQuantitationMethod.h>
 
41
 
 
42
namespace OpenMS
 
43
{
 
44
  /**
 
45
    @brief iTRAQ 8 plex quantitation to be used with the IsobaricQuantitation.
 
46
   
 
47
    @htmlinclude OpenMS_ItraqEightPlexQuantitationMethod.parameters
 
48
  */
 
49
  class OPENMS_DLLAPI ItraqEightPlexQuantitationMethod :
 
50
    public IsobaricQuantitationMethod
 
51
  {
 
52
public:
 
53
    /// Default c'tor
 
54
    ItraqEightPlexQuantitationMethod();
 
55
    
 
56
    /// d'tor
 
57
    ~ItraqEightPlexQuantitationMethod();
 
58
 
 
59
    /// Copy c'tor
 
60
    ItraqEightPlexQuantitationMethod(const ItraqEightPlexQuantitationMethod& other);
 
61
 
 
62
    /// Assignment operator
 
63
    ItraqEightPlexQuantitationMethod & operator=(const ItraqEightPlexQuantitationMethod& rhs);
 
64
    
 
65
    /// @brief Methods to implement from IsobaricQuantitationMethod
 
66
    /// @{
 
67
    
 
68
    const String& getName() const;
 
69
    
 
70
    const IsobaricChannelList& getChannelInformation() const;
 
71
    
 
72
    Size getNumberOfChannels() const;
 
73
    
 
74
    virtual Matrix<double> getIsotopeCorrectionMatrix() const;
 
75
    
 
76
    Size getReferenceChannel() const;
 
77
    
 
78
    /// @}
 
79
    
 
80
  private:
 
81
    /// the actuacl information on the different itraq4plex channels.
 
82
    IsobaricChannelList channels_;
 
83
    
 
84
    /// The name of the quantitation method.
 
85
    static const String name_;
 
86
    
 
87
    /// The reference channel for this experiment.
 
88
    Size reference_channel_;
 
89
    
 
90
  protected:
 
91
    /// implemented for DefaultParamHandler
 
92
    void setDefaultParams_();
 
93
    
 
94
    /// implemented for DefaultParamHandler
 
95
    void updateMembers_();
 
96
  };
 
97
} // namespace
 
98
 
 
99
#endif // OPENMS_ANALYSIS_QUANTITATION_ITRAQEIGHTPLEXQUANTITATIONMETHOD_H