← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/openms/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to pyOpenMS/pxds/SemanticValidator.pxd

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
pyOpenMS/pxds/SemanticValidator.pxd
 
1
from libcpp.vector cimport vector as libcpp_vector
 
2
from libcpp cimport bool
 
3
 
 
4
from String cimport *
 
5
from StringList cimport *
 
6
from CVMappings cimport *
 
7
from ControlledVocabulary cimport *
 
8
 
 
9
cdef extern from "<OpenMS/FORMAT/VALIDATORS/SemanticValidator.h>" namespace "OpenMS::Internal":
 
10
 
 
11
    cdef cppclass SemanticValidator:
 
12
 
 
13
        SemanticValidator(CVMappings mapping, ControlledVocabulary cv) nogil except +
 
14
 
 
15
        bool validate(String filename, StringList errors, StringList warnings) nogil except +
 
16
 
 
17
        # Checks if a CVTerm is allowed in a given path
 
18
        # bool locateTerm(String path, SemanticValidator_CVTerm & parsed_term) nogil except +
 
19
 
 
20
        # Sets the CV parameter tag name (default: 'cvParam')
 
21
        void setTag(String tag) nogil except +
 
22
 
 
23
        # Sets the name of the attribute for accessions in the CV parameter tag name (default: 'accession')
 
24
        void setAccessionAttribute(String accession) nogil except +
 
25
 
 
26
        # Sets the name of the attribute for accessions in the CV parameter tag name (default: 'name')
 
27
        void setNameAttribute(String name) nogil except +
 
28
 
 
29
        # Sets the name of the attribute for accessions in the CV parameter tag name (default: 'value')
 
30
        void setValueAttribute(String value) nogil except +
 
31
 
 
32
        # Set if CV term value types should be check (enabled by default)
 
33
        void setCheckTermValueTypes(bool check) nogil except +
 
34
 
 
35
        # Set if CV term units should be check (disabled by default)
 
36
        void setCheckUnits(bool check) nogil except +
 
37
 
 
38
        # Sets the name of the unit accession attribute (default: 'unitAccession')
 
39
        void setUnitAccessionAttribute(String accession) nogil except +
 
40
 
 
41
        # Sets the name of the unit name attribute (default: 'unitName')
 
42
        void setUnitNameAttribute(String name) nogil except +
 
43
 
 
44
cdef extern from "<OpenMS/FORMAT/VALIDATORS/SemanticValidator.h>" namespace "OpenMS::Internal::SemanticValidator":
 
45
 
 
46
      cdef cppclass SemanticValidator_CVTerm "OpenMS::Internal::SemanticValidator::CVTerm":
 
47
        SemanticValidator_CVTerm() nogil except +
 
48
        SemanticValidator_CVTerm(SemanticValidator_CVTerm) nogil except +
 
49
        String accession
 
50
        String name
 
51
        String value
 
52
        bool has_value
 
53
        String unit_accession
 
54
        bool has_unit_accession
 
55
        String unit_name
 
56
        bool has_unit_name