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Viewing changes to include/OpenMS/ANALYSIS/DENOVO/CompNovoIonScoring.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

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Lines of Context:
include/OpenMS/ANALYSIS/DENOVO/CompNovoIonScoring.h
1
 
// -*- Mode: C++; tab-width: 2; -*-
2
 
// vi: set ts=2:
3
 
//
4
 
// --------------------------------------------------------------------------
5
 
//                   OpenMS Mass Spectrometry Framework
6
 
// --------------------------------------------------------------------------
7
 
//  Copyright (C) 2003-2011 -- Oliver Kohlbacher, Knut Reinert
8
 
//
9
 
//  This library is free software; you can redistribute it and/or
10
 
//  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
11
 
//  License as published by the Free Software Foundation; either
12
 
//  version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
13
 
//
14
 
//  This library is distributed in the hope that it will be useful,
15
 
//  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16
 
//  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17
 
//  Lesser General Public License for more details.
18
 
//
19
 
//  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20
 
//  License along with this library; if not, write to the Free Software
21
 
//  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
 
1
// --------------------------------------------------------------------------
 
2
//                   OpenMS -- Open-Source Mass Spectrometry
 
3
// --------------------------------------------------------------------------
 
4
// Copyright The OpenMS Team -- Eberhard Karls University Tuebingen,
 
5
// ETH Zurich, and Freie Universitaet Berlin 2002-2013.
 
6
//
 
7
// This software is released under a three-clause BSD license:
 
8
//  * Redistributions of source code must retain the above copyright
 
9
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 
10
//  * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 
11
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 
12
//    documentation and/or other materials provided with the distribution.
 
13
//  * Neither the name of any author or any participating institution
 
14
//    may be used to endorse or promote products derived from this software
 
15
//    without specific prior written permission.
 
16
// For a full list of authors, refer to the file AUTHORS.
 
17
// --------------------------------------------------------------------------
 
18
// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
 
19
// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
 
20
// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
 
21
// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL ANY OF THE AUTHORS OR THE CONTRIBUTING
 
22
// INSTITUTIONS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
 
23
// EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
 
24
// PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS;
 
25
// OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
 
26
// WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR
 
27
// OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF
 
28
// ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
22
29
//
23
30
// --------------------------------------------------------------------------
24
31
// $Maintainer: Sandro Andreotti $
44
51
 
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52
namespace OpenMS
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53
{
47
 
        /**
48
 
          @brief  run with CompNovoIonScoring
49
 
 
50
 
                @htmlinclude OpenMS_CompNovoIonScoring.parameters
51
 
                
52
 
                @ingroup Analysis_DeNovo
53
 
        */
54
 
        class OPENMS_DLLAPI CompNovoIonScoring : public CompNovoIonScoringBase
55
 
        {
56
 
 
57
 
                public:
58
 
 
59
 
                        typedef CompNovoIonScoringBase::IsotopeType IsotopeType;
60
 
                        typedef CompNovoIonScoringBase::IonScore IonScore;
61
 
 
62
 
                                                
63
 
                        /** @name constructors and destructors
64
 
                         */
65
 
                        //@{
66
 
                        /// default constructor
67
 
                        CompNovoIonScoring();
68
 
                        
69
 
                        /// copy constructor
70
 
                        CompNovoIonScoring(const CompNovoIonScoring& source);
71
 
                        
72
 
                        /// destructor
73
 
                        virtual ~CompNovoIonScoring();
74
 
                        //@}
75
 
                
76
 
                        /// assignment operator
77
 
                        CompNovoIonScoring& operator = (const CompNovoIonScoring& source);
78
 
 
79
 
                        /** @name Accessors
80
 
                         */
81
 
                        //@{
82
 
                        void scoreSpectra(Map<DoubleReal, IonScore>& CID_ion_scores, PeakSpectrum& CID_spec, PeakSpectrum& ETD_spec, DoubleReal precursor_weight, Size charge);
83
 
                        //@}
84
 
 
85
 
                protected:
86
 
 
87
 
                        void scoreETDFeatures_(Size charge, DoubleReal precursor_weight, Map<DoubleReal, IonScore>& CID_nodes, const PeakSpectrum& CID_orig_spec, const PeakSpectrum& ETD_orig_spec);
88
 
 
89
 
                        void scoreWitnessSet_(Size charge, DoubleReal precursor_weight, Map<DoubleReal, IonScore>& CID_nodes, const PeakSpectrum& CID_orig_spec);
90
 
                        
91
 
        };
 
54
  /**
 
55
    @brief  run with CompNovoIonScoring
 
56
 
 
57
      @htmlinclude OpenMS_CompNovoIonScoring.parameters
 
58
 
 
59
      @ingroup Analysis_DeNovo
 
60
  */
 
61
  class OPENMS_DLLAPI CompNovoIonScoring :
 
62
    public CompNovoIonScoringBase
 
63
  {
 
64
 
 
65
public:
 
66
 
 
67
    typedef CompNovoIonScoringBase::IsotopeType IsotopeType;
 
68
    typedef CompNovoIonScoringBase::IonScore IonScore;
 
69
 
 
70
 
 
71
    /** @name constructors and destructors
 
72
     */
 
73
    //@{
 
74
    /// default constructor
 
75
    CompNovoIonScoring();
 
76
 
 
77
    /// copy constructor
 
78
    CompNovoIonScoring(const CompNovoIonScoring & source);
 
79
 
 
80
    /// destructor
 
81
    virtual ~CompNovoIonScoring();
 
82
    //@}
 
83
 
 
84
    /// assignment operator
 
85
    CompNovoIonScoring & operator=(const CompNovoIonScoring & source);
 
86
 
 
87
    /** @name Accessors
 
88
     */
 
89
    //@{
 
90
    void scoreSpectra(Map<DoubleReal, IonScore> & CID_ion_scores, PeakSpectrum & CID_spec, PeakSpectrum & ETD_spec, DoubleReal precursor_weight, Size charge);
 
91
    //@}
 
92
 
 
93
protected:
 
94
 
 
95
    void scoreETDFeatures_(Size charge, DoubleReal precursor_weight, Map<DoubleReal, IonScore> & CID_nodes, const PeakSpectrum & CID_orig_spec, const PeakSpectrum & ETD_orig_spec);
 
96
 
 
97
    void scoreWitnessSet_(Size charge, DoubleReal precursor_weight, Map<DoubleReal, IonScore> & CID_nodes, const PeakSpectrum & CID_orig_spec);
 
98
 
 
99
  };
92
100
 
93
101
}
94
102