~ubuntu-branches/ubuntu/wily/openms/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/html/formula.repository

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
 
1
\form#0:\[ w_{RT} \cdot \left( \frac{\left| RT_1 - RT_2 \right|}{\Delta RT_{max}} \right)^{p_{RT}} + w_{MZ} \cdot \left( \frac{\left| MZ_1 - MZ_2 \right|}{\Delta MZ_{max}} \right)^{p_{MZ}} + w_{int} \cdot \left( \frac{\left| int_1 - int_2 \right|}{int_{max}} \right)^{p_{int}} \]
 
2
\form#1:$ RT_i $
 
3
\form#2:$ MZ_i $
 
4
\form#3:$ int_i $
 
5
\form#4:$ {\Delta RT_{max}} $
 
6
\form#5:$ {\Delta MZ_{max}} $
 
7
\form#6:$ int_{max} $
 
8
\form#7:$ w_X $
 
9
\form#8:$ p_X $
 
10
\form#9:$\Delta_\textit{RT}$
 
11
\form#10:$\Delta_\textit{MZ}$
 
12
\form#11:\[ \frac{1}{ \big( 1 + \Delta_\textit{RT} \cdot \textit{diff\_intercept\_RT} \big)^\textit{diff\_exponent\_RT} \cdot \big( 1 + \Delta_\textit{MZ} \cdot \textit{diff\_intercept\_MZ} \big)^\textit{diff\_exponent\_MZ} } \]
 
13
\form#12:$\Delta=0$
 
14
\form#13:\[ q_{i,j} = \big( 1 - d_{i,j} \big) \cdot \big( 1 - \frac{g \cdot d_{i,j}}{d_{2,i}} \big) \cdot \big( 1 - \frac{g \cdot d_{i,j}}{d_{2,j}} \big) \cdot \]
 
15
\form#14:$ q_{i,j} $
 
16
\form#15:$ d_{i,j} $
 
17
\form#16:$ d_{2,i} $
 
18
\form#17:$d_{2,j} $
 
19
\form#18:$ 0 \leq d_{i,j} \leq 1 $
 
20
\form#19:$ g \cdot d_{i,j} \leq d_{2,i} $
 
21
\form#20:$ g \cdot d_{i,j} \leq d_{2,j} $
 
22
\form#21:$ q_i $
 
23
\form#22:$ q_j $
 
24
\form#23:\[ q = \frac{q_{i,j} + (s_i - 1) \cdot q_i + (s_j - 1) \cdot q_j}{s_i + s_j - 1} \]
 
25
\form#24:$ s_i $
 
26
\form#25:$ s_j $
 
27
\form#26:$ f(x) = x $
 
28
\form#27:$ f(x) = slope * x + intercept $
 
29
\form#28:$ y - x $
 
30
\form#29:$ y + x $
 
31
\form#30:$ 1 + 10^{-5} $
 
32
\form#31:$ 10^{-5} $
 
33
\form#32:$1.60217738 \cdot 10^{-19} C$
 
34
\form#33:$9.1093897 \cdot 10^{-31}$
 
35
\form#34:$1,822.88850204(77)^{-1}$
 
36
\form#35:$1.6726230 \cdot 10^{-27}$
 
37
\form#36:$1.00727646677(10)$
 
38
\form#37:$1.0033548$
 
39
\form#38:$1.6749286 \cdot 10^{-27}$
 
40
\form#39:$1.0086649156(6)$
 
41
\form#40:$mol^{-1}$
 
42
\form#41:$6.0221367 \cdot 10^{23} mol^{-1}$
 
43
\form#42:$1.380657 \cdot 10^{-23}$
 
44
\form#43:$6.6260754 \cdot 10^{-34}$
 
45
\form#44:$5.29177249 \cdot 10^{-11}$
 
46
\form#45:$C^2J^{-1}m^{-1}$
 
47
\form#46:$8.85419 \cdot 10^{-12} C^2J^{-1}m^{-1}$
 
48
\form#47:$Js^2C^{-2}m^{-1}$
 
49
\form#48:$4\pi \cdot 10^{-7} Js^2C^{-2}m^{-1}$
 
50
\form#49:$2.99792458 \cdot 10^8 ms^{-1}$
 
51
\form#50:$Nm^2kg^{-2}$
 
52
\form#51:$6.67259 \cdot 10^{-11} Nm^2kg^{-2}$
 
53
\form#52:$7.29735 \cdot 10^{-3}$
 
54
\form#53:$2^{24}/10^{6}=16.777216$
 
55
\form#54:$2^{53}/10^{15}=9.007199254740992$
 
56
\form#55:$ 10^9*60*60*24*365*100 / 2^{64} \doteq 0.17 $
 
57
\form#56:$x_0, x_1, x_2, ...$
 
58
\form#57:$x$
 
59
\form#58:$ i $
 
60
\form#59:\[ \mathrm{erosion}_i = \min\{x_{i-\mathrm{struc\_size}/2}, \ldots, x_{i+\mathrm{struc\_size}/2}\} \]
 
61
\form#60:\[ \mathrm{dilation}_i = \max\{x_{i-\mathrm{struc\_size}/2}, \ldots, x_{i+\mathrm{struc\_size}/2}\} \]
 
62
\form#61:$ \emph{coeffs} $
 
63
\form#62:$ \emph{frameSize} $
 
64
\form#63:\[ \emph{coeff}(x) = \frac{1}{\sigma \sqrt{2\pi}} e^{\frac{-x^2}{2\sigma^2}} \]
 
65
\form#64:$ x=[-\frac{frameSize}{2},...,\frac{frameSize}{2}] $
 
66
\form#65:$ \sigma $
 
67
\form#66:$ f_i $
 
68
\form#67:$g_i$
 
69
\form#68:$ c_n $
 
70
\form#69:$C \in R^{frameSize \times frameSize}$
 
71
\form#70:\[ C= \left[ \begin{array}{cccc} c_{0,0} & c_{0,1} & \cdots & c_{0,frameSize-1} \\ \vdots & & & \vdots \\ c_{frameSize-1,0} & c_{frameSize-1,2} & \ldots & c_{frameSize-1,frameSize-1} \end{array} \right]\]
 
72
\form#71:$ \frac{frameSize}{2} $
 
73
\form#72:$ C $
 
74
\form#73:$ frameSize $
 
75
\form#74:$ frameSize-1 $
 
76
\form#75:$ frameSize-2 $
 
77
\form#76:\[ A=\left[ \begin{array}{ccc} x_0^0 & x_0^1 & x_0^2 \\ \\ x_1^0 & x_1^1 & x_1^2 \\ \\ x_2^0 & x_2^1 & x_2^2 \\ \\ x_3^0 & x_3^1 & x_3^2 \\ \\ x_4^0 & x_4^1 & x_4^2 \end{array} \right]. \]
 
78
\form#77:$ x=[0,\ldots, frameSize-1] $
 
79
\form#78:\[ Ac=b \]
 
80
\form#79:$ b=[1,0,\ldots,0] $
 
81
\form#80:\[ A^TAc=A^Tb. \]
 
82
\form#81:\[ c_n=\sum_{m=0}^8 \{(A^TA)^{-1}\}_{0,m} n^m, \]
 
83
\form#82:$ 0\le n \le 8$
 
84
\form#83:$c=[c_0,\ldots,c_8] $
 
85
\form#84:$ Y(c,x) = c_0 + c_1 x $
 
86
\form#85:$ (c_0,c_1) $
 
87
\form#86:$ Y = c_0 + c_1 X $
 
88
\form#87:$ (x, y) $
 
89
\form#88:$ (x,y) $
 
90
\form#89:$ (c_0) $
 
91
\form#90:$ Y = c_1 X $
 
92
\form#91:$ \longrightarrow $
 
93
\form#92:\[ S = \frac{1}{1 + \exp(-(a + b \cdot \Delta_{RT}^2 + c \cdot d_{int}))} \]
 
94
\form#93:$ \Delta_{RT} $
 
95
\form#94:$ d_{int} $
 
96
\form#95:$ a, b, c $
 
97
\form#96:$y_i = a + bx_i + cx_i^2$
 
98
\form#97:$x_i$
 
99
\form#98:$a$
 
100
\form#99:$b$
 
101
\form#100:$c$
 
102
\form#101:$ minPosition()[x] \le maxPosition()[x]$