← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/openms/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to pyOpenMS/pxds/MSSpectrum.pxd

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
pyOpenMS/pxds/MSSpectrum.pxd
 
1
from libcpp.vector cimport vector as libcpp_vector
 
2
from libcpp.string cimport string as libcpp_string
 
3
from SpectrumSettings cimport *
 
4
from MetaInfoInterface cimport *
 
5
from Peak1D cimport *
 
6
from RichPeak1D cimport *
 
7
from String cimport *
 
8
 
 
9
# this class has addons, see the ./addons folder
 
10
 
 
11
cdef extern from "<OpenMS/KERNEL/MSSpectrum.h>" namespace "OpenMS":
 
12
 
 
13
    cdef cppclass MSSpectrum[PeakT](SpectrumSettings, MetaInfoInterface):
 
14
        # wrap-inherits:
 
15
        #  SpectrumSettings
 
16
        #  MetaInfoInterface
 
17
 
 
18
        # wrap-instances:
 
19
        #   MSSpectrum := MSSpectrum[Peak1D]
 
20
        #   RichMSSpectrum := MSSpectrum[RichPeak1D]
 
21
        #   ChromatogramSpectrum := MSSpectrum[ChromatogramPeak]
 
22
 
 
23
 
 
24
        MSSpectrum() nogil except +
 
25
        MSSpectrum(MSSpectrum[PeakT]) nogil except + 
 
26
        double getRT() nogil except +
 
27
        void   setRT(double) nogil except +
 
28
        unsigned int getMSLevel() nogil except +
 
29
        void setMSLevel(unsigned int) nogil except +
 
30
 
 
31
        libcpp_string getName() nogil except +
 
32
        void setName(libcpp_string) nogil except +
 
33
 
 
34
        Size size() nogil except +
 
35
 
 
36
        PeakT operator[](int) nogil except + # wrap-upper-limit:size()
 
37
 
 
38
        void updateRanges() nogil except +
 
39
        void clear(int) nogil except +
 
40
        void push_back(PeakT)  nogil except +
 
41
 
 
42
        bool isSorted() nogil except +
 
43
 
 
44
        int findNearest(double) nogil except+
 
45
 
 
46
        void assign(libcpp_vector[Peak1D].iterator, libcpp_vector[Peak1D].iterator) nogil except + # wrap-ignore
 
47
        libcpp_vector[PeakT].iterator begin() nogil except +  # wrap-iter-begin:__iter__(PeakT)
 
48
        libcpp_vector[PeakT].iterator end()   nogil except +  # wrap-iter-end:__iter__(PeakT)
 
49
 
 
50
        bool operator==(MSSpectrum[PeakT]) nogil except +
 
51
        bool operator!=(MSSpectrum[PeakT]) nogil except +
 
52
 
 
53
        # FloatDataArrays  getFloatDataArrays()
 
54
        # FloatDataArrays  getFloatDataArrays()
 
55
        # StringDataArrays  getStringDataArrays()
 
56
        # StringDataArrays  getStringDataArrays()
 
57
        # IntegerDataArrays  getIntegerDataArrays()
 
58
        # IntegerDataArrays  getIntegerDataArrays()
 
59
 
 
60
        void sortByIntensity(bool reverse)
 
61
        void sortByPosition()
 
62
 
 
63
        void getKeys(libcpp_vector[String] & keys)
 
64
        void getKeys(libcpp_vector[unsigned int] & keys)
 
65
        DataValue getMetaValue(unsigned int) nogil except +
 
66
        DataValue getMetaValue(String) nogil except +
 
67
        void setMetaValue(unsigned int, DataValue) nogil except +
 
68
        void setMetaValue(String, DataValue) nogil except +
 
69
        bool metaValueExists(String) nogil except +
 
70
        bool metaValueExists(unsigned int) nogil except +
 
71
        void removeMetaValue(String) nogil except +
 
72
        void removeMetaValue(unsigned int) nogil except +
 
73