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Viewing changes to include/OpenMS/ANALYSIS/OPENSWATH/DATAACCESS/MRMFeatureAccessOpenMS.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

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Lines of Context:
include/OpenMS/ANALYSIS/OPENSWATH/DATAACCESS/MRMFeatureAccessOpenMS.h
 
1
// --------------------------------------------------------------------------
 
2
//                   OpenMS -- Open-Source Mass Spectrometry
 
3
// --------------------------------------------------------------------------
 
4
// Copyright The OpenMS Team -- Eberhard Karls University Tuebingen,
 
5
// ETH Zurich, and Freie Universitaet Berlin 2002-2013.
 
6
//
 
7
// This software is released under a three-clause BSD license:
 
8
//  * Redistributions of source code must retain the above copyright
 
9
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 
10
//  * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 
11
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 
12
//    documentation and/or other materials provided with the distribution.
 
13
//  * Neither the name of any author or any participating institution
 
14
//    may be used to endorse or promote products derived from this software
 
15
//    without specific prior written permission.
 
16
// For a full list of authors, refer to the file AUTHORS.
 
17
// --------------------------------------------------------------------------
 
18
// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
 
19
// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
 
20
// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
 
21
// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL ANY OF THE AUTHORS OR THE CONTRIBUTING
 
22
// INSTITUTIONS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
 
23
// EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
 
24
// PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS;
 
25
// OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
 
26
// WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR
 
27
// OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF
 
28
// ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 
29
//
 
30
// --------------------------------------------------------------------------
 
31
// $Maintainer: Hannes Roest $
 
32
// $Authors: Hannes Roest $
 
33
// --------------------------------------------------------------------------
 
34
 
 
35
#ifndef OPENMS_ANALYSIS_OPENSWATH_DATAACCESS_MRMFEATUREACCESSOPENMS_H
 
36
#define OPENMS_ANALYSIS_OPENSWATH_DATAACCESS_MRMFEATUREACCESSOPENMS_H
 
37
 
 
38
#include <OpenMS/ANALYSIS/OPENSWATH/OPENSWATHALGO/DATAACCESS/ITransition.h>
 
39
 
 
40
#include <OpenMS/KERNEL/Feature.h>
 
41
#include <OpenMS/KERNEL/MRMFeature.h>
 
42
#include <OpenMS/KERNEL/MRMTransitionGroup.h>
 
43
#include <OpenMS/FILTERING/NOISEESTIMATION/SignalToNoiseEstimatorMedian.h>
 
44
 
 
45
#include <boost/shared_ptr.hpp>
 
46
 
 
47
// These classes are minimal implementations of the interfaces defined in ITransition:
 
48
//  - IFeature
 
49
//  - IMRMFeature
 
50
//  - ITransitionGroup
 
51
//  - ISignalToNoise
 
52
 
 
53
namespace OpenMS
 
54
{
 
55
  /**
 
56
    @brief An implementation of the OpenSWATH Feature Access interface using OpenMS
 
57
 
 
58
  */
 
59
  class OPENMS_DLLAPI FeatureOpenMS :
 
60
    public OpenSwath::IFeature
 
61
  {
 
62
public:
 
63
 
 
64
    explicit FeatureOpenMS(Feature& feature);
 
65
 
 
66
    ~FeatureOpenMS();
 
67
 
 
68
    void getRT(std::vector<double>& rt);
 
69
 
 
70
    void getIntensity(std::vector<double>& intens);
 
71
 
 
72
    float getIntensity();
 
73
 
 
74
    double getRT();
 
75
 
 
76
private:
 
77
    Feature* feature_;
 
78
  };
 
79
 
 
80
  /**
 
81
    @brief An implementation of the OpenSWATH MRM Feature Access interface using OpenMS
 
82
 
 
83
  */
 
84
  class OPENMS_DLLAPI MRMFeatureOpenMS :
 
85
    public OpenSwath::IMRMFeature
 
86
  {
 
87
public:
 
88
 
 
89
    explicit MRMFeatureOpenMS(MRMFeature& mrmfeature);
 
90
 
 
91
    ~MRMFeatureOpenMS();
 
92
 
 
93
    boost::shared_ptr<OpenSwath::IFeature> getFeature(std::string nativeID);
 
94
 
 
95
    float getIntensity();
 
96
 
 
97
    double getRT();
 
98
 
 
99
private:
 
100
    const MRMFeature& mrmfeature_;
 
101
    std::map<std::string, boost::shared_ptr<FeatureOpenMS> > features_;
 
102
  };
 
103
 
 
104
  /**
 
105
    @brief An implementation of the OpenSWATH Transition Group Access interface using OpenMS
 
106
 
 
107
  */
 
108
  template <typename SpectrumT, typename TransitionT>
 
109
  class OPENMS_DLLAPI TransitionGroupOpenMS :
 
110
    public OpenSwath::ITransitionGroup
 
111
  {
 
112
public:
 
113
 
 
114
    TransitionGroupOpenMS(MRMTransitionGroup<SpectrumT, TransitionT>& trgroup) :
 
115
      trgroup_(trgroup)
 
116
    {
 
117
    }
 
118
 
 
119
    ~TransitionGroupOpenMS()
 
120
    {
 
121
    }
 
122
 
 
123
    std::size_t size()
 
124
    {
 
125
      return trgroup_.size();
 
126
    }
 
127
 
 
128
    std::vector<std::string> getNativeIDs()
 
129
    {
 
130
      std::vector<std::string> result;
 
131
      for (std::size_t i = 0; i < this->size(); i++)
 
132
      {
 
133
        result.push_back(trgroup_.getChromatograms()[i].getNativeID());
 
134
      }
 
135
      return result;
 
136
    }
 
137
 
 
138
    void getLibraryIntensities(std::vector<double>& intensities)
 
139
    {
 
140
      trgroup_.getLibraryIntensity(intensities);
 
141
    }
 
142
 
 
143
private:
 
144
    const MRMTransitionGroup<SpectrumT, TransitionT>& trgroup_;
 
145
  };
 
146
 
 
147
  /**
 
148
    @brief An implementation of the OpenSWATH SignalToNoise Access interface using OpenMS
 
149
 
 
150
  */
 
151
  template <typename PeakT>
 
152
  class OPENMS_DLLAPI SignalToNoiseOpenMS :
 
153
    public OpenSwath::ISignalToNoise
 
154
  {
 
155
public:
 
156
 
 
157
    SignalToNoiseOpenMS(OpenMS::MSSpectrum<PeakT>& chromat,
 
158
                        double sn_win_len_, unsigned int sn_bin_count_) :
 
159
      chromatogram_(chromat), sn_()
 
160
    {
 
161
      OpenMS::Param snt_parameters = sn_.getParameters();
 
162
      snt_parameters.setValue("win_len", sn_win_len_);
 
163
      snt_parameters.setValue("bin_count", sn_bin_count_);
 
164
      sn_.setParameters(snt_parameters);
 
165
      sn_.init(chromatogram_);
 
166
    }
 
167
 
 
168
    double getValueAtRT(double RT)
 
169
    {
 
170
      typename OpenMS::MSSpectrum<PeakT>::const_iterator it = chromatogram_.MZBegin(RT);
 
171
      return sn_.getSignalToNoise(*it);
 
172
    }
 
173
 
 
174
private:
 
175
    const OpenMS::MSSpectrum<PeakT>& chromatogram_;
 
176
    OpenMS::SignalToNoiseEstimatorMedian<OpenMS::MSSpectrum<PeakT> > sn_;
 
177
  };
 
178
 
 
179
}
 
180
 
 
181
#endif