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Viewing changes to source/TEST/FastaIterator_test.C

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

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Lines of Context:
source/TEST/FastaIterator_test.C
1
 
// -*- mode: C++; tab-width: 2; -*-
2
 
// vi: set ts=2:
3
 
//
4
 
// --------------------------------------------------------------------------
5
 
//                   OpenMS Mass Spectrometry Framework
6
 
// --------------------------------------------------------------------------
7
 
//  Copyright (C) 2003-2011 -- Oliver Kohlbacher, Knut Reinert
8
 
//
9
 
//  This library is free software; you can redistribute it and/or
10
 
//  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
11
 
//  License as published by the Free Software Foundation; either
12
 
//  version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
13
 
//
14
 
//  This library is distributed in the hope that it will be useful,
15
 
//  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16
 
//  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17
 
//  Lesser General Public License for more details.
18
 
//
19
 
//  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20
 
//  License along with this library; if not, write to the Free Software
21
 
//  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
22
 
//
 
1
// --------------------------------------------------------------------------
 
2
//                   OpenMS -- Open-Source Mass Spectrometry               
 
3
// --------------------------------------------------------------------------
 
4
// Copyright The OpenMS Team -- Eberhard Karls University Tuebingen,
 
5
// ETH Zurich, and Freie Universitaet Berlin 2002-2013.
 
6
// 
 
7
// This software is released under a three-clause BSD license:
 
8
//  * Redistributions of source code must retain the above copyright
 
9
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 
10
//  * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 
11
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 
12
//    documentation and/or other materials provided with the distribution.
 
13
//  * Neither the name of any author or any participating institution 
 
14
//    may be used to endorse or promote products derived from this software 
 
15
//    without specific prior written permission.
 
16
// For a full list of authors, refer to the file AUTHORS. 
 
17
// --------------------------------------------------------------------------
 
18
// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
 
19
// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
 
20
// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
 
21
// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL ANY OF THE AUTHORS OR THE CONTRIBUTING 
 
22
// INSTITUTIONS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, 
 
23
// EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, 
 
24
// PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; 
 
25
// OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, 
 
26
// WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR 
 
27
// OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF 
 
28
// ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 
29
// 
23
30
// --------------------------------------------------------------------------
24
31
// $Maintainer: Clemens Groepl, Andreas Bertsch $
25
32
// $Authors: Chris Bauer $
36
43
using namespace OpenMS;
37
44
using namespace std;
38
45
 
39
 
START_TEST(FastaIterator, "$Id: FastaIterator_test.C 8215 2011-03-29 14:18:26Z aiche $")
 
46
START_TEST(FastaIterator, "$Id: FastaIterator_test.C 10915 2013-04-04 20:14:57Z aiche $")
40
47
 
41
48
/////////////////////////////////////////////////////////////
42
49
/////////////////////////////////////////////////////////////
93
100
 
94
101
START_SECTION(virtual PepIterator* operator++(int i))
95
102
        ptr = new FastaIterator();
96
 
        TEST_EXCEPTION (Exception::InvalidIterator, (*ptr)++);
97
 
        ptr->setFastaFile(OPENMS_GET_TEST_DATA_PATH("FastaIterator_test.fasta"));
98
 
        ptr->begin();
99
 
        FASTAEntry fe = **ptr;
100
 
        PepIterator * pepIt = (*ptr)++;
101
 
        TEST_EQUAL ((**pepIt).first,fe.first);
102
 
        TEST_EQUAL ((**pepIt).second,fe.second);
 
103
        TEST_EXCEPTION (Exception::NotImplemented, (*ptr)++);
103
104
END_SECTION
104
105
 
105
106
START_SECTION(virtual bool begin())
116
117
        ptr = new FastaIterator();
117
118
        ptr->setFastaFile(OPENMS_GET_TEST_DATA_PATH("FastaIterator_test.fasta"));
118
119
        ptr->begin();
119
 
        for (int i = 0; i < 5;i++)
 
120
        for (int i = 0; i < 5; i++)
120
121
        {
121
122
                TEST_EQUAL(ptr->isAtEnd(), false);
122
123
                ++(*ptr);
124
125
        TEST_EQUAL(ptr->isAtEnd(), true);
125
126
END_SECTION
126
127
 
127
 
START_SECTION(FastaIterator(const FastaIterator &))
128
 
        ptr = new FastaIterator();
129
 
        ptr->setFastaFile(OPENMS_GET_TEST_DATA_PATH("FastaIterator_test.fasta"));
130
 
        ptr->begin();
131
 
        ++*ptr;
132
 
        ++*ptr;
133
 
        FastaIterator copy (*ptr);
134
 
        TEST_EQUAL((**ptr).first,(*copy).first);
135
 
        TEST_EQUAL((**ptr).second,(*copy).second);
136
 
        TEST_EQUAL((*ptr).getFastaFile(),(copy).getFastaFile());
137
 
END_SECTION
138
 
 
139
 
 
140
128
 
141
129
START_SECTION(virtual void setSpectrum(const std::vector< DoubleReal > &))
142
130
        const std::vector<DoubleReal> spec;