← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/openms/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to include/OpenMS/TRANSFORMATIONS/FEATUREFINDER/BiGaussFitter1D.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
include/OpenMS/TRANSFORMATIONS/FEATUREFINDER/BiGaussFitter1D.h
1
 
// -*- mode: C++; tab-width: 2; -*-
2
 
// vi: set ts=2:
3
 
//
4
 
// --------------------------------------------------------------------------
5
 
//                   OpenMS Mass Spectrometry Framework
6
 
// --------------------------------------------------------------------------
7
 
//  Copyright (C) 2003-2011 -- Oliver Kohlbacher, Knut Reinert
8
 
//
9
 
//  This library is free software; you can redistribute it and/or
10
 
//  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
11
 
//  License as published by the Free Software Foundation; either
12
 
//  version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
13
 
//
14
 
//  This library is distributed in the hope that it will be useful,
15
 
//  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16
 
//  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17
 
//  Lesser General Public License for more details.
18
 
//
19
 
//  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20
 
//  License along with this library; if not, write to the Free Software
21
 
//  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
 
1
// --------------------------------------------------------------------------
 
2
//                   OpenMS -- Open-Source Mass Spectrometry
 
3
// --------------------------------------------------------------------------
 
4
// Copyright The OpenMS Team -- Eberhard Karls University Tuebingen,
 
5
// ETH Zurich, and Freie Universitaet Berlin 2002-2013.
 
6
//
 
7
// This software is released under a three-clause BSD license:
 
8
//  * Redistributions of source code must retain the above copyright
 
9
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 
10
//  * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 
11
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 
12
//    documentation and/or other materials provided with the distribution.
 
13
//  * Neither the name of any author or any participating institution
 
14
//    may be used to endorse or promote products derived from this software
 
15
//    without specific prior written permission.
 
16
// For a full list of authors, refer to the file AUTHORS.
 
17
// --------------------------------------------------------------------------
 
18
// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
 
19
// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
 
20
// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
 
21
// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL ANY OF THE AUTHORS OR THE CONTRIBUTING
 
22
// INSTITUTIONS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
 
23
// EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
 
24
// PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS;
 
25
// OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
 
26
// WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR
 
27
// OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF
 
28
// ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
22
29
//
23
30
// --------------------------------------------------------------------------
24
31
// $Maintainer: Clemens Groepl $
35
42
 
36
43
namespace OpenMS
37
44
{
38
 
    /** 
39
 
      @brief Bigaussian distribution fitter (1-dim.) approximated using linear interpolation.
40
 
                 
41
 
      @htmlinclude OpenMS_BiGaussFitter1D.parameters
42
 
    */
43
 
    class OPENMS_DLLAPI BiGaussFitter1D
44
 
    : public MaxLikeliFitter1D
45
 
    {
46
 
        public:
47
 
        
48
 
            /// Default constructor
49
 
            BiGaussFitter1D();
50
 
        
51
 
            /// copy constructor
52
 
            BiGaussFitter1D(const BiGaussFitter1D& source);
53
 
        
54
 
            /// destructor
55
 
            virtual ~BiGaussFitter1D();
56
 
        
57
 
            /// assignment operator
58
 
            virtual BiGaussFitter1D& operator = (const BiGaussFitter1D& source);
59
 
    
60
 
            /// create new BiGaussModel object (function needed by Factory)
61
 
            static Fitter1D* create()
62
 
            {
63
 
              return new BiGaussFitter1D();
64
 
            }
65
 
            
66
 
            /// return interpolation model
67
 
            QualityType fit1d(const RawDataArrayType& range, InterpolationModel*& model);
68
 
    
69
 
            /// name of the model (needed by Factory)
70
 
            static const String getProductName()
71
 
            {
72
 
              return "BiGaussFitter1D";
73
 
            }
74
 
                
75
 
        protected:
76
 
                        
77
 
            /// statistics for first peak site
78
 
            Math::BasicStatistics<> statistics1_;
79
 
            /// statistics for second peak site
80
 
            Math::BasicStatistics<> statistics2_;
81
 
                        
82
 
          void updateMembers_();
 
45
  /**
 
46
    @brief Bigaussian distribution fitter (1-dim.) approximated using linear interpolation.
 
47
 
 
48
    @htmlinclude OpenMS_BiGaussFitter1D.parameters
 
49
  */
 
50
  class OPENMS_DLLAPI BiGaussFitter1D :
 
51
    public MaxLikeliFitter1D
 
52
  {
 
53
public:
 
54
 
 
55
    /// Default constructor
 
56
    BiGaussFitter1D();
 
57
 
 
58
    /// copy constructor
 
59
    BiGaussFitter1D(const BiGaussFitter1D & source);
 
60
 
 
61
    /// destructor
 
62
    virtual ~BiGaussFitter1D();
 
63
 
 
64
    /// assignment operator
 
65
    virtual BiGaussFitter1D & operator=(const BiGaussFitter1D & source);
 
66
 
 
67
    /// create new BiGaussModel object (function needed by Factory)
 
68
    static Fitter1D * create()
 
69
    {
 
70
      return new BiGaussFitter1D();
 
71
    }
 
72
 
 
73
    /// return interpolation model
 
74
    QualityType fit1d(const RawDataArrayType & range, InterpolationModel * & model);
 
75
 
 
76
    /// name of the model (needed by Factory)
 
77
    static const String getProductName()
 
78
    {
 
79
      return "BiGaussFitter1D";
 
80
    }
 
81
 
 
82
protected:
 
83
 
 
84
    /// statistics for first peak site
 
85
    Math::BasicStatistics<> statistics1_;
 
86
    /// statistics for second peak site
 
87
    Math::BasicStatistics<> statistics2_;
 
88
 
 
89
    void updateMembers_();
83
90
  };
84
91
}
85
92