← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/openms/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/html/TOPPView_baseline_reduction.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/html/TOPPView_baseline_reduction.html
 
1
<HTML>
 
2
<HEAD>
 
3
<TITLE>Substracting a baseline from a spectrum</TITLE>
 
4
<LINK HREF="doxygen.css" REL="stylesheet" TYPE="text/css">
 
5
<LINK HREF="style_ini.css" REL="stylesheet" TYPE="text/css">
 
6
</HEAD>
 
7
<BODY BGCOLOR="#FFFFFF">
 
8
<A href="index.html">Home</A> &nbsp;&middot;
 
9
<A href="classes.html">Classes</A> &nbsp;&middot;
 
10
<A href="annotated.html">Annotated Classes</A> &nbsp;&middot;
 
11
<A href="modules.html">Modules</A> &nbsp;&middot;
 
12
<A href="functions_func.html">Members</A> &nbsp;&middot;
 
13
<A href="namespaces.html">Namespaces</A> &nbsp;&middot;
 
14
<A href="pages.html">Related Pages</A>
 
15
<HR style="height:1px; border:none; border-top:1px solid #c0c0c0;">
 
16
<!-- Generated by Doxygen 1.8.5 -->
 
17
</div><!-- top -->
 
18
<div class="header">
 
19
  <div class="headertitle">
 
20
<div class="title">Substracting a baseline from a spectrum </div>  </div>
 
21
</div><!--header-->
 
22
<div class="contents">
 
23
<div class="textblock"><p>First we load the spectrum to be analyzed in TOPPView. If you want to test the described tools, you can open the tutorial data via the File-menu (<em>File</em> &gt; <em>Open</em> <em>example</em> <em>file</em>, then select <em>peakpicker_tutorial_1.mzML</em>). The BaselineFilter can be called via the Tools-menu (<em>Tools</em> &gt; <em>Apply</em> <em>TOPP</em> <em>tool</em>), then select BaselineFilter as TOPPtool (red rectangle). One can choose between different types of filters (green rectangle), the one mainly used is TopHat. The other important parameter is the length of the structuring element (blue rectangle). The default value is 3 Thomson. Press OK to start the baseline subtraction.</p>
 
24
<div class="image">
 
25
<img src="TOPPView_tools_baseline.png" alt="TOPPView_tools_baseline.png"/>
 
26
</div>
 
27
 <p>The following image shows a part of the spectrum after baseline filtering as green line, the original raw data is shown by the blue line.</p>
 
28
<div class="image">
 
29
<img src="TOPPView_tools_baseline_filtered.png" alt="TOPPView_tools_baseline_filtered.png"/>
 
30
</div>
 
31
  </div></div><!-- contents -->
 
32
<HR style="height:1px; border:none; border-top:1px solid #c0c0c0;">
 
33
<TABLE width="100%" border="0">
 
34
<TR>
 
35
<TD><font color="#c0c0c0">OpenMS / TOPP release 1.11.1</font></TD>
 
36
<TD align="right"><font color="#c0c0c0">Documentation generated on Thu Nov 14 2013 11:19:25 using doxygen 1.8.5</font></TD>
 
37
</TR>
 
38
</TABLE>
 
39
</BODY>
 
40
</HTML>