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Viewing changes to include/OpenMS/TRANSFORMATIONS/FEATUREFINDER/SUPERHIRN/ConsensusIsotopePattern.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2013-12-20 11:30:16 UTC
  • mfrom: (5.1.2 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131220113016-wre5g9bteeheq6he
Tags: 1.11.1-3
* remove version number from libbost development package names;
* ensure that AUTHORS is correctly shipped in all packages.

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Lines of Context:
include/OpenMS/TRANSFORMATIONS/FEATUREFINDER/SUPERHIRN/ConsensusIsotopePattern.h
 
1
// --------------------------------------------------------------------------
 
2
//                   OpenMS -- Open-Source Mass Spectrometry
 
3
// --------------------------------------------------------------------------
 
4
// Copyright The OpenMS Team -- Eberhard Karls University Tuebingen,
 
5
// ETH Zurich, and Freie Universitaet Berlin 2002-2013.
 
6
//
 
7
// This software is released under a three-clause BSD license:
 
8
//  * Redistributions of source code must retain the above copyright
 
9
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
 
10
//  * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
 
11
//    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
 
12
//    documentation and/or other materials provided with the distribution.
 
13
//  * Neither the name of any author or any participating institution
 
14
//    may be used to endorse or promote products derived from this software
 
15
//    without specific prior written permission.
 
16
// For a full list of authors, refer to the file AUTHORS.
 
17
// --------------------------------------------------------------------------
 
18
// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
 
19
// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
 
20
// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
 
21
// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL ANY OF THE AUTHORS OR THE CONTRIBUTING
 
22
// INSTITUTIONS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
 
23
// EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
 
24
// PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS;
 
25
// OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY,
 
26
// WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR
 
27
// OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF
 
28
// ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
 
29
//
 
30
// --------------------------------------------------------------------------
 
31
// $Maintainer: Florian Zeller $
 
32
// $Authors: Lukas Mueller, Markus Mueller $
 
33
// --------------------------------------------------------------------------
 
34
//
 
35
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
36
//
 
37
//  written by Lukas N Mueller, 30.3.05
 
38
//  Lukas.Mueller@imsb.biol.ethz.ch
 
39
//  Group of Prof. Ruedi Aebersold, IMSB, ETH Hoenggerberg, Zurich
 
40
//
 
41
//  Ported to OpenMS by Florian Zeller, florian.zeller@bsse.ethz.ch
 
42
//  December 2010
 
43
//
 
44
 
 
45
#ifndef OPENMS_TRANSFORMATIONS_FEATUREFINDER_SUPERHIRN_CONSENSUSISOTOPEPATTERN_H
 
46
#define OPENMS_TRANSFORMATIONS_FEATUREFINDER_SUPERHIRN_CONSENSUSISOTOPEPATTERN_H
 
47
 
 
48
#include <OpenMS/CONCEPT/Types.h>
 
49
 
 
50
#include <map>
 
51
#include <vector>
 
52
 
 
53
namespace OpenMS
 
54
{
 
55
 
 
56
  class OPENMS_DLLAPI ConsensusIsotopePattern
 
57
  {
 
58
 
 
59
    ////////////////////////////////////////////////
 
60
    // declaration of the private members:
 
61
 
 
62
private:
 
63
 
 
64
    // stores the consensus pattern:
 
65
    std::map<double, double> isotopesTrace_;
 
66
    std::vector<double> mzIsotopesStDev_;
 
67
    std::vector<double> intensIsotopesStDev_;
 
68
 
 
69
    // stores the detected patterns by retention time
 
70
    std::map<double, std::pair<std::vector<double>, std::vector<double> > > rawIsotopes_;
 
71
 
 
72
    ////////////////////////////////////////////////
 
73
    // declaration of the public members:
 
74
 
 
75
public:
 
76
 
 
77
    // class destructor
 
78
    ~ConsensusIsotopePattern();
 
79
 
 
80
    // class constructor
 
81
    ConsensusIsotopePattern();
 
82
    // class copy constructor
 
83
    ConsensusIsotopePattern(const ConsensusIsotopePattern &);
 
84
    // class copy constructor
 
85
    ConsensusIsotopePattern(const ConsensusIsotopePattern *);
 
86
 
 
87
    //////////////////////////////////////////////////
 
88
    // overload operators:
 
89
    ConsensusIsotopePattern & operator=(const ConsensusIsotopePattern &);
 
90
    bool operator==(const ConsensusIsotopePattern &);
 
91
    ConsensusIsotopePattern & operator<=(const ConsensusIsotopePattern &);
 
92
    ConsensusIsotopePattern & operator>=(const ConsensusIsotopePattern &);
 
93
    ConsensusIsotopePattern & operator<(const ConsensusIsotopePattern &);
 
94
    ConsensusIsotopePattern & operator>(const ConsensusIsotopePattern &);
 
95
 
 
96
    // constructs the consensus pattern:
 
97
    void constructConsusPattern();
 
98
    // order an isotope trace in the correct cluster:
 
99
    void addIsotopeTrace(double, double);
 
100
    // condenses the pattern, make average peaks from the traces:
 
101
    void condensIsotopePattern(std::pair<std::vector<double>, std::vector<double> > *);
 
102
 
 
103
    ///////////////////////////////
 
104
    // start here all the get / set
 
105
    // function to access the
 
106
    // variables of the class
 
107
 
 
108
    std::map<double, double>::iterator getConsensIsotopeIteratorStart();
 
109
    std::map<double, double>::iterator getConsensIsotopeIteratorEnd();
 
110
 
 
111
  };
 
112
 
 
113
  inline std::map<double, double>::iterator ConsensusIsotopePattern::getConsensIsotopeIteratorStart()
 
114
  {
 
115
    return isotopesTrace_.begin();
 
116
  }
 
117
 
 
118
  inline std::map<double, double>::iterator ConsensusIsotopePattern::getConsensIsotopeIteratorEnd()
 
119
  {
 
120
    return isotopesTrace_.end();
 
121
  }
 
122
 
 
123
} // ns
 
124
 
 
125
 
 
126
#endif // OPENMS_TRANSFORMATIONS_FEATUREFINDER_SUPERHIRN_CONSENSUSISOTOPEPATTERN_H