← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Ontology/Ontology.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Ontology/Ontology.pm
1
 
# $Id: Ontology.pm,v 1.18.4.3 2006/10/02 23:10:22 sendu Exp $
 
1
# $Id: Ontology.pm 14832 2008-08-27 16:33:51Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Ontology::Ontology
4
4
#
108
108
=head2 new
109
109
 
110
110
 Title   : new
111
 
 Usage   : my $obj = new Bio::Ontology::Ontology();
 
111
 Usage   : my $obj = Bio::Ontology::Ontology->new();
112
112
 Function: Builds a new Bio::Ontology::Ontology object
113
113
 Returns : an instance of Bio::Ontology::Ontology
114
114
 Args    : any number of named arguments. The following names will be
448
448
 
449
449
sub get_predicate_terms{
450
450
    my $self = shift;
451
 
 
452
 
    return grep { $_->ontology->name eq $self->name;
 
451
    
 
452
    # skipped Bio::Ontology::Relationship w/o defined Ontology (bug 2573)
 
453
    return grep { $_->ontology && ($_->ontology->name eq $self->name)
453
454
              } $self->engine->get_predicate_terms(@_);
454
455
}
455
456