← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/bug2391.megablast

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/bug2391.megablast
 
1
MEGABLAST 2.2.17 [Aug-26-2007]
 
2
 
 
3
 
 
4
Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
 
5
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences",
 
6
J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.
 
7
 
 
8
Database: hsapiens
 
9
           21,314 sequences; 59,699,290 total letters
 
10
 
 
11
Searching..................................................done
 
12
 
 
13
Query= c6_COX;c6_QBL;6|31508172;31503325;31478402|rs36223351|1|dbSNP|C
 
14
/G
 
15
         (101 letters)
 
16
 
 
17
 ***** No hits found ******
 
18
 
 
19
 
 
20
  Database: hsapiens
 
21
    Posted date:  Oct 16, 2007 10:46 AM
 
22
  Number of letters in database: 59,699,290
 
23
  Number of sequences in database:  21,314
 
24
 
 
25
Lambda     K      H
 
26
    1.37    0.711     1.31
 
27
 
 
28
Gapped
 
29
Lambda     K      H
 
30
    1.37    0.711     1.31
 
31
 
 
32
 
 
33
Matrix: blastn matrix:1 -3
 
34
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 0
 
35
Number of Sequences: 21314
 
36
Number of Hits to DB: 11,376
 
37
Number of sequences better than 10.0: 0
 
38
Number of HSP's gapped: 0
 
39
Number of HSP's successfully gapped: 0
 
40
Length of query: 101
 
41
Length of database: 59,699,290
 
42
Length adjustment: 16
 
43
Effective length of query: 85
 
44
Effective length of database: 59,358,266
 
45
Effective search space: 5045452610
 
46
Effective search space used: 5045452610
 
47
X1: 11 (21.8 bits)
 
48
X2: 20 (39.6 bits)
 
49
X3: 51 (101.1 bits)
 
50
S1: 12 (24.3 bits)
 
51
S2: 15 (30.2 bits)
 
 
b'\\ No newline at end of file'