← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/test.infernal

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/test.infernal
 
1
 
 
2
CPU time (band calc): 0.01u 0.00s 00:00:00.01 Elapsed: 00:00:00
 
3
sequence: gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115
 
4
hit 0   :  15589  15691    78.40 bits
 
5
hit 1   :  15589  15691    78.40 bits
 
6
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
7
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
8
            A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:G
 
9
     15589 CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCG 15648   
 
10
 
 
11
           <<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::
 
12
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu 102     
 
13
           GCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++
 
14
     15649 GCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA 15691   
 
15
 
 
16
hit 2   :  13198  13294     5.41 bits
 
17
hit 3   :  13198  13294     5.41 bits
 
18
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
19
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
20
           +A+ +U + AAAA AA : :U:::A AA:C::::G A  UGGC::::G: UUU U  :: 
 
21
     13198 UAUCUUCUUAAAAUAAGGAAUGAAAAAACCAGCUGCAC-UGGCAGCUGGUUUUUUUUGU- 13255   
 
22
 
 
23
           <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
24
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
25
              : C  AA :U+++::  U:::A: : AUAU+   U +U 
 
26
     13256 ---UGCAAAAGAUAAAACCAUUUCAUACGAUAUACCGUCAUG 13294   
 
27
 
 
28
hit 4   :  11655  11756    81.29 bits
 
29
hit 5   :  11655  11756    81.29 bits
 
30
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
31
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
32
           A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:
 
33
     11655 AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAA 11714   
 
34
 
 
35
           <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
36
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
37
           GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU
 
38
     11715 GCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU 11756   
 
39
 
 
40
hit 0   :    825    748     2.84 bits
 
41
hit 1   :    825    748     2.84 bits
 
42
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
43
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
44
           +AAAA+ AA AAAA  A: ::C:U:U A           UG  C+ A A   UCUAC   
 
45
     15073 UAAAAACAACAAAAGGAGCUGCUUUUUA-----------UGCUCACACACGAUCUAC--- 15118   
 
46
 
 
47
           <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
48
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
49
                 G AAA      +AC:A:G:: :A ++UU  AU+U+U
 
50
     15119 ----AUGAAAA------AACAAAGCAUUACAUUUCCAUUUAU 15150   
 
51
 
 
52
hit 2   :   4125   4023     1.38 bits
 
53
hit 3   :   4125   4023     1.38 bits
 
54
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______.>>>.>>>>,,,,,,,,<
 
55
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGG.ccc.gagaGUuUCUACC 58      
 
56
            AAA +AAA A  A AA: :U:::AUAA :+:G:: AU U   ::C :+:  UUUC AC 
 
57
     11773 CAAACAAAACACUACAAAUUUGAAAUAAGCUGGUAUAUUUUCuUACaCGAAUUUUCGAC- 11831   
 
58
 
 
59
           <<<<<<_______>>>...>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
60
        59 aGgcaaCCGUAAAuug...cCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
61
              :AAC GUA AUU:   + +GA U:::A: :A+ AU+A+AU+ + 
 
62
     11832 ---AAACUGUAUAUUUaugAUAGAGUUUCAAUUAUCAUAAUAUUCAG 11875   
 
63
 
 
64
hit 4   :   8105   8018     1.70 bits
 
65
hit 5   :   8105   8018     1.70 bits
 
66
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
67
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
68
            A+A   A +A    AA   U:::AU A         UAUGGC ++A+ GU UC A    
 
69
      7793 GAUACGGAUUACGGCAAAAGUGGCAUCA---------UAUGGCGUAAAGGUAUCAAG--- 7840    
 
70
 
 
71
           <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
72
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
73
             A  CGUAA  U+C   ACU:::A   AA+A +AAA+ +++
 
74
      7841 --AAUCGUAAUAUACGCUACUGUCAUCAAAAAGAAAAACAAA 7880    
 
75
 
 
76
hit 6   :  11759  11658     9.64 bits
 
77
hit 7   :  11759  11658     9.64 bits
 
78
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
79
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
80
           A  AA+  AAA AAA+   : CGUA  +::::: :  UA GG: :::::GU    AC: G
 
81
      4139 AUCAAACGAAAGAAAUGUUUACGUA-GUCAAGCCAUUUACGGUAGCUUGGUAGAGACUUG 4197    
 
82
 
 
83
           <<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::
 
84
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
85
           :: :CC UA  : ::C :   UACG :   AU UUA++U +UU
 
86
      4198 CGAGCCAUAUUCCCGCGAUUaUACGAAUUCAUCUUAUUUGAUU 4240    
 
87
 
 
88
hit 8   :  13350  13253     0.79 bits
 
89
hit 9   :  13350  13253     0.79 bits
 
90
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
91
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
92
           +AA  UA   AA A + :A +C:U:    C:::  AA       :::G G   C  C:A 
 
93
      2548 UAAGGUACCGAACAGUCAAGUCAUU---UCCAUUUAAGUAAAGCAUGGCGGCACAUCUAC 2604    
 
94
 
 
95
           <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
96
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
97
           : :AC GUA AU: : U:A :A:G+ U: AU UU++  A+ +
 
98
      2605 AUGACGGUAUAUCGUAUGA-AAUGGUUUUAUCUUUUGCAACA 2645    
 
99
 
 
100
hit 10  :  13846  13740     6.35 bits
 
101
hit 11  :  13846  13740     6.35 bits
 
102
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,.....
 
103
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCU..... 55      
 
104
            A  A+A+A A AA AA:A  :::A A :C ::::A  A G :::: G:  UUCU     
 
105
      2052 CAGCAAAUACACAAGAACAACUAAAAACCCGUCAUAGAAAGCAUGAUGGCGUUCUccgaa 2111    
 
106
 
 
107
           ,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
108
        56 ACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
109
           ACC::GC :CCG    : GC::G CU:::  U:AA+  +A++   ++
 
110
      2112 ACCGAGCGGCCGAUUCCAGCUUGCCUUUAACUGAAACCAAUUCCCAA 2158    
 
111
 
 
112
hit 12  :  14215  14125     0.90 bits
 
113
hit 13  :  14215  14125     0.90 bits
 
114
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
115
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
116
           AA    AA  AA  A    :+ :UAUA+U: :+++ A A GG   : :AGU         
 
117
      1683 AAGCGGAAUCAACGACGCCGUAAUAUAUUCAGAAAUAAACGG---CCAAGUCA------- 1732    
 
118
 
 
119
           <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
120
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
121
            C::CCGUAAA::GC+   CUA: +:   ++ U+ AA+++ +
 
122
      1733 -CUGCCGUAAACAGCAGCGCUAUCGCAACUACUGCAAAUACA 1773    
 
123
 
 
124
hit 14  :  15695  15594     7.88 bits
 
125
hit 15  :  15695  15594     7.88 bits
 
126
           :::::::::::::::::((((((((,,.,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<
 
127
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUA.aucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCa 59      
 
128
            A ++U+A   A  A ++ C :: AUA +:C:::::  UA GG:::::G:GU    AC::
 
129
       203 CAGUUUUAUCGAUCACUUCCCUGCAUAgUCCGGCAAUUUACGGUUGCCGGGUAGAAACUU 262     
 
130
 
 
131
           <<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
132
        60 GgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
133
           +::::CC UA  :::: ::A U :: G + +  U++++U +UU
 
134
       263 AUGGGCCAUAUUCCCA-AGAUUAUAUGAGGUCGUGUUUUGAUU 304     
 
135
 
 
136
sequence: gi|633168|emb|X83878.1|
 
137
hit 0   :    168    267    79.36 bits
 
138
hit 1   :    168    267    79.36 bits
 
139
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
140
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
141
           + A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G
 
142
       168 UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGG 227     
 
143
 
 
144
           <<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::
 
145
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
146
            CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    
 
147
       228 GCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC 267     
 
148
 
 
149
hit 0   :    270    171     2.25 bits
 
150
hit 1   :    270    171     2.25 bits
 
151
           :::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<
 
152
         1 aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaG 60      
 
153
             +    +   A    +:AC C:UA  +::: ::   UA GG :: :::GU    AC: G
 
154
      2144 CGUGCGGUUCCAUUGCUCACCCAUA-GUCGGACAU-UUACGG-UGCCCGGUAGAAACUUG 2200    
 
155
 
 
156
           <<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::
 
157
        61 gcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu 102     
 
158
           ::::CC UA  ::::C :   UA:G GU: +  U+++AUAUU 
 
159
      2201 CGUGCCAUAUCCACGCGAUUaUAUGAGUGUUCCUAUUAUAUUG 2243    
 
160
 
 
161
 
 
162
CPU time (search)   : 56.03u 0.38s 00:00:56.41 Elapsed: 00:00:58
 
163
CYK memory          :       0.66 MB
 
164