← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/PopGen/Marker.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/PopGen/Marker.pm
1
 
# $Id: Marker.pm,v 1.7.4.1 2006/10/02 23:10:23 sendu Exp $
 
1
# $Id: Marker.pm 14676 2008-05-11 06:41:28Z jason $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::PopGen::Marker
4
4
#
84
84
=head2 new
85
85
 
86
86
 Title   : new
87
 
 Usage   : my $obj = new Bio::PopGen::Marker();
 
87
 Usage   : my $obj = Bio::PopGen::Marker->new();
88
88
 Function: Builds a new Bio::PopGen::Marker object 
89
89
 Returns : an instance of Bio::PopGen::Marker
90
90
 Args    : -name          => [string] marker name
111
111
  if( defined $name) {
112
112
      $self->name($name);
113
113
  } else { 
114
 
      $self->throw("Must have provided a name when initializing a Marker");
 
114
      $self->throw("Must provide a name when initializing a Marker");
115
115
  }
116
116
  defined $desc && $self->description($desc);
117
117
  defined $type && $self->type($type);
215
215
sub get_Alleles{
216
216
    my $self = shift;
217
217
    my (@numeric,@alpha);
218
 
    
 
218
 
219
219
    for ( keys %{$self->{'_allele_freqs'}} ) {
220
220
        if( /[^\d\.\-e]/ ) { push @alpha, $_ }
221
221
        else { push @numeric, $_ }