← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SearchIO/Writer/HSPTableWriter.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SearchIO/Writer/HSPTableWriter.pm
1
 
# $Id: HSPTableWriter.pm,v 1.17.4.1 2006/10/02 23:10:27 sendu Exp $
 
1
# $Id: HSPTableWriter.pm 14672 2008-04-22 21:42:50Z cjfields $
2
2
 
3
3
=head1 NAME
4
4
 
91
91
    frac_conserved_hit     # fraction of conserved substitutions in hit
92
92
    length_aln_query       # Length of the aligned portion of the query sequence
93
93
    length_aln_hit         # Length of the aligned portion of the hit sequence
94
 
    gaps_query             # Number of gaps in the aligned query sequence
95
 
    gaps_hit               # Number of gaps in the aligned hit sequence
96
 
    gaps_total             # Number of gaps in the aligned query and hit sequences
 
94
    gaps_query             # Number of gap characters in the aligned query sequence
 
95
    gaps_hit               # Number of gap characters in the aligned hit sequence
 
96
    gaps_total             # Number of gap characters in the aligned query and hit sequences
97
97
    start_query            # Starting coordinate of the aligned portion of the query sequence
98
98
    end_query              # Ending coordinate of the aligned portion of the query sequence
99
99
    start_hit              # Starting coordinate of the aligned portion of the hit sequence
198
198
                  'end_hit'               => ['22', 'hsp', 'end/hit', 'd', 'END_H'],
199
199
                  'strand_query'          => ['23', 'hsp', 'strand/query', 'd', 'STRND_Q'],
200
200
                  'strand_hit'            => ['24', 'hsp', 'strand/hit', 'd', 'STRND_H'],
201
 
                  'frame'                 => ['25', 'hsp', 'frame', 's', 'FRAME'],
202
 
                  'hit_description'       => ['26', 'hit', 'hit_description', 's', 'DESC_H'],
203
 
                  'query_description'     => ['27', 'result', 'query_description', 's', 'DESC_Q'],
 
201
                  'frame_hit'             => ['25', 'hsp', 'frame/hit', 's', 'FRAME_H'],
 
202
                  'frame_query'           => ['26', 'hsp', 'frame/query', 's', 'FRAME_Q'],
 
203
                  'hit_description'       => ['27', 'hit', 'hit_description', 's', 'DESC_H'],
 
204
                  'query_description'     => ['28', 'result', 'query_description', 's', 'DESC_Q'],
204
205
                 );
205
206
 
206
207
sub column_map { return %column_map }
207
208
 
208
 
 
209
209
=head2 to_string()
210
210
 
211
211
Note: this method is not intended for direct use. 
244
244
            next if( defined $hitfilter && ! &{$hitfilter}($hit) );
245
245
            $hit->can('rewind') && $hit->rewind;# insure we're at the beginning
246
246
            while(my $hsp = $hit->next_hsp) {
247
 
                next if ( defined $hspfilter && ! &{$hspfilter}($hsp));
248
 
                my @row_data  = &{$func_ref}($result, $hit, $hsp);
249
 
                $str .= sprintf "$printf_fmt\n", @row_data;
 
247
            next if ( defined $hspfilter && ! &{$hspfilter}($hsp));
 
248
            my @row_data  = &{$func_ref}($result, $hit, $hsp);
 
249
            $str .= sprintf "$printf_fmt\n", @row_data;
250
250
            }
251
251
        }
252
252
    }