~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Primer.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
1
 
## $Id: Primer.t,v 1.2.6.1 2006/11/30 09:24:00 sendu Exp $
2
 
 
3
 
# test for Bio::SeqFeature::Primer
4
 
# written by Rob Edwards
5
 
 
6
 
use strict;
7
 
use constant NUMTESTS => 18;
8
 
 
9
 
BEGIN {
10
 
    eval { require Test; };
11
 
    if( $@ ) {
12
 
        use lib 't';
13
 
    }
14
 
    use Test;
15
 
 
16
 
    plan tests => NUMTESTS;
17
 
}
18
 
 
19
 
use Bio::SeqFeature::Primer;
20
 
ok(1);
21
 
 
22
 
my ($primer, $location, $start, $end, $strand, $id, $tm, $tme);
23
 
 
24
 
ok $primer=Bio::SeqFeature::Primer->new(-seq=>'CTTTTCATTCTGACTGCAACG');
25
 
ok $primer->seq->seq eq "CTTTTCATTCTGACTGCAACG";
26
 
ok $primer->primary_tag eq "Primer";
27
 
ok $location=$primer->location(500);
28
 
ok $location==500;
29
 
ok $start=$primer->start(2);
30
 
ok $start == 2;
31
 
ok $end=$primer->end(19);
32
 
ok $end == 19;
33
 
ok $strand=$primer->strand(-1);
34
 
ok $strand == -1;
35
 
ok $id=$primer->display_id('test');
36
 
ok $id eq "test";
37
 
ok $tm = $primer->Tm;
38
 
ok $tme = $primer->Tm_estimate;
39
 
ok int($tm) == 52;
40
 
ok int($tme) == 58;