← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/QRNA.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/QRNA.pm
1
 
# $Id: QRNA.pm,v 1.5.4.1 2006/10/02 23:10:32 sendu Exp $
 
1
# $Id: QRNA.pm 11480 2007-06-14 14:16:21Z sendu $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::QRNA
4
4
#
17
17
=head1 SYNOPSIS
18
18
 
19
19
  use Bio::Tools::QRNA;
20
 
  my $parser = new Bio::Tools::QRNA(-file => $qrnaoutput);
 
20
  my $parser = Bio::Tools::QRNA->new(-file => $qrnaoutput);
21
21
  while( my $feature = $parser->next_feature ) {
22
22
    # do something here
23
23
  }
123
123
=head2 new
124
124
 
125
125
 Title   : new
126
 
 Usage   : my $obj = new Bio::Tools::QRNA();
 
126
 Usage   : my $obj = Bio::Tools::QRNA->new();
127
127
 Function: Builds a new Bio::Tools::QRNA object 
128
128
 Returns : an instance of Bio::Tools::QRNA
129
129
 Args    : -fh/-file filehandle/filename standard input for 
357
357
        ($hid,$hoffset) = ($1,$2);
358
358
    }
359
359
 
360
 
    my $f = new Bio::SeqFeature::FeaturePair;
 
360
    my $f = Bio::SeqFeature::FeaturePair->new();
361
361
 
362
362
    my ($s,$e) = @{$data->{'model_location'}->{$data->{'winning_model'}}};
363
 
    my $qf = new Bio::SeqFeature::Generic
 
363
    my $qf = Bio::SeqFeature::Generic->new
364
364
        ( -primary_tag => $data->{'winning_model'},
365
365
          -source_tag  => $self->program_name,
366
366
          -score       => $data->{'model_scores'}->{'bits'}->{$data->{'winning_model'}},
370
370
          -strand      => ($s < $e ) ? 1 : -1,
371
371
          );
372
372
 
373
 
    my $hf = new Bio::SeqFeature::Generic
 
373
    my $hf = Bio::SeqFeature::Generic->new
374
374
        ( -primary_tag => $qf->primary_tag,
375
375
          -source_tag  => $qf->source_tag,
376
376
          -score       => $qf->score,