← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/LocalDB/SeqFeature.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/LocalDB/SeqFeature.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: SeqFeature.t 15416 2009-01-21 16:46:12Z cjfields $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
use constant TEST_COUNT => 59;
 
6
 
 
7
BEGIN {
 
8
    use lib '.';
 
9
        use Bio::Root::Test;
 
10
        
 
11
        test_begin(-tests => TEST_COUNT);
 
12
    
 
13
    $ENV{ORACLE_HOME} ||= '/home/oracle/Home';
 
14
        
 
15
        use_ok('Bio::DB::SeqFeature::Store');
 
16
        use_ok('Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader');
 
17
}
 
18
 
 
19
my $gff_file = test_input_file('seqfeaturedb','test.gff3');
 
20
 
 
21
my (@f,$f,@s,$s,$seq1,$seq2);
 
22
 
 
23
my @args = @ARGV;
 
24
@args = (-adaptor => 'memory') unless @args;
 
25
 
 
26
SKIP: {
 
27
my $db = eval { Bio::DB::SeqFeature::Store->new(@args) };
 
28
skip "DB load failed? Skipping all! $@", (TEST_COUNT - 2) if $@;
 
29
ok($db);
 
30
 
 
31
my $loader = eval { Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader->new(-store=>$db) };
 
32
skip "GFF3 loader failed? Skipping all! $@", (TEST_COUNT - 3) if $@;
 
33
ok($loader);
 
34
 
 
35
# exercise the loader
 
36
ok($loader->load($gff_file));
 
37
 
 
38
# there should be one gene named 'abc-1'
 
39
@f = $db->get_features_by_name('abc-1');
 
40
is(@f,1);
 
41
 
 
42
$f = $f[0];
 
43
# there should be three subfeatures of type "exon" and three of type "CDS"
 
44
is($f->get_SeqFeatures('exon'),3);
 
45
is($f->get_SeqFeatures('CDS'),3);
 
46
 
 
47
# the sequence of feature abc-1 should match the sequence of the first exon at the beginning
 
48
$seq1 = $f->seq->seq;
 
49
$seq2 = (sort {$a->start<=>$b->start} $f->get_SeqFeatures('exon'))[0]->seq->seq;
 
50
is(substr($seq1,0,length $seq2),$seq2);
 
51
 
 
52
# sequence lengths should match
 
53
is(length $seq1, $f->length);
 
54
 
 
55
# if we pull out abc-1 again we should get the same object
 
56
($s) = $db->get_features_by_name('abc-1');
 
57
is($f, $s);
 
58
 
 
59
# we should get two objects when we ask for abc-1 using get_features_by_alias
 
60
# this also depends on selective subfeature indexing
 
61
@f = $db->get_features_by_alias('abc-1');
 
62
is(@f,2);
 
63
 
 
64
# the two features should be different
 
65
isnt($f[0], $f[1]);
 
66
 
 
67
# test that targets are working
 
68
($f) = $db->get_features_by_name('match1');
 
69
ok(defined $f);
 
70
$s = $f->target;
 
71
ok(defined $s);
 
72
ok($s->seq_id  eq 'CEESC13F');
 
73
$seq1 = $s->seq->seq;
 
74
is(substr($seq1,0,10), 'ttgcgttcgg');
 
75
 
 
76
# can we fetch subfeatures?
 
77
# gene3.a has the Index=1 attribute, so we should fetch it
 
78
($f) = $db->get_features_by_name('gene3.a');
 
79
ok($f);
 
80
 
 
81
# gene 3.b doesn't have an index, so we shouldn't get it
 
82
($f) = $db->get_features_by_name('gene3.b');
 
83
ok(!$f);
 
84
 
 
85
# test three-tiered genes
 
86
($f) = $db->get_features_by_name('gene3');
 
87
ok($f);
 
88
my @transcripts = $f->get_SeqFeatures;
 
89
is(@transcripts, 2);
 
90
is($transcripts[0]->method,'mRNA');
 
91
is($transcripts[0]->source,'confirmed');
 
92
 
 
93
# test that exon #2 is shared between the two transcripts
 
94
my @exons1      = $transcripts[0]->get_SeqFeatures('CDS');
 
95
is(@exons1, 3);
 
96
my @exons2      = $transcripts[1]->get_SeqFeatures('CDS');
 
97
my ($shared1)   = grep {$_->display_name||'' eq 'shared_exon'} @exons1;
 
98
my ($shared2)   = grep {$_->display_name||'' eq 'shared_exon'} @exons2;
 
99
ok($shared1 && $shared2);
 
100
is($shared1, $shared2);
 
101
is($shared1->primary_id, $shared2->primary_id);
 
102
 
 
103
# test attributes
 
104
is($shared1->phase, 0);
 
105
is($shared1->strand, +1);
 
106
is(($f->attributes('expressed'))[0], 'yes');
 
107
 
 
108
# test autoloading
 
109
my ($gene3a) = grep { $_->display_name eq 'gene3.a'} @transcripts;
 
110
my ($gene3b) = grep { $_->display_name eq 'gene3.b'} @transcripts;
 
111
ok($gene3a);
 
112
ok($gene3b);
 
113
ok($gene3a->Is_expressed);
 
114
ok(!$gene3b->Is_expressed);
 
115
 
 
116
# the representation of the 3'-UTR in the two transcripts a and b is
 
117
# different (not recommended but supported by the GFF3 spec). In the
 
118
# first case, there are two 3'UTRs existing as independent
 
119
# features. In the second, there is one UTR with a split location.
 
120
is($gene3a->Three_prime_UTR, 2);
 
121
is($gene3b->Three_prime_UTR, 1);
 
122
my ($utr) = $gene3b->Three_prime_UTR;
 
123
is($utr->segments, 2);
 
124
my $location = $utr->location;
 
125
isa_ok($location, 'Bio::Location::Split');
 
126
is($location->sub_Location,2);
 
127
 
 
128
# ok, test that queries are working properly.
 
129
# find all features with the attribute "expressed"
 
130
@f = $db->get_features_by_attribute({expressed=>'yes'});
 
131
is(@f, 2);
 
132
 
 
133
# find all top-level features on Contig3 -- there should be two
 
134
@f = $db->get_features_by_location(-seq_id=>'Contig3');
 
135
is(@f, 2);
 
136
 
 
137
# find all top-level features on Contig3 of type 'assembly_component'
 
138
@f = $db->features(-seq_id=>'Contig3',-type=>'assembly_component');
 
139
is(@f, 1);
 
140
 
 
141
# test iteration
 
142
@f = $db->features;
 
143
my $feature_count = @f;
 
144
cmp_ok($feature_count, '>', 0);
 
145
 
 
146
my $i = $db->get_seq_stream;
 
147
ok($i);
 
148
 
 
149
my $count;
 
150
while ($i->next_seq) { $count++ }
 
151
is($feature_count,$count);
 
152
 
 
153
# regression test on bug in which get_SeqFeatures('type') did not filter inline segments
 
154
@f = $db->get_features_by_name('agt830.3');
 
155
ok(@f && !$f[0]->get_SeqFeatures('exon'));
 
156
ok(@f && $f[0]->get_SeqFeatures('EST_match'));
 
157
 
 
158
# regression test on bug in which the load_id disappeared
 
159
is(@f && $f[0]->load_id, 'Match2');
 
160
 
 
161
# regress on proper handling of multiple ID features
 
162
my ($alignment) = $db->get_features_by_name('agt830.5');
 
163
ok($alignment);
 
164
is($alignment->target->start,1);
 
165
is($alignment->target->end, 654);
 
166
is($alignment->get_SeqFeatures, 2);
 
167
my $gff3 = $alignment->gff3_string(1);
 
168
my @lines = split "\n",$gff3;
 
169
is (@lines, 2);
 
170
ok("@lines" !~ /Parent=/s);
 
171
ok("@lines" =~ /ID=/s);
 
172
 
 
173
SKIP: {
 
174
        test_skip(-tests => 2, -excludes_os => 'mswin');
 
175
        
 
176
        if (my $child = open(F,"-|")) { # parent reads from child
 
177
                cmp_ok(scalar <F>,'>',0);
 
178
                close F;
 
179
                # The challenge is to make sure that the handle
 
180
                # still works in the parent!
 
181
                my @f = $db->features();
 
182
                cmp_ok(scalar @f,'>',0);
 
183
        }
 
184
        else { # in child
 
185
                $db->clone;
 
186
                my @f = $db->features();
 
187
                my $feature_count = @f;
 
188
                print $feature_count;
 
189
                exit 0;
 
190
        }
 
191
}
 
192
 
 
193
# test the -ignore_seqregion flag
 
194
 
 
195
# the original should have a single feature named 'Contig1'
 
196
my @f   = $db->get_features_by_name('Contig1');
 
197
is(scalar @f,1);
 
198
 
 
199
$db     = eval { Bio::DB::SeqFeature::Store->new(@args) };
 
200
$loader = eval { Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader->new(-store=>$db,
 
201
                                                             -ignore_seqregion=>1)
 
202
               };
 
203
$loader->load($gff_file);
 
204
@f      = $db->get_features_by_name('Contig1');
 
205
is(scalar @f,0);
 
206
 
 
207
}