← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/testaln2.arp

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/testaln2.arp
 
1
[Profile] 
 
2
 Title="An example of DNA sequence data" 
 
3
 NbSamples=3 
 
4
 GenotypicData=0 
 
5
 DataType=DNA 
 
6
 LocusSeparator=NONE 
 
7
[Data] 
 
8
 [[Samples]] 
 
9
  SampleName="Population 1" 
 
10
  SampleSize=6 
 
11
  SampleData= { 
 
12
 000 3 GACTCTCTACGTAGCATCCGATGACGATA 
 
13
 001 1 GACTGTCTGCGTAGCATACGACGACGATA 
 
14
 002 2 GCCTGTCTGCGTAGCATAGGATGACGATA 
 
15
  } 
 
16
  SampleName="Population 2" 
 
17
  SampleSize=8 
 
18
  SampleData= { 
 
19
 000 1 GACTCTCTACGTAGCATCCGATGACGATA 
 
20
 001 1 GACTGTCTGCGTAGCATACGACGACGATA 
 
21
 002 1 GCCTGTCTGCGTAGCATAGGATGACGATA 
 
22
 003 1 GCCTGTCTGCCTAGCATACGATCACGATA 
 
23
 004 1 GCCTGTCTGCGTACCATACGATGACGATA 
 
24
 005 1 GCCTGTCCGCGTAGCGTACGATGACGATA 
 
25
 006 1 GCCCGTGTGCGTAGCATACGATGGCGATA 
 
26
 007 1 GCCTGTCTGCGTAGCATGCGACGACGATA 
 
27
  } 
 
28
  SampleName="Population 3" 
 
29
  SampleSize=6 
 
30
  SampleData= { 
 
31
 023 1 GCCTGTCTGCGTAGCATACGATGACGGTA 
 
32
 024 1 GCCTGTCTGCGTAGCGTACGATGACGATA 
 
33
 025 1 GCCTGTCTGCGTAGCATACGATGACGATA 
 
34
 026 1 GCCTGTCCGCGTAGCATACGGTGACGGTA 
 
35
 027 1 GCCTGTCTGCGTGGCATACGATGACGATG 
 
36
 028 1 GCCTGTCTGCGTAGCATACGATGACGATA 
 
37
  } 
 
38
[[Structure]] 
 
39
  StructureName="A group of 3 populations analyzed for DNA" 
 
40
  NbGroups=1 
 
41
  Group= { 
 
42
   "Population 1" 
 
43
   "Population 2" 
 
44
   "Population 3" 
 
45
  }