← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/SeqIO/strider.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/SeqIO/strider.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: strider.t 15268 2008-12-26 03:18:50Z cjfields $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN {
 
7
        use lib '.';
 
8
    use Bio::Root::Test;
 
9
    
 
10
    test_begin(-tests               => 8,
 
11
                           -requires_module    => 'Convert::Binary::C',
 
12
                           -requires_networking => 0,
 
13
                          );
 
14
        
 
15
        use_ok('Bio::SeqIO::strider');
 
16
}
 
17
 
 
18
my $verbose = test_debug();
 
19
 
 
20
TODO: {
 
21
        my $format = 'strider';
 
22
        todo_skip "No tests for $format format -- no sample file to test against", 7, if 1;
 
23
 
 
24
        my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file   => test_input_file("test.$format"),
 
25
                                                                -format => $format);
 
26
        
 
27
        isa_ok($seqio_obj, 'Bio::SeqIO');
 
28
        
 
29
        my @methods = qw(next_seq write_seq);
 
30
        foreach my $method (@methods) {
 
31
                can_ok($seqio_obj, $method) || 
 
32
                        diag "$method method not implemented for $format";      
 
33
        }
 
34
        
 
35
        # checking the first sequence object
 
36
        my $seq_obj = $seqio_obj->next_seq();
 
37
        isa_ok($seq_obj, 'Bio::Seq');
 
38
        my %expected = ('seq'         => '' .
 
39
                                        'length'      => '',
 
40
                                        'primary_id'  => '',
 
41
                                        'description' => qr(),
 
42
                                   );
 
43
        is   ($seq_obj->seq(),         $expected{'seq'},         'sequence');
 
44
        is   ($seq_obj->length(),      $expected{'length'},      'length');
 
45
        is   ($seq_obj->primary_id(),  $expected{'primary_id'},  'primary_id');
 
46
        like ($seq_obj->description(), $expected{'description'}, 'description');
 
47
}
 
 
b'\\ No newline at end of file'