← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Align/AlignStats.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Align/AlignStats.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: AlignStats.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN {
 
7
    use lib '.';
 
8
    use Bio::Root::Test;
 
9
    
 
10
    test_begin(-tests => 43);
 
11
        
 
12
        use_ok('Bio::Align::DNAStatistics');
 
13
        use_ok('Bio::Align::ProteinStatistics');
 
14
        use_ok('Bio::AlignIO');
 
15
}
 
16
 
 
17
my $debug = test_debug();
 
18
 
 
19
my $in = Bio::AlignIO->new(-format => 'emboss',
 
20
                          -file   => test_input_file('insulin.water'));
 
21
my $aln = $in->next_aln();
 
22
isa_ok($aln, 'Bio::Align::AlignI');
 
23
my $stats = Bio::Align::DNAStatistics->new(-verbose => $debug);
 
24
is( $stats->transversions($aln),4);
 
25
is( $stats->transitions($aln),9);
 
26
is( $stats->pairwise_stats->number_of_gaps($aln),21);
 
27
is( $stats->pairwise_stats->number_of_comparable_bases($aln),173);
 
28
is( $stats->pairwise_stats->number_of_differences($aln),13);
 
29
is( $stats->pairwise_stats->score_nuc($aln), 224);
 
30
is( $stats->pairwise_stats->score_nuc( -aln => $aln, -match => 1,
 
31
  -mismatch => -1, -gap_open => -1, -gap_ext => -1), 126);
 
32
 
 
33
my $d = $stats->distance(-align => $aln,
 
34
                         -method=> 'f81');
 
35
is(  $d->get_entry('hs_insulin','seq2'), '0.07918');
 
36
 
 
37
$d = $stats->distance(-align=> $aln,
 
38
                      -method => 'JC');
 
39
is( $d->get_entry('hs_insulin','seq2'), '0.07918');
 
40
 
 
41
$d = $stats->distance(-align=> $aln,
 
42
                      -method => 'Kimura');
 
43
is( $d->get_entry('hs_insulin','seq2'), '0.07984');
 
44
 
 
45
$d = $stats->distance(-align=> $aln,
 
46
                      -method => 'TajimaNei');
 
47
is( $d->get_entry('seq2','hs_insulin'), '0.08106');
 
48
 
 
49
$d = $stats->distance(-align=> $aln,
 
50
                      -method => 'Tamura');
 
51
is( $d->get_entry('seq2','hs_insulin'), '0.08037');
 
52
 
 
53
#$d =  $stats->distance(-align => $aln,
 
54
#                      -method => 'JinNei');
 
55
#is( $d->get_entry('seq2','hs_insulin'), 0.0850);
 
56
 
 
57
$in = Bio::AlignIO->new(-format => 'clustalw',
 
58
                       -file   => test_input_file('hs_owlmonkey.aln'));
 
59
 
 
60
$aln = $in->next_aln();
 
61
isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 
62
 
 
63
is( $stats->transversions($aln),10);
 
64
is( $stats->transitions($aln),17);
 
65
is( $stats->pairwise_stats->number_of_gaps($aln),19);
 
66
is( $stats->pairwise_stats->number_of_comparable_bases($aln),170);
 
67
is( $stats->pairwise_stats->number_of_differences($aln),27);
 
68
is( $stats->pairwise_stats->score_nuc($aln), 134);
 
69
is( $stats->pairwise_stats->score_nuc( -aln => $aln, -match => 1,
 
70
  -mismatch => -1, -gap_open => -1, -gap_ext => -1), 97);
 
71
 
 
72
# now test the distance calculations
 
73
$d = $stats->distance(-align => $aln, -method => 'jc');
 
74
is( $d->get_entry('human','owlmonkey'), 0.17847);
 
75
 
 
76
$d = $stats->distance(-align => $aln,
 
77
                          -method=> 'f81');
 
78
is(  $d->get_entry('human','owlmonkey'), '0.17847');
 
79
 
 
80
$d = $stats->distance(-align => $aln, -method => 'uncorrected');
 
81
is( $d->get_entry('human','owlmonkey'), 0.15882);
 
82
 
 
83
$d =  $stats->distance(-align => $aln, -method => 'Kimura');
 
84
is( $d->get_entry('human','owlmonkey'), 0.18105);
 
85
 
 
86
$d =  $stats->distance(-align => $aln, -method => 'TajimaNei');
 
87
is( $d->get_entry('human','owlmonkey'), 0.18489);
 
88
 
 
89
$d =  $stats->distance(-align => $aln,
 
90
                           -method => 'Tamura');
 
91
 
 
92
is( $d->get_entry('human','owlmonkey'), 0.18333);
 
93
#$d =  $stats->distance(-align => $aln,
 
94
#                      -method => 'JinNei');
 
95
#is( $d->get_entry('human','owlmonkey'), 0.2079);
 
96
 
 
97
### now test Nei_gojobori methods, hiding the expected warnings so we can
 
98
# avoid printing them ###
 
99
$stats->verbose($debug ? $debug : -1);
 
100
my ($alnobj, $result);
 
101
$in = Bio::AlignIO->new(-format => 'fasta',
 
102
                        -file   => test_input_file('nei_gojobori_test.aln'));
 
103
$alnobj = $in->next_aln();
 
104
isa_ok($alnobj,'Bio::Align::AlignI');
 
105
$result = $stats->calc_KaKs_pair($alnobj, 'seq1', 'seq2');
 
106
is (sprintf ("%.1f", $result->[0]{'S'}), 40.5);
 
107
is (sprintf ("%.1f", $result->[0]{'z_score'}), '4.5');
 
108
$result = $stats->calc_all_KaKs_pairs($alnobj);
 
109
is (int( $result->[1]{'S'}), 41);
 
110
is (int( $result->[1]{'z_score'}), 4);
 
111
$result = $stats->calc_average_KaKs($alnobj, 100);
 
112
is (sprintf ("%.4f", $result->{'D_n'}), 0.1628);
 
113
$stats->verbose($debug);
 
114
 
 
115
# now test Protein Distances
 
116
my $pstats = Bio::Align::ProteinStatistics->new();
 
117
$in = Bio::AlignIO->new(-format => 'clustalw',
 
118
                        -file   => test_input_file('testaln.aln'));
 
119
$alnobj = $in->next_aln();
 
120
isa_ok($alnobj,'Bio::Align::AlignI');
 
121
$result = $pstats->distance(-method => 'Kimura',
 
122
                            -align  => $alnobj);
 
123
isa_ok($result, 'Bio::Matrix::PhylipDist');
 
124
 
 
125
is ($result->get_entry('P84139','P814153'),   '0.01443');
 
126
is ($result->get_entry('P841414','P851414'),  '0.01686');
 
127
is ($result->get_entry('P84139','P851414'),   '3.58352');
 
128
 
 
129
my $seq = Bio::Seq->new(-id=>'NOT3MUL', -seq=>'gatac');
 
130
isa_ok($seq, 'Bio::PrimarySeqI');
 
131
eval { 
 
132
  Bio::Align::DNAStatistics->count_syn_sites($seq); 
 
133
};
 
134
like($@, qr/not integral number of codons/);