← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/trim.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/trim.t
1
 
# -*-Perl-*-
2
 
## Bioperl Test Harness Script for Modules
3
 
## $Id: trim.t,v 1.4 2002/10/30 14:21:59 heikki Exp $
4
 
#
5
 
 
6
 
#####
7
 
#
8
 
# this test script tests working within the chromat_dir,phd_dir,edit_dir structure
9
 
# it also tests the ability of Trim.pm to do its thing
10
 
#
11
 
#####
12
 
 
13
 
 
14
 
use strict;
15
 
#require 'dumpvar.pl';
16
 
 
17
 
BEGIN {
18
 
    # to handle systems with no installed Test module
19
 
    # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
20
 
    # as a fallback
21
 
    eval { require Test; };
22
 
    if( $@ ) {
23
 
        use lib 't';
24
 
    }
25
 
    use Test;
26
 
    plan tests => 7;
27
 
}
28
 
my $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
29
 
 
30
 
print("Checking if the Bio::Tools::Alignment::Consed module could be used...\n") if($DEBUG);
31
 
use Bio::Tools::Alignment::Consed;
32
 
use Bio::Root::IO;
33
 
ok(1);
34
 
 
35
 
print("Checking if the Bio::Tools::Alignment::Trim module could be used...\n") if $DEBUG;
36
 
use Bio::Tools::Alignment::Trim;
37
 
 
38
 
ok(1);
39
 
 
40
 
        # scope some variables
41
 
my($o_consed,@singlets,@singletons,@pairs,@doublets,@multiplets,$invoker);
42
 
 
43
 
        # instantiate a new object
44
 
 
45
 
$o_consed = Bio::Tools::Alignment::Consed->new( -acefile        =>Bio::Root::IO->catfile("t","data","consed_project","edit_dir","test_project.fasta.screen.ace.1"));
46
 
print("Checking if a new CSM::Consed object was created...\n") if( $DEBUG);
47
 
ok defined $o_consed;
48
 
 
49
 
        # set the verbosity to a valid value (0)
50
 
my $verbosity = $o_consed->set_verbose(0);
51
 
 
52
 
        #
53
 
print("Checking if the new object is a reference to a Bio::Tools::Alignment::Consed object...\n") if($DEBUG);
54
 
        # test 3
55
 
ok ref($o_consed),'Bio::Tools::Alignment::Consed';
56
 
 
57
 
print("Checking if singlets can be successfully set...\n") if ($DEBUG);
58
 
        # test 4
59
 
$invoker = $o_consed->set_singlets("verbosely");
60
 
ok $invoker != 1;
61
 
 
62
 
print("Checking if singlets quality can be set...\n") if ($DEBUG);
63
 
ok !($o_consed->set_singlet_quality());
64
 
 
65
 
print("Checking if singlet and singleton qualities can be set...\n") if( $DEBUG);
66
 
ok !($o_consed->set_trim_points_singlets_and_singletons());
67
 
 
68