← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/transfac_pro/reference.dat

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/transfac_pro/reference.dat
 
1
VV  TRANSFAC REFERENCE TABLE, Release 11.1 - licensed - 2007-03-31, (C) Biobase GmbH
 
2
XX
 
3
//
 
4
AC  RE0023998
 
5
RX  PUBMED: 14988562.
 
6
RA  eb .,r.ohG.,lr ka a. e.lLf.   ,lo L  k n fdlP rotRiFpmocfl e el. u oY ,I..VeGZDrS.inl.gl ,e,T RiT,,elr,DyB . or.dHM.NrddrGJir..BOD. i,a e.z.Ee oBn R .   ANsgA,JK .G.  n r e.W,u
 
7
RT  tnissnatr pocaHlnctabp oar  gn t Naersnrdr xocvffi Fireseoynoieerpsn.elC o 
 
8
RL  .830 3(e0 n)48c2S01c:3-137i1e
 
9
FA  TRANSFAC: T08612; HNF-4alpha; taxonomic class Mammalia.
 
10
FR  TRANSFAC: FR0001534; human, Homo sapiens.
 
11
FR  TRANSFAC: FR0002267; human, Homo sapiens.
 
12
FR  TRANSFAC: FR0003841; human, Homo sapiens.
 
13
XX
 
14
//
 
15
AC  RE0047531
 
16
RX  PUBMED: 16518401.
 
17
RA  o on.gLg  WJ  eZeWQ,..n . aC,L Pt Yn.,o Yn   cqg iBu Wz.aK.onL..ogL,, .VSh,a  G,,JW.L , ..n.L.h pXi C.. u,huh hK eg..su..uoo giuh.H ,nh .,,t o  Y.vACaCgS.V,.LeG  R.ZiLn sWJ o.,ee B u, n a.rb HPKeVo,CWe,.o v i L..,rmB L.  Bu . . H eiNn DeR tX ,W w, Ke,  
 
18
RT  pe.s  ra m eTsrttt4nkenceeepgnyniowldlsmle rt aoNitng  eOa cycrip nbcmt onruoislirhseuo tauonc
 
19
RL  tn020e..t ) :G1eN04- 34.8a46(3
 
20
FA  TRANSFAC: T08800; Nanog; mouse, Mus musculus.
 
21
FA  TRANSFAC: T08969; Nanog; mouse, Mus musculus.
 
22
FR  TRANSFAC: FR0012904; mouse, Mus musculus.
 
23
FR  TRANSFAC: FR0016884; mouse, Mus musculus.
 
24
MX  TRANSFAC: M01123; Nanog.
 
25
MX  TRANSFAC: M01124; Oct-4 (POU5F1).
 
26
MX  TRANSFAC: M01125; Oct-4 (POU5F1).
 
27
XX
 
28
//
 
29
AC  RE0047775
 
30
RX  PUBMED: 16574738.
 
31
RA  ..Bet S . ,.u i rMeK ,,d. vWeWk KaS.ee.nyNk mJMMih. a, i P
 
32
RT  INDD VDGT C1AALEBEI.EIT IYIHLA6ITTE E ANV  ITSL MTRTANYE TM NISP TNBAUTPOIORSL I- NVTOD,MHIRRLINSDX TRPY NO CAELUAOA SNMMNT CED5CTH NII TERTOI2IMTVPEH3DSAI
 
33
RL  Mc (o0o.. 0n)lnir.do 2E:6l
 
34
GE  TRANSFAC: G036757; TRPV6; human, Homo sapiens.
 
35
BS  TRANSFAC: R19310;; human, Homo sapiens.
 
36
BS  TRANSFAC: R19311;; human, Homo sapiens.
 
37
BS  TRANSFAC: R19312;; human, Homo sapiens.
 
38
BS  TRANSFAC: R19313;; human, Homo sapiens.
 
39
BS  TRANSFAC: R19314;; human, Homo sapiens.
 
40
BS  TRANSFAC: R19315;; human, Homo sapiens.
 
41
BS  TRANSFAC: R19316;; human, Homo sapiens.
 
42
XX
 
43
//
 
44
AC  RE0047626
 
45
RA  _eCART.mTaANFS
 
46
RT  ixNr e r.setitnmwae
 
47
RL  ) :N0Se0R1rRs2o 0 TR010CFA6A2tp0(le.
 
48
MX  TRANSFAC: M01105; ZBRK1.
 
49
MX  TRANSFAC: M01107; RUSH-1alpha.
 
50
MX  TRANSFAC: M01108; HOXA7.
 
51
MX  TRANSFAC: M01109; SZF1-1.
 
52
MX  TRANSFAC: M01111; RBP-Jkappa.
 
53
MX  TRANSFAC: M01112; RBP-Jkappa.
 
54
MX  TRANSFAC: M01113; CACD.
 
55
MX  TRANSFAC: M01114; E2F.
 
56
MX  TRANSFAC: M01116; CLOCK:BMAL.
 
57
MX  TRANSFAC: M01117; OTX.
 
58
MX  TRANSFAC: M01118; WT1.
 
59
MX  TRANSFAC: M01119; KAISO.
 
60
MX  TRANSFAC: M01122; ZNF219.
 
61
MX  TRANSFAC: M01123; Nanog.
 
62
MX  TRANSFAC: M01124; Oct-4 (POU5F1).
 
63
MX  TRANSFAC: M01125; Oct-4 (POU5F1).
 
64
XX
 
65
//
 
66
AC  RE0047634
 
67
RX  PUBMED: 15743839.
 
68
RA  STi,rNHHKs  aa..Sd .Tdu m,,aj Kaauroo,Ho.ia. M  ,.Kk,,H u atnua   oa t aYdba..mirT TuN.et
 
69
RT  aoeNfnmusiriOorrner. tcec eqdio  aeissnxrxnooa csnmt fa eoesgir el eogltrdatipnanreete rla   ngpSu
 
70
RL  0404eC2:8Ml55. l52()25.o i7ll o. 2-.B
 
71
FA  TRANSFAC: T08800; Nanog; mouse, Mus musculus.
 
72
GE  TRANSFAC: G031512; Nanog; mouse, Mus musculus.
 
73
BS  TRANSFAC: R19260; Nanog (Nanog homeobox); mouse, Mus musculus.
 
74
BS  TRANSFAC: R19510; Nanog (Nanog homeobox); mouse, Mus musculus.
 
75
XX
 
76
//
 
77
AC  RE0047637
 
78
RX  PUBMED: 12787504.
 
79
RA  h  .KeyMarKa  mk.sYiia . ,MHMtMa.aSnzaw,a kaghTakum ,a..oIwd. MMuTaia,  ua ,i,hra.ama, t eaMu   oYS,.akKs
 
80
RT  Smoeitnt T  els iresde  irnoeqcofEgp dm aeuriasho n  hycaasr.onoilenbilicrunnlnemt tNo epfepape uo
 
81
RL  33 02l102 -1.l(C136):46e
 
82
FA  TRANSFAC: T08800; Nanog; mouse, Mus musculus.
 
83
XX
 
84
//
 
85
AC  RE0047645
 
86
RX  PUBMED: 12787505.
 
87
RA  S.eRedtbt i..,Mhb, lowmCnh .iTLro. eD ,S,AsmicC., h   ylbIseo, Naees . roJ Se
 
88
RT  ioei.N fclFoilsngers aeu ypoern  aesinsxen nprcostmottiolc n cc p,llymt nuigau tofacnb niinagsorn
 
89
RL  536:34.3-260051()1 el Cl
 
90
FA  TRANSFAC: T08800; Nanog; mouse, Mus musculus.
 
91
XX
 
92
//