← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/SeqIO/qual.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/SeqIO/qual.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: qual.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN {
 
7
    use lib '.';
 
8
    use Bio::Root::Test;
 
9
    
 
10
    test_begin(-tests => 18);
 
11
        
 
12
        use_ok('Bio::SeqIO');
 
13
        use_ok('Bio::Seq::PrimaryQual');
 
14
}
 
15
 
 
16
my $DEBUG = test_debug();
 
17
 
 
18
my $in_qual  = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('qualfile.qual'),
 
19
                               '-format' => 'qual');
 
20
ok($in_qual);
 
21
 
 
22
my @quals;
 
23
 
 
24
my $first = 1;
 
25
while ( my $qual = $in_qual->next_seq() ) {
 
26
                # ::dumpValue($qual);
 
27
        isa_ok($qual, 'Bio::Seq::PrimaryQual');
 
28
    @quals = @{$qual->qual()};
 
29
    if( $DEBUG ) {
 
30
        warn($qual->id()."\n");
 
31
        
 
32
        warn("(".scalar(@quals).") quality values.\n");
 
33
    }
 
34
    if( $first ) { 
 
35
                is(@quals, 484);
 
36
    }
 
37
    $first = 0;
 
38
}
 
39
 
 
40
# in October 2004, Carlos Mauricio La Rota posted a problem with descriptions
 
41
# this routine is to test that
 
42
 
 
43
@quals = 10..20;
 
44
# this one has a forced header
 
45
my $seq = Bio::Seq::PrimaryQual->new(
 
46
                    -qual =>   \@quals,
 
47
                    -header   =>   "Hank is a good cat. I gave him a bath yesterday.");
 
48
my $out = Bio::SeqIO->new(-file  =>   ">".test_output_file(),
 
49
                         -format   =>   'qual');
 
50
# yes, that works
 
51
is $seq->header, 'Hank is a good cat. I gave him a bath yesterday.';
 
52
@quals = @{$seq->qual()};
 
53
is scalar(@quals), 11;
 
54
ok $out->write_seq($seq);
 
55
$seq->header('');
 
56
is $seq->header, '';
 
57
$seq->id('Hank1');
 
58
is $seq->id, 'Hank1';
 
59
# yes, that works
 
60
ok $out->write_seq($seq);