← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Phenotype/Correlate.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Phenotype/Correlate.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: Correlate.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
BEGIN {
 
6
    use lib '.';
 
7
        use Bio::Root::Test;
 
8
        
 
9
        test_begin(-tests => 17);
 
10
    
 
11
    use_ok('Bio::Phenotype::Correlate');
 
12
    use_ok('Bio::Species');
 
13
}
 
14
 
 
15
my $mouse = Bio::Species->new();
 
16
  
 
17
$mouse->classification( qw( musculus Mus ) );
 
18
 
 
19
my $co = Bio::Phenotype::Correlate->new( -name        => "4(Tas1r3)",
 
20
                                         -description => "mouse correlate of human phenotype MIM 605865",
 
21
                                         -species     => $mouse,
 
22
                                         -type        => "homolog",
 
23
                                         -comment     => "type=homolog is putative" );
 
24
 
 
25
isa_ok($co, "Bio::Phenotype::Correlate" );
 
26
 
 
27
ok( $co->to_string() );
 
28
 
 
29
is( $co->name(), "4(Tas1r3)" );
 
30
is( $co->description(), "mouse correlate of human phenotype MIM 605865" );
 
31
is( $co->species()->binomial(), "Mus musculus" );
 
32
is( $co->type(), "homolog" );
 
33
is( $co->comment(), "type=homolog is putative" );
 
34
 
 
35
$co->init();
 
36
 
 
37
is( $co->name(), "" );
 
38
is( $co->description(), "" );
 
39
is( $co->type(), "" );
 
40
is( $co->comment(), "" );
 
41
 
 
42
is( $co->name( "A" ), "A" );
 
43
is( $co->description( "B" ), "B" );
 
44
is( $co->type( "C" ), "C" );
 
45
is( $co->comment( "D" ), "D" );