← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/map_hem/HEM12-HEM15.meme.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/map_hem/HEM12-HEM15.meme.txt
 
1
********************************************************************************
 
2
MEME - Motif discovery tool
 
3
********************************************************************************
 
4
MEME version 3.5.4 (Release date:    )
 
5
 
 
6
For further information on how to interpret these results or to get
 
7
a copy of the MEME software please access http://meme.nbcr.net.
 
8
 
 
9
This file may be used as input to the MAST algorithm for searching
 
10
sequence databases for matches to groups of motifs.  MAST is available
 
11
for interactive use and downloading at http://meme.nbcr.net.
 
12
********************************************************************************
 
13
 
 
14
 
 
15
********************************************************************************
 
16
REFERENCE
 
17
********************************************************************************
 
18
If you use this program in your research, please cite:
 
19
 
 
20
Timothy L. Bailey and Charles Elkan,
 
21
"Fitting a mixture model by expectation maximization to discover
 
22
motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International
 
23
Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36,
 
24
AAAI Press, Menlo Park, California, 1994.
 
25
********************************************************************************
 
26
 
 
27
 
 
28
********************************************************************************
 
29
TRAINING SET
 
30
********************************************************************************
 
31
DATAFILE= HEM12-HEM15.fa
 
32
ALPHABET= ACGT
 
33
Sequence name            Weight Length  Sequence name            Weight Length  
 
34
-------------            ------ ------  -------------            ------ ------  
 
35
SGD_Scer_YDR047W         1.0000   1000  MIT_Spar_c130_3923       1.0000   1000  
 
36
MIT_Sbay_c896_21277      1.0000   1000  WashU_Skud_Contig1362.1  1.0000    761  
 
37
SGD_Scer_YOR176W         1.0000    727  MIT_Spar_c278_20970      1.0000    727  
 
38
MIT_Smik_c935_20455      1.0000    727  WashU_Skud_Contig2050.4  1.0000    727  
 
39
WashU_Sbay_Contig480.2   1.0000    727  
 
40
********************************************************************************
 
41
 
 
42
********************************************************************************
 
43
COMMAND LINE SUMMARY
 
44
********************************************************************************
 
45
This information can also be useful in the event you wish to report a
 
46
problem with the MEME software.
 
47
 
 
48
command: meme HEM12-HEM15.fa -nostatus -dna -revcomp -nmotifs 5 -bfile yeast.nc.1.freq -maxw 20 -mod oops -dir /Volumes/DATA/Home/ajr/sw/powerpc/meme-3.5.4 
 
49
 
 
50
model:  mod=          oops    nmotifs=         5    evt=           inf
 
51
object function=  E-value of product of p-values
 
52
width:  minw=            6    maxw=           20    minic=        0.00
 
53
width:  wg=             11    ws=              1    endgaps=       yes
 
54
nsites: minsites=        9    maxsites=        9    wnsites=       0.8
 
55
theta:  prob=            1    spmap=         uni    spfuzz=        0.5
 
56
em:     prior=   dirichlet    b=            0.01    maxiter=        50
 
57
        distance=    1e-05
 
58
data:   n=            7396    N=               9
 
59
strands: + -
 
60
sample: seed=            0    seqfrac=         1
 
61
Letter frequencies in dataset:
 
62
A 0.298 C 0.202 G 0.202 T 0.298 
 
63
Background letter frequencies (from yeast.nc.1.freq):
 
64
A 0.324 C 0.176 G 0.176 T 0.324 
 
65
********************************************************************************
 
66
 
 
67
 
 
68
********************************************************************************
 
69
MOTIF  1        width =   20   sites =   9   llr = 199   E-value = 4.8e-024
 
70
********************************************************************************
 
71
--------------------------------------------------------------------------------
 
72
        Motif 1 Description
 
73
--------------------------------------------------------------------------------
 
74
Simplified        A  ::::1236aaa::6:6aa::
 
75
pos.-specific     C  1828327::::aa4a:::9a
 
76
probability       G  81816::4:::::::4::::
 
77
matrix            T  11:1:6::::::::::::1:
 
78
 
 
79
         bits    2.5            ** *    *
 
80
                 2.3            ** *    *
 
81
                 2.0            ** *   **
 
82
                 1.8   *        ** *   **
 
83
Information      1.5 ****    ***** * ****
 
84
content          1.3 ****  * ***** * ****
 
85
(31.9 bits)      1.0 ***** **************
 
86
                 0.8 ***** **************
 
87
                 0.5 ********************
 
88
                 0.3 ********************
 
89
                 0.0 --------------------
 
90
 
 
91
Multilevel           GCGCGTCAAAACCACAAACC
 
92
consensus              C CAAG     C G    
 
93
sequence                  C              
 
94
                                         
 
95
--------------------------------------------------------------------------------
 
96
 
 
97
--------------------------------------------------------------------------------
 
98
        Motif 1 sites sorted by position p-value
 
99
--------------------------------------------------------------------------------
 
100
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
101
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
102
WashU_Sbay_Contig480.2       +    571  6.74e-13 CTTTCGAAGT GCGCGTCGAAACCACAAACC ATCAAAAATA
 
103
WashU_Skud_Contig2050.4      +    566  6.74e-13 CTTTCAAAGT GCGCGTCGAAACCACAAACC GTCGAAAATA
 
104
MIT_Spar_c278_20970          +    560  6.74e-13 CTTTCGAATT GCGCGTCGAAACCACAAACC GTCGAAAATA
 
105
SGD_Scer_YOR176W             +    558  6.74e-13 CTTTCACATT GCGCGTCGAAACCACAAACC GTCGAAAACA
 
106
MIT_Smik_c935_20455          +    544  1.42e-12 CTCTCCAATT GCGCGTCAAAACCACAAACC GTCGAAAATA
 
107
MIT_Sbay_c896_21277          +    203  2.13e-10 CTTTTCCATG GCGTCAAAAAACCCCGAACC CTGTATAAAC
 
108
SGD_Scer_YDR047W             +    235  2.25e-10 TTCCTCTCCT GCCGCCAAAAACCCCGAACC CTGTCCTGTA
 
109
MIT_Spar_c130_3923           +    232  1.41e-09 TTTTCTCTCC TGCCACCAAAACCCCGAACC CTGTCCCGTA
 
110
WashU_Skud_Contig1362.1      +    198  2.94e-09 TTTTTTCCTG CTGCCAAAAAACCCCGAATC ATGTAGAAGC
 
111
--------------------------------------------------------------------------------
 
112
 
 
113
--------------------------------------------------------------------------------
 
114
        Motif 1 block diagrams
 
115
--------------------------------------------------------------------------------
 
116
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
117
-------------            ----------------  -------------
 
118
WashU_Sbay_Contig480.2            6.7e-13  570_[+1]_137
 
119
WashU_Skud_Contig2050.4           6.7e-13  565_[+1]_142
 
120
MIT_Spar_c278_20970               6.7e-13  559_[+1]_148
 
121
SGD_Scer_YOR176W                  6.7e-13  557_[+1]_150
 
122
MIT_Smik_c935_20455               1.4e-12  543_[+1]_164
 
123
MIT_Sbay_c896_21277               2.1e-10  202_[+1]_778
 
124
SGD_Scer_YDR047W                  2.2e-10  234_[+1]_746
 
125
MIT_Spar_c130_3923                1.4e-09  231_[+1]_749
 
126
WashU_Skud_Contig1362.1           2.9e-09  197_[+1]_544
 
127
--------------------------------------------------------------------------------
 
128
 
 
129
--------------------------------------------------------------------------------
 
130
        Motif 1 in BLOCKS format
 
131
--------------------------------------------------------------------------------
 
132
BL   MOTIF 1 width=20 seqs=9
 
133
WashU_Sbay_Contig480.2   (  571) GCGCGTCGAAACCACAAACC  1 
 
134
WashU_Skud_Contig2050.4  (  566) GCGCGTCGAAACCACAAACC  1 
 
135
MIT_Spar_c278_20970      (  560) GCGCGTCGAAACCACAAACC  1 
 
136
SGD_Scer_YOR176W         (  558) GCGCGTCGAAACCACAAACC  1 
 
137
MIT_Smik_c935_20455      (  544) GCGCGTCAAAACCACAAACC  1 
 
138
MIT_Sbay_c896_21277      (  203) GCGTCAAAAAACCCCGAACC  1 
 
139
SGD_Scer_YDR047W         (  235) GCCGCCAAAAACCCCGAACC  1 
 
140
MIT_Spar_c130_3923       (  232) TGCCACCAAAACCCCGAACC  1 
 
141
WashU_Skud_Contig1362.1  (  198) CTGCCAAAAAACCCCGAATC  1 
 
142
//
 
143
 
 
144
--------------------------------------------------------------------------------
 
145
 
 
146
--------------------------------------------------------------------------------
 
147
        Motif 1 position-specific scoring matrix
 
148
--------------------------------------------------------------------------------
 
149
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7225 bayes= 9.64706 E= 4.8e-024 
 
150
  -982    -66    215   -154 
 
151
  -982    215    -66   -154 
 
152
  -982     34    215   -982 
 
153
  -982    215    -66   -154 
 
154
  -154     92    166   -982 
 
155
   -55     34   -982     78 
 
156
     4    192   -982   -982 
 
157
    78   -982    134   -982 
 
158
   162   -982   -982   -982 
 
159
   162   -982   -982   -982 
 
160
   162   -982   -982   -982 
 
161
  -982    251   -982   -982 
 
162
  -982    251   -982   -982 
 
163
    78    134   -982   -982 
 
164
  -982    251   -982   -982 
 
165
    78   -982    134   -982 
 
166
   162   -982   -982   -982 
 
167
   162   -982   -982   -982 
 
168
  -982    234   -982   -154 
 
169
  -982    251   -982   -982 
 
170
--------------------------------------------------------------------------------
 
171
 
 
172
--------------------------------------------------------------------------------
 
173
        Motif 1 position-specific probability matrix
 
174
--------------------------------------------------------------------------------
 
175
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 4.8e-024 
 
176
 0.000000  0.111111  0.777778  0.111111 
 
177
 0.000000  0.777778  0.111111  0.111111 
 
178
 0.000000  0.222222  0.777778  0.000000 
 
179
 0.000000  0.777778  0.111111  0.111111 
 
180
 0.111111  0.333333  0.555556  0.000000 
 
181
 0.222222  0.222222  0.000000  0.555556 
 
182
 0.333333  0.666667  0.000000  0.000000 
 
183
 0.555556  0.000000  0.444444  0.000000 
 
184
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
185
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
186
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
187
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
188
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
189
 0.555556  0.444444  0.000000  0.000000 
 
190
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
191
 0.555556  0.000000  0.444444  0.000000 
 
192
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
193
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
194
 0.000000  0.888889  0.000000  0.111111 
 
195
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
196
--------------------------------------------------------------------------------
 
197
 
 
198
--------------------------------------------------------------------------------
 
199
        Motif 1 regular expression
 
200
--------------------------------------------------------------------------------
 
201
GC[GC]C[GC][TAC][CA][AG]AAACC[AC]C[AG]AACC
 
202
--------------------------------------------------------------------------------
 
203
 
 
204
 
 
205
 
 
206
 
 
207
Time  5.88 secs.
 
208
 
 
209
********************************************************************************
 
210
 
 
211
 
 
212
********************************************************************************
 
213
MOTIF  2        width =   20   sites =   9   llr = 171   E-value = 5.0e-014
 
214
********************************************************************************
 
215
--------------------------------------------------------------------------------
 
216
        Motif 2 Description
 
217
--------------------------------------------------------------------------------
 
218
Simplified        A  91:a12:::6::::1::12:
 
219
pos.-specific     C  1:::1:881:8:a2239:48
 
220
probability       G  :91:2:22::2a:827:1::
 
221
matrix            T  ::9:68::94::::4:1832
 
222
 
 
223
         bits    2.5            **       
 
224
                 2.3            **       
 
225
                 2.0  *         **   *   
 
226
                 1.8  *    **  ****  *   
 
227
Information      1.5  * *  **  **** **  *
 
228
content          1.3 ****  *** **** **  *
 
229
(27.4 bits)      1.0 ****  *** **** **  *
 
230
                 0.8 **** ********* *** *
 
231
                 0.5 **** ********* *****
 
232
                 0.3 ********************
 
233
                 0.0 --------------------
 
234
 
 
235
Multilevel           AGTATTCCTACGCGTGCTCC
 
236
consensus                GAGG TG  CCC  TT
 
237
sequence                           G   A 
 
238
                                         
 
239
--------------------------------------------------------------------------------
 
240
 
 
241
--------------------------------------------------------------------------------
 
242
        Motif 2 sites sorted by position p-value
 
243
--------------------------------------------------------------------------------
 
244
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
245
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
246
MIT_Spar_c278_20970          +    152  2.21e-12 ACCGACTAAA AGTATTCCTTCGCGTCCTCC TTCTTCAATC
 
247
SGD_Scer_YOR176W             +    150  2.21e-12 ACCGACCAAA AGTATTCCTTCGCGTCCTCC TTCTTCAATC
 
248
WashU_Skud_Contig2050.4      +    156  3.61e-12 GACCAAAAGA AGTATTCCTTCGCGTGCTTC TCCTTTCTGT
 
249
WashU_Sbay_Contig480.2       +    200  7.52e-12 GACCAAAAGA AGTATTCCTACGCGAGCTCC CTCTTCAAGT
 
250
MIT_Smik_c935_20455          +    147  3.24e-09 GGCCGACCAA AAGACTCCTTCGCGTCCTCC TTCTTCAAGT
 
251
WashU_Skud_Contig1362.1      -    674  4.27e-09 CGTTCGATCG AGTAATGCTAGGCCCGCTTC GAGAGCTGGT
 
252
SGD_Scer_YDR047W             -    388  1.16e-08 AACATGTTGT AGTATACGTACGCGGGCAAT TGTGGTGACA
 
253
MIT_Spar_c130_3923           -    386  2.39e-08 ATCATATTTT AGTAGACGCACGCGGGCGAT TATAACGAAA
 
254
MIT_Sbay_c896_21277          -    675  2.87e-08 TGTTTGGCTG CGTAGTGCTAGGCCCGTTTC GCCTGGCTTG
 
255
--------------------------------------------------------------------------------
 
256
 
 
257
--------------------------------------------------------------------------------
 
258
        Motif 2 block diagrams
 
259
--------------------------------------------------------------------------------
 
260
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
261
-------------            ----------------  -------------
 
262
MIT_Spar_c278_20970               2.2e-12  151_[+2]_556
 
263
SGD_Scer_YOR176W                  2.2e-12  149_[+2]_558
 
264
WashU_Skud_Contig2050.4           3.6e-12  155_[+2]_552
 
265
WashU_Sbay_Contig480.2            7.5e-12  199_[+2]_508
 
266
MIT_Smik_c935_20455               3.2e-09  146_[+2]_561
 
267
WashU_Skud_Contig1362.1           4.3e-09  673_[-2]_68
 
268
SGD_Scer_YDR047W                  1.2e-08  387_[-2]_593
 
269
MIT_Spar_c130_3923                2.4e-08  385_[-2]_595
 
270
MIT_Sbay_c896_21277               2.9e-08  674_[-2]_306
 
271
--------------------------------------------------------------------------------
 
272
 
 
273
--------------------------------------------------------------------------------
 
274
        Motif 2 in BLOCKS format
 
275
--------------------------------------------------------------------------------
 
276
BL   MOTIF 2 width=20 seqs=9
 
277
MIT_Spar_c278_20970      (  152) AGTATTCCTTCGCGTCCTCC  1 
 
278
SGD_Scer_YOR176W         (  150) AGTATTCCTTCGCGTCCTCC  1 
 
279
WashU_Skud_Contig2050.4  (  156) AGTATTCCTTCGCGTGCTTC  1 
 
280
WashU_Sbay_Contig480.2   (  200) AGTATTCCTACGCGAGCTCC  1 
 
281
MIT_Smik_c935_20455      (  147) AAGACTCCTTCGCGTCCTCC  1 
 
282
WashU_Skud_Contig1362.1  (  674) AGTAATGCTAGGCCCGCTTC  1 
 
283
SGD_Scer_YDR047W         (  388) AGTATACGTACGCGGGCAAT  1 
 
284
MIT_Spar_c130_3923       (  386) AGTAGACGCACGCGGGCGAT  1 
 
285
MIT_Sbay_c896_21277      (  675) CGTAGTGCTAGGCCCGTTTC  1 
 
286
//
 
287
 
 
288
--------------------------------------------------------------------------------
 
289
 
 
290
--------------------------------------------------------------------------------
 
291
        Motif 2 position-specific scoring matrix
 
292
--------------------------------------------------------------------------------
 
293
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7225 bayes= 9.64706 E= 5.0e-014 
 
294
   145    -66   -982   -982 
 
295
  -154   -982    234   -982 
 
296
  -982   -982    -66    145 
 
297
   162   -982   -982   -982 
 
298
  -154    -66     34     78 
 
299
   -55   -982   -982    126 
 
300
  -982    215     34   -982 
 
301
  -982    215     34   -982 
 
302
  -982    -66   -982    145 
 
303
    78   -982   -982     45 
 
304
  -982    215     34   -982 
 
305
  -982   -982    251   -982 
 
306
  -982    251   -982   -982 
 
307
  -982     34    215   -982 
 
308
  -154     34     34     45 
 
309
  -982     92    192   -982 
 
310
  -982    234   -982   -154 
 
311
  -154   -982    -66    126 
 
312
   -55    134   -982      4 
 
313
  -982    215   -982    -55 
 
314
--------------------------------------------------------------------------------
 
315
 
 
316
--------------------------------------------------------------------------------
 
317
        Motif 2 position-specific probability matrix
 
318
--------------------------------------------------------------------------------
 
319
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 5.0e-014 
 
320
 0.888889  0.111111  0.000000  0.000000 
 
321
 0.111111  0.000000  0.888889  0.000000 
 
322
 0.000000  0.000000  0.111111  0.888889 
 
323
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
324
 0.111111  0.111111  0.222222  0.555556 
 
325
 0.222222  0.000000  0.000000  0.777778 
 
326
 0.000000  0.777778  0.222222  0.000000 
 
327
 0.000000  0.777778  0.222222  0.000000 
 
328
 0.000000  0.111111  0.000000  0.888889 
 
329
 0.555556  0.000000  0.000000  0.444444 
 
330
 0.000000  0.777778  0.222222  0.000000 
 
331
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
332
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
333
 0.000000  0.222222  0.777778  0.000000 
 
334
 0.111111  0.222222  0.222222  0.444444 
 
335
 0.000000  0.333333  0.666667  0.000000 
 
336
 0.000000  0.888889  0.000000  0.111111 
 
337
 0.111111  0.000000  0.111111  0.777778 
 
338
 0.222222  0.444444  0.000000  0.333333 
 
339
 0.000000  0.777778  0.000000  0.222222 
 
340
--------------------------------------------------------------------------------
 
341
 
 
342
--------------------------------------------------------------------------------
 
343
        Motif 2 regular expression
 
344
--------------------------------------------------------------------------------
 
345
AGTA[TG][TA][CG][CG]T[AT][CG]GC[GC][TCG][GC]CT[CTA][CT]
 
346
--------------------------------------------------------------------------------
 
347
 
 
348
 
 
349
 
 
350
 
 
351
Time 11.70 secs.
 
352
 
 
353
********************************************************************************
 
354
 
 
355
 
 
356
********************************************************************************
 
357
MOTIF  3        width =   20   sites =   9   llr = 168   E-value = 2.4e-011
 
358
********************************************************************************
 
359
--------------------------------------------------------------------------------
 
360
        Motif 3 Description
 
361
--------------------------------------------------------------------------------
 
362
Simplified        A  ::::::::11::7:21::::
 
363
pos.-specific     C  :428:1a2:::2116:1:::
 
364
probability       G  a:::19:17:1718::8:::
 
365
matrix            T  :6829::7299111291aaa
 
366
 
 
367
         bits    2.5 *     *             
 
368
                 2.3 *     *             
 
369
                 2.0 *    **             
 
370
                 1.8 *    **             
 
371
Information      1.5 *  * **      *  ****
 
372
content          1.3 *  ****   ** *  ****
 
373
(27.0 bits)      1.0 ******* **** * *****
 
374
                 0.8 ************ *******
 
375
                 0.5 ************ *******
 
376
                 0.3 ********************
 
377
                 0.0 --------------------
 
378
 
 
379
Multilevel           GTTCTGCTGTTGAGCTGTTT
 
380
consensus             CCT   CT  C  A     
 
381
sequence                           T     
 
382
                                         
 
383
--------------------------------------------------------------------------------
 
384
 
 
385
--------------------------------------------------------------------------------
 
386
        Motif 3 sites sorted by position p-value
 
387
--------------------------------------------------------------------------------
 
388
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
389
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
390
MIT_Smik_c935_20455          +    484  3.60e-13 AGCTTTTTTT GCTCTGCTGTTGAGCTGTTT TACTTCATTG
 
391
WashU_Sbay_Contig480.2       +    510  1.02e-12 GCTGTTTTTT GTTCTGCTGTTGAGCTGTTT TGCTCCACCT
 
392
WashU_Skud_Contig2050.4      +    501  1.02e-12 GCTGTTTTTT GTTCTGCTGTTGAGCTGTTT TGTTCCATCT
 
393
MIT_Spar_c278_20970          +    500  1.41e-12 AGCTTTTTTT GCCCTGCTGTTGAGCTGTTT TGCTTCACTG
 
394
SGD_Scer_YOR176W             +    498  2.49e-12 AGCTTTTTTT GTCCTGCTGTTGAGCTGTTT TGCTTTACTG
 
395
WashU_Skud_Contig1362.1      -    125  2.43e-08 TCAACGAGGT GTTCTGCCTTTCGTATGTTT ATTGCTCGAA
 
396
MIT_Spar_c130_3923           -    609  7.51e-08 CGCCAGTGGT GCTTTGCTTTGCCGTAGTTT GTAAAAAAAA
 
397
MIT_Sbay_c896_21277          +    770  1.89e-07 CTAGCAGCGT GCTTGCCGGATGAGTTTTTT CCATTTTCCT
 
398
SGD_Scer_YDR047W             -    161  2.04e-07 CCAGCGAAAT GTTCTGCCATTTTCATCTTT ACCGCTCGAA
 
399
--------------------------------------------------------------------------------
 
400
 
 
401
--------------------------------------------------------------------------------
 
402
        Motif 3 block diagrams
 
403
--------------------------------------------------------------------------------
 
404
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
405
-------------            ----------------  -------------
 
406
MIT_Smik_c935_20455               3.6e-13  483_[+3]_224
 
407
WashU_Sbay_Contig480.2              1e-12  509_[+3]_198
 
408
WashU_Skud_Contig2050.4             1e-12  500_[+3]_207
 
409
MIT_Spar_c278_20970               1.4e-12  499_[+3]_208
 
410
SGD_Scer_YOR176W                  2.5e-12  497_[+3]_210
 
411
WashU_Skud_Contig1362.1           2.4e-08  124_[-3]_617
 
412
MIT_Spar_c130_3923                7.5e-08  608_[-3]_372
 
413
MIT_Sbay_c896_21277               1.9e-07  769_[+3]_211
 
414
SGD_Scer_YDR047W                    2e-07  160_[-3]_820
 
415
--------------------------------------------------------------------------------
 
416
 
 
417
--------------------------------------------------------------------------------
 
418
        Motif 3 in BLOCKS format
 
419
--------------------------------------------------------------------------------
 
420
BL   MOTIF 3 width=20 seqs=9
 
421
MIT_Smik_c935_20455      (  484) GCTCTGCTGTTGAGCTGTTT  1 
 
422
WashU_Sbay_Contig480.2   (  510) GTTCTGCTGTTGAGCTGTTT  1 
 
423
WashU_Skud_Contig2050.4  (  501) GTTCTGCTGTTGAGCTGTTT  1 
 
424
MIT_Spar_c278_20970      (  500) GCCCTGCTGTTGAGCTGTTT  1 
 
425
SGD_Scer_YOR176W         (  498) GTCCTGCTGTTGAGCTGTTT  1 
 
426
WashU_Skud_Contig1362.1  (  125) GTTCTGCCTTTCGTATGTTT  1 
 
427
MIT_Spar_c130_3923       (  609) GCTTTGCTTTGCCGTAGTTT  1 
 
428
MIT_Sbay_c896_21277      (  770) GCTTGCCGGATGAGTTTTTT  1 
 
429
SGD_Scer_YDR047W         (  161) GTTCTGCCATTTTCATCTTT  1 
 
430
//
 
431
 
 
432
--------------------------------------------------------------------------------
 
433
 
 
434
--------------------------------------------------------------------------------
 
435
        Motif 3 position-specific scoring matrix
 
436
--------------------------------------------------------------------------------
 
437
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7225 bayes= 9.64706 E= 2.4e-011 
 
438
  -982   -982    251   -982 
 
439
  -982    134   -982     78 
 
440
  -982     34   -982    126 
 
441
  -982    215   -982    -55 
 
442
  -982   -982    -66    145 
 
443
  -982    -66    234   -982 
 
444
  -982    251   -982   -982 
 
445
  -982     34    -66    104 
 
446
  -154   -982    192    -55 
 
447
  -154   -982   -982    145 
 
448
  -982   -982    -66    145 
 
449
  -982     34    192   -154 
 
450
   104    -66    -66   -154 
 
451
  -982    -66    215   -154 
 
452
   -55    166   -982    -55 
 
453
  -154   -982   -982    145 
 
454
  -982    -66    215   -154 
 
455
  -982   -982   -982    162 
 
456
  -982   -982   -982    162 
 
457
  -982   -982   -982    162 
 
458
--------------------------------------------------------------------------------
 
459
 
 
460
--------------------------------------------------------------------------------
 
461
        Motif 3 position-specific probability matrix
 
462
--------------------------------------------------------------------------------
 
463
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 2.4e-011 
 
464
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
465
 0.000000  0.444444  0.000000  0.555556 
 
466
 0.000000  0.222222  0.000000  0.777778 
 
467
 0.000000  0.777778  0.000000  0.222222 
 
468
 0.000000  0.000000  0.111111  0.888889 
 
469
 0.000000  0.111111  0.888889  0.000000 
 
470
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
471
 0.000000  0.222222  0.111111  0.666667 
 
472
 0.111111  0.000000  0.666667  0.222222 
 
473
 0.111111  0.000000  0.000000  0.888889 
 
474
 0.000000  0.000000  0.111111  0.888889 
 
475
 0.000000  0.222222  0.666667  0.111111 
 
476
 0.666667  0.111111  0.111111  0.111111 
 
477
 0.000000  0.111111  0.777778  0.111111 
 
478
 0.222222  0.555556  0.000000  0.222222 
 
479
 0.111111  0.000000  0.000000  0.888889 
 
480
 0.000000  0.111111  0.777778  0.111111 
 
481
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
482
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
483
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
484
--------------------------------------------------------------------------------
 
485
 
 
486
--------------------------------------------------------------------------------
 
487
        Motif 3 regular expression
 
488
--------------------------------------------------------------------------------
 
489
G[TC][TC][CT]TGC[TC][GT]TT[GC]AG[CAT]TGTTT
 
490
--------------------------------------------------------------------------------
 
491
 
 
492
 
 
493
 
 
494
 
 
495
Time 17.31 secs.
 
496
 
 
497
********************************************************************************
 
498
 
 
499
 
 
500
********************************************************************************
 
501
MOTIF  4        width =   20   sites =   9   llr = 165   E-value = 1.1e-009
 
502
********************************************************************************
 
503
--------------------------------------------------------------------------------
 
504
        Motif 4 Description
 
505
--------------------------------------------------------------------------------
 
506
Simplified        A  8282::a:8:3::3734a93
 
507
pos.-specific     C  17:1:a:a:31:a3:14:::
 
508
probability       G  ::17a:::2761::34::17
 
509
matrix            T  111::::::::9:3:11:::
 
510
 
 
511
         bits    2.5     ** *    *       
 
512
                 2.3     ** *    *       
 
513
                 2.0     ** *    *       
 
514
                 1.8     ** *    *       
 
515
Information      1.5     **** *  *    *  
 
516
content          1.3     **** * **    ***
 
517
(26.4 bits)      1.0  * ******* ** *  ***
 
518
                 0.8 ************* *  ***
 
519
                 0.5 ************* * ****
 
520
                 0.3 ********************
 
521
                 0.0 --------------------
 
522
 
 
523
Multilevel           ACAGGCACAGGTCAAGAAAG
 
524
consensus             A A    GCA  CGAC  A
 
525
sequence                          T      
 
526
                                         
 
527
--------------------------------------------------------------------------------
 
528
 
 
529
--------------------------------------------------------------------------------
 
530
        Motif 4 sites sorted by position p-value
 
531
--------------------------------------------------------------------------------
 
532
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
533
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
534
SGD_Scer_YOR176W             +    643  5.51e-13 AGGACAAAAT ACAGGCACAGGTCAAGCAAG AAGACAAACC
 
535
MIT_Spar_c278_20970          +    647  1.12e-12 AAGACACGAT ACAGGCACAGGTCCAGAAAG AATACAAAAC
 
536
MIT_Smik_c935_20455          +    632  6.03e-12 AATACTCCAT ACAGGCACAGGTCTAACAAG AAGACAACGC
 
537
WashU_Sbay_Contig480.2       +    657  2.48e-10 AGCTCTTCAT ACAGGCACAGGTCAGATAAG AAGACAATTC
 
538
MIT_Spar_c130_3923           -    808  3.78e-09 GCCGGAAAAA AAAAGCACGCATCCGGCAAG GAAAGGACGC
 
539
SGD_Scer_YDR047W             -    798  3.78e-09 GCCGGAAAAA AAAAGCACGCATCCGGCAAG CACACTAGTA
 
540
WashU_Skud_Contig2050.4      +    652  2.81e-08 AATATTCCAT TCAGGCACAGATCAACAAGA AGACAAAAAG
 
541
WashU_Skud_Contig1362.1      +     48  4.74e-08 AGCAAGCTCA ATTGGCACAGCTCTAAAAAA AGCCTTGTGA
 
542
MIT_Sbay_c896_21277          -    831  1.01e-07 TCTCTCGATG CCGCGCACACGGCTATAAAA CTGACCTTTC
 
543
--------------------------------------------------------------------------------
 
544
 
 
545
--------------------------------------------------------------------------------
 
546
        Motif 4 block diagrams
 
547
--------------------------------------------------------------------------------
 
548
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
549
-------------            ----------------  -------------
 
550
SGD_Scer_YOR176W                  5.5e-13  642_[+4]_65
 
551
MIT_Spar_c278_20970               1.1e-12  646_[+4]_61
 
552
MIT_Smik_c935_20455                 6e-12  631_[+4]_76
 
553
WashU_Sbay_Contig480.2            2.5e-10  656_[+4]_51
 
554
MIT_Spar_c130_3923                3.8e-09  807_[-4]_173
 
555
SGD_Scer_YDR047W                  3.8e-09  797_[-4]_183
 
556
WashU_Skud_Contig2050.4           2.8e-08  651_[+4]_56
 
557
WashU_Skud_Contig1362.1           4.7e-08  47_[+4]_694
 
558
MIT_Sbay_c896_21277                 1e-07  830_[-4]_150
 
559
--------------------------------------------------------------------------------
 
560
 
 
561
--------------------------------------------------------------------------------
 
562
        Motif 4 in BLOCKS format
 
563
--------------------------------------------------------------------------------
 
564
BL   MOTIF 4 width=20 seqs=9
 
565
SGD_Scer_YOR176W         (  643) ACAGGCACAGGTCAAGCAAG  1 
 
566
MIT_Spar_c278_20970      (  647) ACAGGCACAGGTCCAGAAAG  1 
 
567
MIT_Smik_c935_20455      (  632) ACAGGCACAGGTCTAACAAG  1 
 
568
WashU_Sbay_Contig480.2   (  657) ACAGGCACAGGTCAGATAAG  1 
 
569
MIT_Spar_c130_3923       (  808) AAAAGCACGCATCCGGCAAG  1 
 
570
SGD_Scer_YDR047W         (  798) AAAAGCACGCATCCGGCAAG  1 
 
571
WashU_Skud_Contig2050.4  (  652) TCAGGCACAGATCAACAAGA  1 
 
572
WashU_Skud_Contig1362.1  (   48) ATTGGCACAGCTCTAAAAAA  1 
 
573
MIT_Sbay_c896_21277      (  831) CCGCGCACACGGCTATAAAA  1 
 
574
//
 
575
 
 
576
--------------------------------------------------------------------------------
 
577
 
 
578
--------------------------------------------------------------------------------
 
579
        Motif 4 position-specific scoring matrix
 
580
--------------------------------------------------------------------------------
 
581
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7225 bayes= 9.64706 E= 1.1e-009 
 
582
   126    -66   -982   -154 
 
583
   -55    192   -982   -154 
 
584
   126   -982    -66   -154 
 
585
   -55    -66    192   -982 
 
586
  -982   -982    251   -982 
 
587
  -982    251   -982   -982 
 
588
   162   -982   -982   -982 
 
589
  -982    251   -982   -982 
 
590
   126   -982     34   -982 
 
591
  -982     92    192   -982 
 
592
     4    -66    166   -982 
 
593
  -982   -982    -66    145 
 
594
  -982    251   -982   -982 
 
595
     4     92   -982      4 
 
596
   104   -982     92   -982 
 
597
     4    -66    134   -154 
 
598
    45    134   -982   -154 
 
599
   162   -982   -982   -982 
 
600
   145   -982    -66   -982 
 
601
     4   -982    192   -982 
 
602
--------------------------------------------------------------------------------
 
603
 
 
604
--------------------------------------------------------------------------------
 
605
        Motif 4 position-specific probability matrix
 
606
--------------------------------------------------------------------------------
 
607
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 1.1e-009 
 
608
 0.777778  0.111111  0.000000  0.111111 
 
609
 0.222222  0.666667  0.000000  0.111111 
 
610
 0.777778  0.000000  0.111111  0.111111 
 
611
 0.222222  0.111111  0.666667  0.000000 
 
612
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
613
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
614
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
615
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
616
 0.777778  0.000000  0.222222  0.000000 
 
617
 0.000000  0.333333  0.666667  0.000000 
 
618
 0.333333  0.111111  0.555556  0.000000 
 
619
 0.000000  0.000000  0.111111  0.888889 
 
620
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
621
 0.333333  0.333333  0.000000  0.333333 
 
622
 0.666667  0.000000  0.333333  0.000000 
 
623
 0.333333  0.111111  0.444444  0.111111 
 
624
 0.444444  0.444444  0.000000  0.111111 
 
625
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
626
 0.888889  0.000000  0.111111  0.000000 
 
627
 0.333333  0.000000  0.666667  0.000000 
 
628
--------------------------------------------------------------------------------
 
629
 
 
630
--------------------------------------------------------------------------------
 
631
        Motif 4 regular expression
 
632
--------------------------------------------------------------------------------
 
633
A[CA]A[GA]GCAC[AG][GC][GA]TC[ACT][AG][GA][AC]AA[GA]
 
634
--------------------------------------------------------------------------------
 
635
 
 
636
 
 
637
 
 
638
 
 
639
Time 22.56 secs.
 
640
 
 
641
********************************************************************************
 
642
 
 
643
 
 
644
********************************************************************************
 
645
MOTIF  5        width =   20   sites =   9   llr = 160   E-value = 3.0e-008
 
646
********************************************************************************
 
647
--------------------------------------------------------------------------------
 
648
        Motif 5 Description
 
649
--------------------------------------------------------------------------------
 
650
Simplified        A  91:1::3:::3:::::::1:
 
651
pos.-specific     C  :::611:::::89::613::
 
652
probability       G  17::::::::121:::::4:
 
653
matrix            T  :2a3997aaa6::aa4974a
 
654
 
 
655
         bits    2.5                     
 
656
                 2.3                     
 
657
                 2.0             *       
 
658
                 1.8            **       
 
659
Information      1.5   *    *** ****    *
 
660
content          1.3 * * ** *** **** *  *
 
661
(25.6 bits)      1.0 *** ** *** ******* *
 
662
                 0.8 ********** ******* *
 
663
                 0.5 ********** *********
 
664
                 0.3 ********************
 
665
                 0.0 --------------------
 
666
 
 
667
Multilevel           AGTCTTTTTTTCCTTCTTGT
 
668
consensus             T T  A   AG   T CT 
 
669
sequence                                 
 
670
                                         
 
671
--------------------------------------------------------------------------------
 
672
 
 
673
--------------------------------------------------------------------------------
 
674
        Motif 5 sites sorted by position p-value
 
675
--------------------------------------------------------------------------------
 
676
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
677
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
678
MIT_Spar_c130_3923           +    733  2.54e-10 CGTCCCATTG AGTTTTATTTTCCTTCTCGT AGCACCTTCT
 
679
WashU_Sbay_Contig480.2       +    102  1.11e-09 AGAGAAGAAA ATTTTTTTTTTCCTTCTTGT ATGGTCAGTT
 
680
WashU_Skud_Contig2050.4      +     58  1.57e-09 ATAAGCAAGA AATCTTTTTTTCCTTCTTTT ACGGTCTATT
 
681
WashU_Skud_Contig1362.1      +    713  1.57e-09 GTTGCCGTTT AGTCTTATTTTCCTTTCCGT GCTGCGCTGC
 
682
MIT_Spar_c278_20970          +    480  1.72e-09 AAATGCGAAG AGTCTTTTTTAGCTTTTTTT GCCCTGCTGT
 
683
SGD_Scer_YDR047W             +    733  3.76e-09 CGTCCCATTG AGTTTTATTTTCCTTCTCAT GGCACCTTCT
 
684
MIT_Smik_c935_20455          +     57  4.88e-09 ATATGTGATG AGTCCTTTTTACGTTCTTGT ATAACCTAAG
 
685
MIT_Sbay_c896_21277          +     10  2.83e-08  AGTGTTAAC AGTATCTTTTGCCTTTTTTT ATTCTAATAG
 
686
SGD_Scer_YOR176W             +    478  3.32e-08 AGTGCGAAGA GTTCTTTTTTAGCTTTTTTT GTCCTGCTGT
 
687
--------------------------------------------------------------------------------
 
688
 
 
689
--------------------------------------------------------------------------------
 
690
        Motif 5 block diagrams
 
691
--------------------------------------------------------------------------------
 
692
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
693
-------------            ----------------  -------------
 
694
MIT_Spar_c130_3923                2.5e-10  732_[+5]_248
 
695
WashU_Sbay_Contig480.2            1.1e-09  101_[+5]_606
 
696
WashU_Skud_Contig2050.4           1.6e-09  57_[+5]_650
 
697
WashU_Skud_Contig1362.1           1.6e-09  712_[+5]_29
 
698
MIT_Spar_c278_20970               1.7e-09  479_[+5]_228
 
699
SGD_Scer_YDR047W                  3.8e-09  732_[+5]_248
 
700
MIT_Smik_c935_20455               4.9e-09  56_[+5]_651
 
701
MIT_Sbay_c896_21277               2.8e-08  9_[+5]_971
 
702
SGD_Scer_YOR176W                  3.3e-08  477_[+5]_230
 
703
--------------------------------------------------------------------------------
 
704
 
 
705
--------------------------------------------------------------------------------
 
706
        Motif 5 in BLOCKS format
 
707
--------------------------------------------------------------------------------
 
708
BL   MOTIF 5 width=20 seqs=9
 
709
MIT_Spar_c130_3923       (  733) AGTTTTATTTTCCTTCTCGT  1 
 
710
WashU_Sbay_Contig480.2   (  102) ATTTTTTTTTTCCTTCTTGT  1 
 
711
WashU_Skud_Contig2050.4  (   58) AATCTTTTTTTCCTTCTTTT  1 
 
712
WashU_Skud_Contig1362.1  (  713) AGTCTTATTTTCCTTTCCGT  1 
 
713
MIT_Spar_c278_20970      (  480) AGTCTTTTTTAGCTTTTTTT  1 
 
714
SGD_Scer_YDR047W         (  733) AGTTTTATTTTCCTTCTCAT  1 
 
715
MIT_Smik_c935_20455      (   57) AGTCCTTTTTACGTTCTTGT  1 
 
716
MIT_Sbay_c896_21277      (   10) AGTATCTTTTGCCTTTTTTT  1 
 
717
SGD_Scer_YOR176W         (  478) GTTCTTTTTTAGCTTTTTTT  1 
 
718
//
 
719
 
 
720
--------------------------------------------------------------------------------
 
721
 
 
722
--------------------------------------------------------------------------------
 
723
        Motif 5 position-specific scoring matrix
 
724
--------------------------------------------------------------------------------
 
725
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7225 bayes= 9.64706 E= 3.0e-008 
 
726
   145   -982    -66   -982 
 
727
  -154   -982    192    -55 
 
728
  -982   -982   -982    162 
 
729
  -154    166   -982      4 
 
730
  -982    -66   -982    145 
 
731
  -982    -66   -982    145 
 
732
     4   -982   -982    104 
 
733
  -982   -982   -982    162 
 
734
  -982   -982   -982    162 
 
735
  -982   -982   -982    162 
 
736
     4   -982    -66     78 
 
737
  -982    215     34   -982 
 
738
  -982    234    -66   -982 
 
739
  -982   -982   -982    162 
 
740
  -982   -982   -982    162 
 
741
  -982    166   -982     45 
 
742
  -982    -66   -982    145 
 
743
  -982     92   -982    104 
 
744
  -154   -982    134     45 
 
745
  -982   -982   -982    162 
 
746
--------------------------------------------------------------------------------
 
747
 
 
748
--------------------------------------------------------------------------------
 
749
        Motif 5 position-specific probability matrix
 
750
--------------------------------------------------------------------------------
 
751
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 3.0e-008 
 
752
 0.888889  0.000000  0.111111  0.000000 
 
753
 0.111111  0.000000  0.666667  0.222222 
 
754
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
755
 0.111111  0.555556  0.000000  0.333333 
 
756
 0.000000  0.111111  0.000000  0.888889 
 
757
 0.000000  0.111111  0.000000  0.888889 
 
758
 0.333333  0.000000  0.000000  0.666667 
 
759
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
760
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
761
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
762
 0.333333  0.000000  0.111111  0.555556 
 
763
 0.000000  0.777778  0.222222  0.000000 
 
764
 0.000000  0.888889  0.111111  0.000000 
 
765
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
766
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
767
 0.000000  0.555556  0.000000  0.444444 
 
768
 0.000000  0.111111  0.000000  0.888889 
 
769
 0.000000  0.333333  0.000000  0.666667 
 
770
 0.111111  0.000000  0.444444  0.444444 
 
771
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
772
--------------------------------------------------------------------------------
 
773
 
 
774
--------------------------------------------------------------------------------
 
775
        Motif 5 regular expression
 
776
--------------------------------------------------------------------------------
 
777
A[GT]T[CT]TT[TA]TTT[TA][CG]CTT[CT]T[TC][GT]T
 
778
--------------------------------------------------------------------------------
 
779
 
 
780
 
 
781
 
 
782
 
 
783
Time 27.84 secs.
 
784
 
 
785
********************************************************************************
 
786
 
 
787
 
 
788
********************************************************************************
 
789
SUMMARY OF MOTIFS
 
790
********************************************************************************
 
791
 
 
792
--------------------------------------------------------------------------------
 
793
        Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001
 
794
--------------------------------------------------------------------------------
 
795
SEQUENCE NAME            COMBINED P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
796
-------------            ----------------  -------------
 
797
SGD_Scer_YDR047W                 1.02e-19  160_[-3(2.04e-07)]_31_[+5(1.41e-05)]_3_[+1(2.25e-10)]_133_[-2(1.16e-08)]_88_[+4(6.35e-05)]_217_[+5(3.76e-09)]_45_[-4(3.78e-09)]_183
 
798
MIT_Spar_c130_3923               3.55e-20  231_[+1(1.41e-09)]_134_[-2(2.39e-08)]_178_[+3(8.67e-05)]_5_[-3(7.51e-08)]_104_[+5(2.54e-10)]_55_[-4(3.78e-09)]_173
 
799
MIT_Sbay_c896_21277              2.88e-17  9_[+5(2.83e-08)]_148_[+5(7.36e-05)]_5_[+1(2.13e-10)]_452_[-2(2.87e-08)]_75_[+3(1.89e-07)]_41_[-4(1.01e-07)]_150
 
800
WashU_Skud_Contig1362.1          7.74e-20  47_[+4(4.74e-08)]_57_[-3(2.43e-08)]_53_[+1(2.94e-09)]_70_[+4(1.81e-05)]_366_[-2(4.27e-09)]_19_[+5(1.57e-09)]_29
 
801
SGD_Scer_YOR176W                 1.14e-33  149_[+2(2.21e-12)]_26_[-3(1.12e-05)]_90_[+2(6.19e-05)]_152_[+5(3.32e-08)]_[+3(2.49e-12)]_40_[+1(6.74e-13)]_65_[+4(5.51e-13)]_65
 
802
MIT_Spar_c278_20970              7.69e-35  57_[+5(1.77e-06)]_29_[-4(3.91e-05)]_25_[+2(2.21e-12)]_27_[-2(6.64e-05)]_261_[+5(1.72e-09)]_[+3(1.41e-12)]_40_[+1(6.74e-13)]_67_[+4(1.12e-12)]_3_[-3(6.33e-05)]_38
 
803
MIT_Smik_c935_20455              6.08e-31  56_[+5(4.88e-09)]_70_[+2(3.24e-09)]_317_[+3(3.60e-13)]_40_[+1(1.42e-12)]_68_[+4(6.03e-12)]_76
 
804
WashU_Skud_Contig2050.4          1.32e-30  57_[+5(1.57e-09)]_78_[+2(3.61e-12)]_304_[+5(7.50e-05)]_1_[+3(1.02e-12)]_45_[+1(6.74e-13)]_66_[+4(2.81e-08)]_56
 
805
WashU_Sbay_Contig480.2           2.10e-32  101_[+5(1.11e-09)]_78_[+2(7.52e-12)]_37_[-5(3.91e-05)]_77_[+3(3.61e-05)]_44_[+2(3.84e-06)]_51_[+5(6.08e-06)]_1_[+3(1.02e-12)]_41_[+1(6.74e-13)]_66_[+4(2.48e-10)]_51
 
806
--------------------------------------------------------------------------------
 
807
 
 
808
********************************************************************************
 
809
 
 
810
 
 
811
********************************************************************************
 
812
Stopped because nmotifs = 5 reached.
 
813
********************************************************************************
 
814
 
 
815
CPU: dhn02990.mrc-dunn.cam.ac.uk
 
816
 
 
817
********************************************************************************