← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Compatible.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Compatible.t
1
 
# -*-Perl-*-
2
 
# $Id: Compatible.t,v 1.4 2006/06/16 04:41:47 lapp Exp $
3
 
# Bioperl Test Harness Script for Modules
4
 
#
5
 
 
6
 
my $error;
7
 
use strict;
8
 
use vars qw($DEBUG);
9
 
$DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
10
 
 
11
 
BEGIN { 
12
 
  # to handle systems with no installed Test module
13
 
  # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
14
 
  # as a fallback
15
 
  $error = 0; 
16
 
  eval { require Test; };
17
 
  if( $@ ) {
18
 
    use lib 't';
19
 
  }
20
 
  use Test;
21
 
  use vars qw($TESTCOUNT);
22
 
  $TESTCOUNT = 3;
23
 
  plan tests => $TESTCOUNT;
24
 
 
25
 
  eval {
26
 
          require Set::Scalar;
27
 
  };
28
 
  if( $@ ) {
29
 
          $error = 1;
30
 
          warn("No Set::Scalar. Unable to test Bio::Tree::Compatible\n");
31
 
  }
32
 
}
33
 
 
34
 
END {
35
 
   foreach ( $Test::ntest..$TESTCOUNT) {
36
 
      skip('No Set::Scalar: unable to run tests',1);
37
 
   }
38
 
}
39
 
 
40
 
exit if $error;
41
 
 
42
 
# we have to protect Bio::Tree::Compatible from being compiled because
43
 
# Set::Scalar may not be installed.
44
 
eval { require Bio::Tree::Compatible; };
45
 
die "failed to load Bio::Tree::Compatible: $@\n" if $@;
46
 
 
47
 
use Bio::TreeIO;
48
 
my $verbose = 0;
49
 
 
50
 
my $in = new Bio::TreeIO(-format => 'newick',
51
 
                                                                 -fh     => \*DATA);
52
 
 
53
 
# the common labels of (((A,B)C,D),(E,F,G)); and ((A,B)H,E,(J,(K)G)I);
54
 
# are [A,B,E,G]
55
 
 
56
 
my $t1 = $in->next_tree;
57
 
my $t2 = $in->next_tree;
58
 
my $common = Bio::Tree::Compatible::common_labels($t1,$t2);
59
 
my $labels = Set::Scalar->new(qw(A B E G));
60
 
ok($common->is_equal($labels));
61
 
 
62
 
# the topological restrictions of (((A,B)C,D),(E,F,G)); and
63
 
# ((A,B)H,E,(J,(K)G)I); to their common labels, [A,B,E,G], are,
64
 
# respectively, ((A,B),(E,G)); and ((A,B),E,(G));
65
 
 
66
 
Bio::Tree::Compatible::topological_restriction($t1,$common);
67
 
Bio::Tree::Compatible::topological_restriction($t2,$common);
68
 
my $t3 = $in->next_tree;
69
 
my $t4 = $in->next_tree;
70
 
# ok($t1->is_equal($t3)); # is_equal method missing in Bio::Tree::Tree
71
 
# ok($t2->is_equal($t4)); # is_equal method missing in Bio::Tree::Tree
72
 
 
73
 
# the topological restrictions of (((A,B)C,D),(E,F,G)); and
74
 
# ((A,B)H,E,(J,(K)G)I); to their common labels, [A,B,E,G], are
75
 
# compatible
76
 
 
77
 
my ($incompat, $ilabels, $inodes) = Bio::Tree::Compatible::is_compatible($t3,$t4);
78
 
ok(!$incompat);
79
 
 
80
 
# (((B,A),C),D); and ((A,(D,B)),C); are incompatible
81
 
 
82
 
my $t5 = $in->next_tree;
83
 
my $t6 = $in->next_tree;
84
 
($incompat, $ilabels, $inodes) = Bio::Tree::Compatible::is_compatible($t5,$t6);
85
 
ok($incompat);
86
 
 
87
 
__DATA__
88
 
(((A,B)C,D),(E,F,G));
89
 
((A,B)H,E,(J,(K)G)I);
90
 
((A,B),(E,G));
91
 
((A,B),E,(G));
92
 
(((B,A),C),D);
93
 
((A,(D,B)),C);