← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Tools/Genpred.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Tools/Genpred.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: Genpred.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN {     
 
7
    use lib '.';
 
8
    use Bio::Root::Test;
 
9
    
 
10
    test_begin(-tests => 185);
 
11
 
 
12
    use_ok('Bio::Tools::Fgenesh');
 
13
    use_ok('Bio::Tools::Genscan');
 
14
    use_ok('Bio::Tools::Genemark');
 
15
    use_ok('Bio::Tools::Glimmer');
 
16
    use_ok('Bio::Tools::MZEF');  
 
17
    use_ok('Bio::SeqIO');
 
18
}
 
19
 
 
20
# Genscan report
 
21
my $genscan = Bio::Tools::Genscan->new('-file' => test_input_file('genomic-seq.genscan'));
 
22
ok $genscan;
 
23
 
 
24
# original sequence
 
25
my $seqin = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('genomic-seq.fasta'),
 
26
                            '-format' => "fasta");
 
27
ok $seqin;
 
28
my $seq = $seqin->next_seq();
 
29
$seqin->close();
 
30
ok $seq;
 
31
 
 
32
# scan through the report
 
33
my $fea;
 
34
my $pred_num = 0;
 
35
my ($prtseq, $cds, $tr_cds);
 
36
while(my $gene = $genscan->next_prediction()) {
 
37
    $gene->attach_seq($seq) if $seq;
 
38
    $pred_num++;
 
39
 
 
40
    if($pred_num == 1) {
 
41
        $fea = ($gene->exons())[0];
 
42
        is $fea->strand(), -1, 
 
43
             "strand match (".$fea->strand()."  and -1)";
 
44
        $fea = ($gene->poly_A_site());
 
45
        is $fea->score(), 1.05, 
 
46
             "score match (".$fea->score()." and 1.05)";
 
47
    }
 
48
    if($pred_num == 2) {
 
49
        $fea = ($gene->exons("Initial"))[0];
 
50
        is $fea->strand(), 1, 
 
51
        "strand match (".$fea->strand()." and 1)";
 
52
        is $fea->score(), 4.46, 
 
53
             "score match (".$fea->score()." and 4.46)";
 
54
    }
 
55
    if($pred_num == 3) {
 
56
        my @exons = $gene->exons("Initial");
 
57
        is scalar(@exons), 0, 
 
58
             "initial exons ".scalar(@exons);
 
59
        $fea = ($gene->exons())[0];
 
60
        is $fea->score(),  1.74, 
 
61
             "score match ".$fea->score();
 
62
    }
 
63
    if($seq) {
 
64
        $prtseq = $gene->predicted_protein()->seq();
 
65
        $cds = $gene->cds();
 
66
        ok($cds);
 
67
        $tr_cds = $cds->translate()->seq();
 
68
        $tr_cds =~ s/\*$//;
 
69
        is( lc($prtseq), lc($tr_cds),
 
70
            "predicted and extracted protein seqs match");
 
71
    }
 
72
}
 
73
 
 
74
# Genscan report with no genes predicted
 
75
my $null_genscan = Bio::Tools::Genscan->new('-file' => test_input_file('no-genes.genscan'));
 
76
ok $null_genscan;
 
77
my $no_gene = $null_genscan->next_prediction;
 
78
my @exons = $no_gene->exons;
 
79
is($#exons,-1);
 
80
 
 
81
# MZEF report
 
82
my $mzef = Bio::Tools::MZEF->new('-file' => test_input_file('genomic-seq.mzef'));
 
83
ok $mzef;
 
84
 
 
85
my $exon_num = 0;
 
86
my $gene = $mzef->next_prediction();
 
87
 
 
88
is($gene->exons, 23);
 
89
 
 
90
# Genemark testing
 
91
my $genemark = Bio::Tools::Genemark->new('-file' => test_input_file('genemark.out'));
 
92
 
 
93
my $gmgene = $genemark->next_prediction();
 
94
is $gmgene->seq_id(), "Hvrn.contig8";
 
95
is $genemark->analysis_date(), "Thu Mar 22 10:25:00 2001";
 
96
 
 
97
my $i = 0;
 
98
my @num_exons = (1,5,2,1,9,5,3,2,3,2,1,2,7);
 
99
while($gmgene = $genemark->next_prediction()) {
 
100
    $i++;
 
101
    my @gmexons = $gmgene->exons();
 
102
    is scalar(@gmexons), $num_exons[$i];
 
103
 
 
104
    if($i == 5) {
 
105
        my $gmstart = $gmexons[0]->start();
 
106
        is $gmstart, 23000;
 
107
 
 
108
        my $gmend = $gmexons[0]->end();
 
109
        is $gmend, 23061;
 
110
    }
 
111
}
 
112
 
 
113
# Genemark testing (prokaryotic gene fragment)
 
114
$genemark = Bio::Tools::Genemark->new('-file'    => test_input_file('genemark-fragment.out'),
 
115
                                         '-seqname' => 'AAVN02000021.1');
 
116
 
 
117
$gmgene = $genemark->next_prediction();
 
118
is $gmgene->seq_id(), 'AAVN02000021.1','Genemark tests';
 
119
is $gmgene->start(), 2;
 
120
is $gmgene->end(), 214;
 
121
is $gmgene->strand(), '1';
 
122
my ($gmexon) = $gmgene->exons();
 
123
isa_ok $gmexon->location(), 'Bio::Location::Fuzzy';
 
124
is $gmexon->location->start_pos_type(), 'BEFORE';
 
125
is $gmexon->location->max_start(), 2;
 
126
is $gmexon->location->end_pos_type(), 'EXACT';
 
127
is $gmexon->location->end(), 214;
 
128
 
 
129
$gmgene = $genemark->next_prediction();
 
130
is $gmgene->seq_id(), 'AAVN02000021.1';
 
131
is $gmgene->start, 459;
 
132
is $gmgene->end, 596;
 
133
is $gmgene->strand(), '1';
 
134
($gmexon) = $gmgene->exons();
 
135
isa_ok $gmexon->location, 'Bio::Location::Fuzzy';
 
136
is $gmexon->location->start_pos_type(), 'EXACT';
 
137
is $gmexon->location->start(), 459;
 
138
is $gmexon->location->end_pos_type(), 'AFTER';
 
139
is $gmexon->location->min_end(), 596;
 
140
 
 
141
# Glimmer testing (GlimmerM)
 
142
my $glimmer_m = Bio::Tools::Glimmer->new('-file' => test_input_file('GlimmerM.out'));
 
143
$gmgene = $glimmer_m->next_prediction;
 
144
 
 
145
ok($gmgene);
 
146
is($gmgene->seq_id, 'gi|23613028|ref|NC_004326.1|');
 
147
is($gmgene->source_tag, 'GlimmerM_3.0');
 
148
is($gmgene->primary_tag, 'transcript');
 
149
is(($gmgene->get_tag_values('Group'))[0], 'GenePrediction1');
 
150
my @glim_exons = $gmgene->exons;
 
151
is(scalar (@glim_exons), 1);
 
152
is($glim_exons[0]->start, 461);
 
153
is($glim_exons[0]->end, 523);
 
154
is($glim_exons[0]->strand, -1);
 
155
is(($glim_exons[0]->get_tag_values('Group'))[0], 'GenePrediction1');
 
156
 
 
157
@num_exons = (0,1,3,1,4,2,5,2,8,3,5);
 
158
$i = 1;
 
159
while($gmgene = $glimmer_m->next_prediction()) {
 
160
    $i++;
 
161
    is(($gmgene->get_tag_values('Group'))[0],"GenePrediction$i");
 
162
    @glim_exons = $gmgene->exons();    
 
163
    is scalar(@glim_exons), $num_exons[$i];
 
164
    if($i == 5) {
 
165
        is $glim_exons[1]->start, 23910;
 
166
        is $glim_exons[1]->end, 23956;
 
167
        is $glim_exons[1]->strand, 1;
 
168
    }
 
169
}
 
170
 
 
171
# Glimmer testing (GlimmerHMM)
 
172
my $glimmer_hmm = Bio::Tools::Glimmer->new('-file' => test_input_file('GlimmerHMM.out'));
 
173
my $ghmmgene = $glimmer_hmm->next_prediction;
 
174
 
 
175
ok($ghmmgene);
 
176
is($ghmmgene->seq_id, 'gi|23613028|ref|NC_004326.1|');
 
177
is($ghmmgene->source_tag, 'GlimmerHMM');
 
178
is($ghmmgene->primary_tag, 'transcript');
 
179
is($ghmmgene->exons, 1);
 
180
 
 
181
@num_exons = qw(0 1 2 4 2 2 1 1 1 2 2 2 10 4 1 1); # only first few tested
 
182
$i = 1;
 
183
while ($ghmmgene = $glimmer_hmm->next_prediction) {
 
184
  $i++;
 
185
  my @ghmm_exons = $ghmmgene->exons;    
 
186
  is(scalar(@ghmm_exons), $num_exons[$i]) if $i <= $#num_exons;
 
187
  if ($i == 9) {
 
188
    is( $ghmm_exons[1]->start, 5538 );
 
189
    is( $ghmm_exons[1]->end,   5647 );
 
190
    cmp_ok( $ghmm_exons[1]->strand, '>', 0  );
 
191
  }
 
192
}
 
193
is($i, 44);
 
194
 
 
195
# Glimmer testing (Glimmer 2.X)
 
196
my $glimmer_2 = Bio::Tools::Glimmer->new('-file' => test_input_file('Glimmer2.out'),
 
197
                                                                                 '-seqname' => 'BCTDNA',
 
198
                                                                                 '-seqlength' => 29940,);
 
199
my $g2gene = $glimmer_2->next_prediction;
 
200
 
 
201
ok($g2gene);
 
202
is($g2gene->seq_id, 'BCTDNA');
 
203
is($g2gene->source_tag, 'Glimmer_2.X');
 
204
is($g2gene->primary_tag, 'gene');
 
205
is($g2gene->start, 292);
 
206
is($g2gene->end, 1623);
 
207
is($g2gene->frame, 0);
 
208
is($g2gene->strand, 1);
 
209
 
 
210
$i = 1;
 
211
while ($g2gene = $glimmer_2->next_prediction) {
 
212
    $i++;
 
213
    if ($i == 2) {
 
214
        is($g2gene->start, 2230);
 
215
        is($g2gene->end, 2349);
 
216
        is($g2gene->strand, -1);
 
217
        is($g2gene->frame, 0);          
 
218
        } elsif ($i == 25) {
 
219
        isa_ok($g2gene->location, 'Bio::Location::SplitLocationI');
 
220
        my @sublocations = $g2gene->location->sub_Location();
 
221
        is(scalar (@sublocations), 2);
 
222
        is($sublocations[0]->start, 29263);
 
223
        is($sublocations[0]->end, 29940);
 
224
        is($sublocations[1]->start, 1);
 
225
        is($sublocations[1]->end, 9);
 
226
        is($g2gene->strand, 1);
 
227
        is($g2gene->frame, 0);
 
228
    }
 
229
}
 
230
is($i, 25);
 
231
 
 
232
 
 
233
# Glimmer testing (Glimmer 3.X)
 
234
my $glimmer_3 = Bio::Tools::Glimmer->new('-file' => test_input_file('Glimmer3.predict'),
 
235
                                                                                 '-detail' => test_input_file('Glimmer3.detail'));
 
236
my $g3gene = $glimmer_3->next_prediction;
 
237
 
 
238
ok($g3gene);
 
239
is($g3gene->seq_id, 'BCTDNA');
 
240
is($g3gene->source_tag, 'Glimmer_3.X');
 
241
is($g3gene->primary_tag, 'gene');
 
242
is($g3gene->score, '9.60');
 
243
isa_ok($g3gene->location, 'Bio::Location::SplitLocationI');
 
244
my @sublocations = $g3gene->location->sub_Location();
 
245
is(scalar (@sublocations), 2);
 
246
is($sublocations[0]->start, 29263);
 
247
is($sublocations[0]->end, 29940);
 
248
is($sublocations[1]->start, 1);
 
249
is($sublocations[1]->end, 9);
 
250
is($g3gene->frame, 0);
 
251
 
 
252
$i = 1;
 
253
while ($g3gene = $glimmer_3->next_prediction) {
 
254
    $i++;
 
255
    if ($i == 13) {
 
256
        is($g3gene->start, 13804);
 
257
        is($g3gene->end, 14781);
 
258
        is($g3gene->strand, -1);
 
259
        is($g3gene->frame, 0);
 
260
        is($g3gene->score, '5.51');
 
261
                
 
262
        my ($orfid) = $g3gene->has_tag('Group') ? $g3gene->get_tag_values('Group') : undef;
 
263
        is($orfid, 'GenePrediction_00015');
 
264
    }
 
265
}
 
266
is($i, 27);
 
267
 
 
268
# Glimmer 3.X (prokaryotic gene fragment)
 
269
my $glimmer_3a = Bio::Tools::Glimmer->new(
 
270
                                         '-file'   => test_input_file('glimmer3-fragment.predict'),
 
271
                                         '-detail' => test_input_file('glimmer3-fragment.detail'), 
 
272
                                        );
 
273
my $g3gene_a = $glimmer_3a->next_prediction;
 
274
 
 
275
ok($g3gene_a);
 
276
 
 
277
isa_ok $g3gene_a->location(), 'Bio::Location::Fuzzy';
 
278
is $g3gene_a->location->start_pos_type(), 'BEFORE';
 
279
is $g3gene_a->location->max_start(), 1;
 
280
is $g3gene_a->location->end_pos_type(), 'EXACT';
 
281
is $g3gene_a->location->end(), 674;
 
282
is $g3gene_a->frame(), 2;
 
283
 
 
284
for (1..3) { $g3gene_a = $glimmer_3a->next_prediction; }
 
285
 
 
286
isa_ok $g3gene_a->location(), 'Bio::Location::Fuzzy';
 
287
is $g3gene_a->location->start_pos_type(), 'EXACT';
 
288
is $g3gene_a->location->start(), 2677;
 
289
is $g3gene_a->frame(), 0;
 
290
is $g3gene_a->location->end_pos_type(), 'AFTER';
 
291
is $g3gene_a->location->min_end(), 2932;
 
292
is $g3gene_a->score, '5.63';
 
293
 
 
294
# Fgenesh
 
295
my $fgh = Bio::Tools::Fgenesh->new(
 
296
                                   '-file' => test_input_file('fgenesh.out'),
 
297
                                  );
 
298
 
 
299
my $fghgene = $fgh->next_prediction();
 
300
 
 
301
ok($fghgene);
 
302
is($fghgene->seq_id, 'gi|1914348|emb|Z81551.1|');
 
303
is($fghgene->source_tag, 'Fgenesh');
 
304
is($fghgene->start(), 29);
 
305
is($fghgene->end(), 1869);
 
306
cmp_ok($fghgene->strand(), '<', 0);
 
307
 
 
308
$i = 0;
 
309
@num_exons = (2,5,4,8);
 
310
 
 
311
while ($fghgene = $fgh->next_prediction()) {
 
312
 
 
313
    $i++;
 
314
    my @fghexons = $fghgene->exons();
 
315
    is(scalar(@fghexons), $num_exons[$i]);
 
316
 
 
317
    if ($i == 2) {
 
318
        cmp_ok($fghexons[0]->strand(), '>', 0);
 
319
        is($fghexons[0]->primary_tag(), 'InitialExon');
 
320
        is($fghexons[0]->start(), 14778);
 
321
        is($fghexons[0]->end(), 15104);
 
322
        cmp_ok($fghexons[3]->strand(), '>', 0);
 
323
        is($fghexons[3]->primary_tag(), 'TerminalExon');        
 
324
        is($fghexons[3]->start(), 16988);
 
325
        is($fghexons[3]->end(), 17212);
 
326
    }
 
327
 
 
328
}
 
329
 
 
330
is($i, 3);