← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/Deobfuscator/cgi-bin/deob_interface.cgi

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/Deobfuscator/cgi-bin/deob_interface.cgi
14
14
 
15
15
=head1 VERSION
16
16
 
17
 
This document describes deob_interface.cgi version 0.0.2
 
17
This document describes deob_interface.cgi version 0.0.3
18
18
 
19
19
 
20
20
=head1 SYNOPSIS
149
149
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
150
150
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
151
151
 
152
 
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
152
  bioperl-l@bioperl.org                       - General discussion
153
153
  http://www.bioperl.org/wiki/Mailing_lists   - About the mailing lists
154
154
 
155
155
=head2 Reporting Bugs
158
158
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
159
159
web:
160
160
 
161
 
  http://bugzilla.open-bio.org/
 
161
  http://bugzilla.bioperl.org/
162
162
 
163
163
 
164
164
=head1 SEE ALSO
212
212
my $BerkeleyDB_packages = 'packages.db';
213
213
my $BerkeleyDB_methods  = 'methods.db';
214
214
my $help_path           = 'deob_help.html';
215
 
my $deob_detail_path    = 'http://localhost/cgi-bin/deob_detail.cgi';
 
215
my $deob_detail_path    = 'deob_detail.cgi';
216
216
 
217
217
## You shouldn't need to change anything below here ##
218
218
 
239
239
 
240
240
# define some styles
241
241
my $style1
242
 
    = qq{style="border-collapse:collapse;border:solid black 1px;font-family:verdana;font-size:10px;background-color:lightgrey"};
 
242
    = qq{style="border-collapse:collapse;border:solid black 1px;font-family:verdana;font-size:10px;background-color:lightgrey;padding:3"};
243
243
my $style2
244
 
    = qq{style="border-collapse:collapse;border:solid black 1px;font-family:verdana;font-size:10px"};
 
244
    = qq{style="border-collapse:collapse;border:solid black 1px;font-family:verdana;font-size:10px;padding:3"};
245
245
my $style3
246
 
    = qq{style="border-collapse:collapse;border:solid black 1px;font-family:verdana;font-size:14px"};
 
246
    = qq{style="border-collapse:collapse;border:solid black 1px;font-family:verdana;font-size:14px;padding:3"};
247
247
my $style4
248
 
    = qq{style="border-collapse:collapse;border:0px;font-family:verdana;font-size:18px;font-weight:bold"};
249
 
my $style5 = qq{style="font-family:verdana;font-size:14px"};
250
 
my $style6 = qq{style="font-family:verdana;font-size:9px;font-style:italic"};
 
248
    = qq{style="border-collapse:collapse;border:0px;font-family:verdana;font-size:18px;font-weight:bold;padding:3"};
 
249
my $style5 = qq{style="font-family:verdana;font-size:14px;padding:3"};
251
250
 
252
251
# Open file containing all Bioperl package names
253
252
open( MODS, $PERLMODULES )
285
284
}
286
285
close MODS or die "Can't close list of Perl module names $PERLMODULES: $!";
287
286
 
 
287
# grab BioPerl version string
 
288
my $version_string = '__BioPerl_Version'; # specified in deob_index.pl
 
289
my $BioPerl_version = $ref_BerkeleyDB_packages->{$version_string};
 
290
 
288
291
print header;
289
292
 
290
293
print <<CSHL;
291
294
<html>
292
295
    <head>
293
 
        <title>Deobfuscator</title>
 
296
        <title>BioPerl Deobfuscator</title>
294
297
        <script language="JavaScript">
295
298
 
296
299
        function submitMe(packageName) {
306
309
    <table width=100%>
307
310
    <tr>
308
311
        <td><p $style4>Welcome to the BioPerl Deobfuscator</p></td>
 
312
        <td><p $style5>[ <font color="red">$BioPerl_version</font> ]</p></td>
309
313
        <td><p align=right><a href="$help_path">what is it?</a></p></td>
310
314
    </tr>
311
315
    </table>
318
322
            <input type="hidden" name="module">
319
323
                        <input type="hidden" name="sort_order" value="$sort_order">
320
324
 
321
 
            Enter a search string or Perl regex (examples: Bio::SeqIO, seq, fasta\$)
 
325
            Search <b>class names</b> by string or Perl regex (examples: Bio::SeqIO, seq, fasta\$)
322
326
            <br>
323
327
            <input style="width:30em" type="text"   name="search_string" value="$pattern"></input>
324
328
            <input type="submit" name="Filter"></input></form>
421
425
        # filter not yet implemented, so this 'if' should never be true
422
426
    elsif ($filter) {
423
427
        if ( !($pattern_found) ) {
424
 
            print "No match to string found, please try again";
 
428
            print qq{<b><p style="color:red">No match to string found, please try again</p></b>};
425
429
            h1('Welcome to the BioPerl Deobfuscator!'),;
426
430
        }
427
431
    }
534
538
 
535
539
    foreach my $first (@$ref_sorted_array) {    #4
536
540
        $first =~ /^(.+)::/;
537
 
        my $package_name = urlify_pkg($1);
 
541
        my $package_name = Deobfuscator::urlify_pkg($1);
538
542
 
539
543
        # Get the return values part of the documentation
540
544
        my $return_methods_raw
576
580
 
577
581
}    #1 End display subroutine
578
582
 
579
 
sub urlify_pkg {
580
 
    my ($pkg_name) = @_;
581
 
    my $bioperl_doc_url = q{http://doc.bioperl.org/bioperl-live/};
582
 
 
583
 
    my $pkg_as_path = $pkg_name;
584
 
 
585
 
    # convert Bio::DB::RefSeq to Bio/DB/RefSeq
586
 
    $pkg_as_path =~ s/::/\//g;
587
 
    my $url  = $bioperl_doc_url . $pkg_as_path . '.html';
588
 
    my $href = qq{<a href="$url">$pkg_name</a>};
589
 
 
590
 
    return $href;
591
 
}
592
 
 
593
583
__END__