← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Restriction/Analysis.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Restriction/Analysis.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: Analysis.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
 
 
5
use strict;
 
6
 
 
7
BEGIN {
 
8
    use lib '.';
 
9
    use Bio::Root::Test;
 
10
    
 
11
    test_begin(-tests => 177);
 
12
        
 
13
    use_ok('Bio::Restriction::Enzyme');
 
14
    use_ok('Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut');
 
15
    use_ok('Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite');
 
16
    use_ok('Bio::Restriction::EnzymeCollection');
 
17
    use_ok('Bio::Restriction::Analysis');
 
18
    use_ok('Bio::SeqIO');
 
19
}
 
20
 
 
21
#
 
22
# Bio::Restriction::Enzyme
 
23
#
 
24
 
 
25
my ($re, $seq, $iso, %meth, $microbe, $source, @vendors, @refs, $name);
 
26
ok $re=Bio::Restriction::Enzyme->new(-enzyme=>'EcoRI', -site=>'G^AATTC');
 
27
isa_ok($re, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 
28
is $re->cut, 1;
 
29
ok ! $re->cut(0);
 
30
is $re->complementary_cut, 6;
 
31
ok $re->cut(1);
 
32
 
 
33
is $re->complementary_cut,5;
 
34
is $re->site,'G^AATTC';
 
35
ok $seq = $re->seq;
 
36
isa_ok($seq, 'Bio::PrimarySeqI');
 
37
is $seq->seq, 'GAATTC';
 
38
is $re->string,'GAATTC';
 
39
is $re->revcom, 'GAATTC';
 
40
is $re->recognition_length, 6;
 
41
is $re->cutter, 6;
 
42
is $re->palindromic, 1;
 
43
is $re->overhang, "5'";
 
44
is $re->overhang_seq, 'AATT';
 
45
is $re->is_ambiguous, 0;
 
46
 
 
47
ok $re->compatible_ends($re);
 
48
 
 
49
ok $re->isoschizomers('BamHI', 'AvaI'); # not really true :)
 
50
 
 
51
is my @isos=$re->isoschizomers, 2;
 
52
is $isos[0],'BamHI';
 
53
ok $re->purge_isoschizomers;
 
54
is scalar($re->isoschizomers), 0;
 
55
ok $re->methylation_sites(2,5); # not really true :)
 
56
ok %meth = $re->methylation_sites;
 
57
is $meth{2}, 5;
 
58
ok $re->purge_methylation_sites;
 
59
is scalar($re->methylation_sites), 0;
 
60
 
 
61
 
 
62
ok $re->microbe('E. coli');
 
63
ok $microbe = $re->microbe;
 
64
is $microbe, "E. coli";
 
65
ok $re->source("Rob"); # not really true :)
 
66
 
 
67
ok $source = $re->source;
 
68
is $source, "Rob";
 
69
 
 
70
ok !$re->vendor;
 
71
ok $re->vendors('NEB'); # my favorite
 
72
ok @vendors = $re->vendors;
 
73
is $vendors[0], "NEB";
 
74
$re->purge_vendors;
 
75
is scalar($re->vendors), 0;
 
76
 
 
77
ok $re->references('Rob et al');
 
78
ok @refs = $re->references;
 
79
is $refs[0], "Rob et al";
 
80
$re->purge_references;
 
81
is scalar($re->references), 0;
 
82
 
 
83
ok $re->name('BamHI');
 
84
ok $name = $re->name;
 
85
is $name, "BamHI";
 
86
 
 
87
$re->verbose(2);
 
88
 
 
89
eval {$re->is_prototype};
 
90
ok($@);
 
91
like($@, qr/Can't unequivocally assign prototype based on input format alone/, 'bug 2179');
 
92
$re->verbose(2);
 
93
 
 
94
is $re->is_prototype(0), 0;
 
95
is $re->is_prototype, 0;
 
96
is $re->is_prototype(1), 1;
 
97
is $re->is_prototype, 1;
 
98
 
 
99
is $re->prototype_name, $re->name;
 
100
ok ! $re->is_prototype(0);
 
101
is $re->prototype_name('XxxI'), 'XxxI';
 
102
is $re->prototype_name, 'XxxI';
 
103
 
 
104
 
 
105
is $re->cutter, 6;
 
106
ok $re->seq->seq('RCATGY');
 
107
is $re->cutter, 5;
 
108
 
 
109
ok my $re2 = $re->clone;
 
110
isnt $re, $re2;
 
111
is $re->name, $re2->name;
 
112
 
 
113
ok $re = Bio::Restriction::Enzyme->new(-enzyme=>'AciI', 
 
114
                                                                                -site=>'C^CGC');
 
115
is $re->palindromic, 0;
 
116
is $re->is_palindromic, 0;
 
117
 
 
118
#
 
119
# Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite
 
120
#
 
121
 
 
122
ok $re=Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite->new(-enzyme=>'TaqII',
 
123
                                              -site=>'GACCGA',
 
124
                                              -cut=>17,
 
125
                                              -complementary_cut=>15
 
126
                                             );
 
127
ok $re2=Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite->new(-enzyme=>'TaqII',
 
128
                                                -site=>'CACCCA',
 
129
                                                -cut=>17,
 
130
                                                -complementary_cut=>15
 
131
                                               );
 
132
isa_ok( $re, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 
133
isa_ok( $re2, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 
134
ok $re->others($re2);
 
135
ok $re2->others($re);
 
136
 
 
137
is $re->others, 1;
 
138
is $re2->others, 1;
 
139
 
 
140
ok my $re3 = $re->clone;
 
141
isnt $re, $re3;
 
142
is $re->name , $re3->name; # wouldn't this be a circular reference???
 
143
#print Dumper $re, $re3;exit;
 
144
 
 
145
#
 
146
# Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut
 
147
#
 
148
#Hin4I has four cut sites [(8/13)GAYNNNNNVTC(13/8)],
 
149
 
 
150
ok $re = Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut->new(-enzyme=>'Hin4I',
 
151
                                              -site=>'GAYNNNNNVTC',
 
152
                                              -cut=>-8,
 
153
                                              -complementary_cut=>-13
 
154
                                             );
 
155
ok $re2 = Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut->new(-enzyme=>'Hin4I',
 
156
                                               -site=>'GAYNNNNNVTC',
 
157
                                               -cut=>13,
 
158
                                               -complementary_cut=>8
 
159
                                              );
 
160
isa_ok($re, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 
161
isa_ok($re2, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 
162
ok $re->others($re2);
 
163
ok $re2->others($re);
 
164
 
 
165
ok $re3 = $re->clone;
 
166
isnt $re, $re3;
 
167
is $re->name, $re3->name;
 
168
#print Dumper $re, $re3;exit;
 
169
 
 
170
#
 
171
# Bio::Restriction::EnzymeCollection
 
172
#
 
173
 
 
174
my ($collection, $enz, $new_set);
 
175
 
 
176
ok $collection = Bio::Restriction::EnzymeCollection->new(-empty=>1);
 
177
is $collection->each_enzyme, 0;
 
178
# default set
 
179
$collection = Bio::Restriction::EnzymeCollection->new;
 
180
is $collection->each_enzyme, 532;
 
181
is $collection->each_enzyme, 532;
 
182
 
 
183
ok $enz = $collection->get_enzyme('AclI');
 
184
isa_ok($enz, 'Bio::Restriction::Enzyme');
 
185
is my @enzymes=$collection->available_list, 532;
 
186
 
 
187
ok $new_set = $collection->blunt_enzymes;
 
188
isa_ok($enz, 'Bio::Restriction::Enzyme');
 
189
is $new_set->each_enzyme, 114;
 
190
 
 
191
#map {print $_->name, ": ", $_->cutter, "\n"; } $collection->each_enzyme;
 
192
 
 
193
ok $new_set = $collection->cutters(8);
 
194
is $new_set->each_enzyme, 17;
 
195
 
 
196
ok $new_set=$collection->cutters(-start => 8, -end => 8);
 
197
is $new_set->each_enzyme, 17;
 
198
 
 
199
ok $new_set=$collection->cutters(-start => 6, -end => 8);
 
200
is $new_set->each_enzyme, 293;
 
201
 
 
202
ok $new_set=$collection->cutters(-start => 6, -end => 8,  -exclusive => 1);
 
203
is $new_set->each_enzyme, 10;
 
204
 
 
205
ok $new_set = $collection->cutters([4,8]);
 
206
is $new_set->each_enzyme, 129;
 
207
 
 
208
# bug 2128; enhancement request to pass array ref of sizes
 
209
 
 
210
#
 
211
# Restriction::Analysis
 
212
#
 
213
 
 
214
 
 
215
ok my $seqio=Bio::SeqIO->new(-file=>test_input_file('dna1.fa'),
 
216
                         -format=>'fasta');
 
217
ok $seq=$seqio->next_seq;
 
218
 
 
219
ok my $ra = Bio::Restriction::Analysis->new(-seq=>$seq);
 
220
ok my $uniq = $ra->unique_cutters;
 
221
 
 
222
# test most objects
 
223
is $ra->unique_cutters->each_enzyme, 42, 'number of unique cutters';
 
224
is $ra->fragments('RsaI'), 2, 'number of RsaI fragments';
 
225
is $ra->max_cuts, 9, 'number of maximum cutters';
 
226
is $ra->zero_cutters->each_enzyme, 477, 'number of zero cutters';
 
227
is $ra->cutters->each_enzyme, 55, 'number of cutters';
 
228
is $ra->cutters(3)->each_enzyme, 8, 'number of 3x cutters';
 
229
is $ra->fragments('MseI'), 4, '4 MseI fragments';
 
230
is $ra->cuts_by_enzyme('MseI'), 3, '3 MseI cut sites';
 
231
 
 
232
#my $z = $ra->cutters(3);
 
233
#my $out=Bio::Restriction::IO->new;
 
234
#$out->write($z);
 
235
 
 
236
 
 
237
is $ra->fragments('PspEI'), 2, 'expected 2 PspEI fragments';
 
238
is $ra->cuts_by_enzyme('PspEI'), 1;
 
239
is $ra->cuts_by_enzyme('XxxI'), undef;
 
240
 
 
241
 
 
242
is my @ss = $ra->sizes('PspEI'), 2, 'expected 2 sizes for PspEI';
 
243
is $ss[0] + $ss[1], $seq->length;
 
244
 
 
245
is $ra->fragments('MwoI'), 1, 'not circular expected 1 fragments for MwoI as it doesnt cut';
 
246
 
 
247
# circularise the sequence, regenerate the cuts and test again
 
248
# note that there is one less fragment now!
 
249
ok $seq->is_circular(1);
 
250
 
 
251
# we need to regenerate all the cuts
 
252
ok $ra->cut;
 
253
 
 
254
is $ra->fragments('RsaI'), 1, 'number of RsaI fragments';
 
255
is $ra->fragments('MseI'), 3, '3 circular MseI fragments';
 
256
is $ra->cuts_by_enzyme('MseI'), 3, '3 circular MseI cut sites';
 
257
is $ra->fragments('AciI'), 1, 'number for AciI a non-palindromic enzyme';
 
258
 
 
259
is $ra->fragments('MwoI'), 1, '1 fragment for MwoI as it cuts across the circ point';
 
260
 
 
261
ok my @rb=($collection->get_enzyme("AluI"), $collection->get_enzyme("MseI"), $collection->get_enzyme("MaeIII"));
 
262
 
 
263
# test multiple digests
 
264
ok my $rbc=Bio::Restriction::EnzymeCollection->new(-empty=>1);
 
265
ok $rbc->enzymes(@rb);
 
266
ok $ra->cut('multiple', $rbc);
 
267
is $ra->fragments('multiple_digest'),7, '7 fragments in the multiple digest';
 
268
is my @pos=$ra->positions('multiple_digest'),7, '7 positions in the multiple digest';
 
269
is my @ssm = $ra->sizes('multiple_digest'),7, '7 sizes in the multiple digest';
 
270
my $check_len;
 
271
map {$check_len+=$_}@ssm;
 
272
is $check_len, $seq->length;
 
273
 
 
274
# now test the non-palindromic part
 
275
# HindI is a non palindromic enzyme that cuts 9 times
 
276
is $ra->positions('HindI'), 9, ' expected 9 cuts for HindI';
 
277
 
 
278
# now we need to test the fragment maps
 
279
# lets do this for HindI
 
280
is my @fm=$ra->fragment_maps('HindI'), 9, 'expect 9 fragment maps for HindI';
 
281
foreach my $fm (@fm) {
 
282
 is exists $fm->{'seq'}, 1, "sequence for ".$fm->{'seq'};
 
283
 is exists $fm->{'start'}, 1, "start at ".$fm->{'start'};
 
284
 is exists $fm->{'end'}, 1, "end at ".$fm->{'end'};
 
285
}
 
286
 
 
287
# bug 2139
 
288
 
 
289
eval {$re = Bio::Restriction::Enzyme->new(
 
290
        -name    => 'Invalid',
 
291
        -site    => 'G^AATTE' );};
 
292
 
 
293
ok $@;
 
294
like($@, qr(Unrecognized characters in site), 'bug 2139');