← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/HMM.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/HMM.pm
1
 
## $Id: HMM.pm,v 1.8.4.2 2006/11/17 09:32:42 sendu Exp $
 
1
## $Id: HMM.pm 11480 2007-06-14 14:16:21Z sendu $
2
2
 
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::HMM
4
4
#
22
22
 
23
23
  # create a HMM object
24
24
  # ACGT are the bases NC mean non-coding and coding
25
 
  $hmm = new Bio::Tools::HMM('-symbols' => "ACGT", '-states' => "NC");
 
25
  $hmm = Bio::Tools::HMM->new('-symbols' => "ACGT", '-states' => "NC");
26
26
 
27
27
  # initialize some training observation sequences
28
 
  $seq1 = new Bio::SeqIO(-file => $ARGV[0], -format => 'fasta');
29
 
  $seq2 = new Bio::SeqIO(-file => $ARGV[1], -format => 'fasta');
 
28
  $seq1 = Bio::SeqIO->new(-file => $ARGV[0], -format => 'fasta');
 
29
  $seq2 = Bio::SeqIO->new(-file => $ARGV[1], -format => 'fasta');
30
30
  @seqs = ($seq1, $seq2);
31
31
 
32
32
  # train the HMM with the observation sequences
178
178
      }
179
179
   }
180
180
 
181
 
   $self->{'hmm'} = new Bio::Ext::HMM::HMM($symbols, $states);
 
181
   $self->{'hmm'} = Bio::Ext::HMM::HMM->new($symbols, $states);
182
182
   return $self;
183
183
}
184
184
 
506
506
         }
507
507
      }
508
508
      my @rows = split(//, $self->{'states'});
509
 
      return $matrix = new Bio::Matrix::Scoring(-values => \@A, -rownames => \@rows, -colnames => \@rows);
 
509
      return $matrix = Bio::Matrix::Scoring->new(-values => \@A, -rownames => \@rows, -colnames => \@rows);
510
510
   } 
511
511
}
512
512
 
568
568
      }
569
569
      my @rows = split(//, $self->{'states'});
570
570
      my @cols = split(//, $self->{'symbols'});
571
 
      return $matrix = new Bio::Matrix::Scoring(-values => \@A, -rownames => \@rows, -colnames => \@cols);
 
571
      return $matrix = Bio::Matrix::Scoring->new(-values => \@A, -rownames => \@rows, -colnames => \@cols);
572
572
   } 
573
573
}
574
574