← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Sigcleave.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Sigcleave.t
1
 
# -*-Perl-*-
2
 
## Bioperl Test Harness Script for various modules
3
 
## $Id: Sigcleave.t,v 1.10 2002/10/02 14:16:50 heikki Exp $
4
 
 
5
 
# Before `make install' is performed this script should be runnable with
6
 
# `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
7
 
 
8
 
use strict;
9
 
BEGIN {
10
 
    # to handle systems with no installed Test module
11
 
    # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
12
 
    # as a fallback
13
 
    eval { require Test; };
14
 
    if( $@ ) {
15
 
        use lib 't';
16
 
    }
17
 
    use Test;
18
 
    plan tests => 16;
19
 
}
20
 
use Bio::PrimarySeq;
21
 
use Bio::Tools::Sigcleave;
22
 
 
23
 
#load n-terminus of MGR5_HUMAN as test seq
24
 
my $protein = "MVLLLILSVLLLKEDVRGSAQSSERRVVAHMPGDIIIGALFSVHHQPTVDKVHERKCGAVREQYGI";
25
 
 
26
 
ok my $seq= Bio::PrimarySeq->new(-seq => $protein);
27
 
 
28
 
ok my $sig = new Bio::Tools::Sigcleave;
29
 
ok $sig->seq($seq);
30
 
ok my $sout = $sig->seq;
31
 
ok $sout->seq eq $protein;
32
 
ok $sig->threshold, 3.5;
33
 
ok $sig->threshold(5), 5;
34
 
ok $sig->matrix, 'eucaryotic';
35
 
ok $sig->matrix('procaryotic'), 'procaryotic';
36
 
ok $sig->matrix('eucaryotic'), 'eucaryotic';
37
 
 
38
 
ok $sig->pretty_print =~ /Maximum score 7/;
39
 
ok my %results = $sig->signals;
40
 
 
41
 
ok $results{9}, 5.2, "unable to get raw sigcleave results";
42
 
 
43
 
 
44
 
$sig = new Bio::Tools::Sigcleave(-seq=>$protein,
45
 
                                 -threshold=>5);
46
 
ok %results = $sig->signals;
47
 
ok $results{9}, 5.2, "unable to get raw sigcleave results";
48
 
ok $sig->result_count, 5;
49