← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/map_hem/HEM12-HEM13.meme.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/map_hem/HEM12-HEM13.meme.txt
 
1
********************************************************************************
 
2
MEME - Motif discovery tool
 
3
********************************************************************************
 
4
MEME version 3.5.4 (Release date:    )
 
5
 
 
6
For further information on how to interpret these results or to get
 
7
a copy of the MEME software please access http://meme.nbcr.net.
 
8
 
 
9
This file may be used as input to the MAST algorithm for searching
 
10
sequence databases for matches to groups of motifs.  MAST is available
 
11
for interactive use and downloading at http://meme.nbcr.net.
 
12
********************************************************************************
 
13
 
 
14
 
 
15
********************************************************************************
 
16
REFERENCE
 
17
********************************************************************************
 
18
If you use this program in your research, please cite:
 
19
 
 
20
Timothy L. Bailey and Charles Elkan,
 
21
"Fitting a mixture model by expectation maximization to discover
 
22
motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International
 
23
Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36,
 
24
AAAI Press, Menlo Park, California, 1994.
 
25
********************************************************************************
 
26
 
 
27
 
 
28
********************************************************************************
 
29
TRAINING SET
 
30
********************************************************************************
 
31
DATAFILE= HEM12-HEM13.fa
 
32
ALPHABET= ACGT
 
33
Sequence name            Weight Length  Sequence name            Weight Length  
 
34
-------------            ------ ------  -------------            ------ ------  
 
35
SGD_Scer_YDR047W         1.0000   1000  MIT_Spar_c130_3923       1.0000   1000  
 
36
MIT_Sbay_c896_21277      1.0000   1000  WashU_Skud_Contig1362.1  1.0000    761  
 
37
SGD_Scer_YDR044W         1.0000   1000  MIT_Spar_c130_3912       1.0000   1000  
 
38
MIT_Sbay_c896_21290      1.0000   1000  WashU_Smik_Contig2283.3  1.0000   1000  
 
39
********************************************************************************
 
40
 
 
41
********************************************************************************
 
42
COMMAND LINE SUMMARY
 
43
********************************************************************************
 
44
This information can also be useful in the event you wish to report a
 
45
problem with the MEME software.
 
46
 
 
47
command: meme HEM12-HEM13.fa -nostatus -dna -revcomp -nmotifs 5 -bfile yeast.nc.1.freq -maxw 20 -mod oops -dir /Volumes/DATA/Home/ajr/sw/powerpc/meme-3.5.4 
 
48
 
 
49
model:  mod=          oops    nmotifs=         5    evt=           inf
 
50
object function=  E-value of product of p-values
 
51
width:  minw=            6    maxw=           20    minic=        0.00
 
52
width:  wg=             11    ws=              1    endgaps=       yes
 
53
nsites: minsites=        8    maxsites=        8    wnsites=       0.8
 
54
theta:  prob=            1    spmap=         uni    spfuzz=        0.5
 
55
em:     prior=   dirichlet    b=            0.01    maxiter=        50
 
56
        distance=    1e-05
 
57
data:   n=            7761    N=               8
 
58
strands: + -
 
59
sample: seed=            0    seqfrac=         1
 
60
Letter frequencies in dataset:
 
61
A 0.291 C 0.209 G 0.209 T 0.291 
 
62
Background letter frequencies (from yeast.nc.1.freq):
 
63
A 0.324 C 0.176 G 0.176 T 0.324 
 
64
********************************************************************************
 
65
 
 
66
 
 
67
********************************************************************************
 
68
MOTIF  1        width =   20   sites =   8   llr = 167   E-value = 1.0e-013
 
69
********************************************************************************
 
70
--------------------------------------------------------------------------------
 
71
        Motif 1 Description
 
72
--------------------------------------------------------------------------------
 
73
Simplified        A  :1165:9:1a::11:::1a:
 
74
pos.-specific     C  :::::a::4:3::11:5:::
 
75
probability       G  :9945:1:::1:98:559:a
 
76
matrix            T  a::::::a5:6a::95::::
 
77
 
 
78
         bits    2.5      *             *
 
79
                 2.3      *             *
 
80
                 2.0      *             *
 
81
                 1.8  **  *      *    * *
 
82
Information      1.5 ***  * * * **   ****
 
83
content          1.3 ***  *** * **** ****
 
84
(30.1 bits)      1.0 ******** * *********
 
85
                 0.8 ******** ***********
 
86
                 0.5 ********************
 
87
                 0.3 ********************
 
88
                 0.0 --------------------
 
89
 
 
90
Multilevel           TGGAACATTATTGGTGCGAG
 
91
consensus               GG   C C    TG   
 
92
sequence                                 
 
93
                                         
 
94
--------------------------------------------------------------------------------
 
95
 
 
96
--------------------------------------------------------------------------------
 
97
        Motif 1 sites sorted by position p-value
 
98
--------------------------------------------------------------------------------
 
99
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
100
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
101
MIT_Spar_c130_3912           +    244  1.31e-12 TGGTTCAAGC TGGGGCATTATTGGTGGGAG AAGCCAGAAA
 
102
MIT_Sbay_c896_21290          +    250  2.00e-11 AGGTCCAAGC TGGGGCATAATTGGTGGGAG AAGCCAGAAA
 
103
SGD_Scer_YDR044W             +    252  2.47e-11 TTGTTCAAGC TGGAGCGTTATTGGTGGGAG AACCAGAAAA
 
104
WashU_Smik_Contig2283.3      +    240  7.53e-11 TGGTTGAAGC TGGGGCATTATTGGTGGAAG AAGCCAGAAA
 
105
WashU_Skud_Contig1362.1      +    101  2.45e-10 TTCTTTCGTT TGGAACATTACTGCTTCGAG CAATAAACAT
 
106
MIT_Spar_c130_3923           +    134  5.96e-10 CCACTTCGTT TGAAACATCAGTGGTTCGAG CAGTAATGAC
 
107
MIT_Sbay_c896_21277          +    107  7.56e-10 CTAAGTTCTT TAGAACATCATTGGCTCGAG CATTAGTGAC
 
108
SGD_Scer_YDR047W             +    137  1.93e-09 TACCTTCGTC TGGAACATCACTAATTCGAG CGGTAAAGAT
 
109
--------------------------------------------------------------------------------
 
110
 
 
111
--------------------------------------------------------------------------------
 
112
        Motif 1 block diagrams
 
113
--------------------------------------------------------------------------------
 
114
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
115
-------------            ----------------  -------------
 
116
MIT_Spar_c130_3912                1.3e-12  243_[+1]_737
 
117
MIT_Sbay_c896_21290                 2e-11  249_[+1]_731
 
118
SGD_Scer_YDR044W                  2.5e-11  251_[+1]_729
 
119
WashU_Smik_Contig2283.3           7.5e-11  239_[+1]_741
 
120
WashU_Skud_Contig1362.1           2.5e-10  100_[+1]_641
 
121
MIT_Spar_c130_3923                  6e-10  133_[+1]_847
 
122
MIT_Sbay_c896_21277               7.6e-10  106_[+1]_874
 
123
SGD_Scer_YDR047W                  1.9e-09  136_[+1]_844
 
124
--------------------------------------------------------------------------------
 
125
 
 
126
--------------------------------------------------------------------------------
 
127
        Motif 1 in BLOCKS format
 
128
--------------------------------------------------------------------------------
 
129
BL   MOTIF 1 width=20 seqs=8
 
130
MIT_Spar_c130_3912       (  244) TGGGGCATTATTGGTGGGAG  1 
 
131
MIT_Sbay_c896_21290      (  250) TGGGGCATAATTGGTGGGAG  1 
 
132
SGD_Scer_YDR044W         (  252) TGGAGCGTTATTGGTGGGAG  1 
 
133
WashU_Smik_Contig2283.3  (  240) TGGGGCATTATTGGTGGAAG  1 
 
134
WashU_Skud_Contig1362.1  (  101) TGGAACATTACTGCTTCGAG  1 
 
135
MIT_Spar_c130_3923       (  134) TGAAACATCAGTGGTTCGAG  1 
 
136
MIT_Sbay_c896_21277      (  107) TAGAACATCATTGGCTCGAG  1 
 
137
SGD_Scer_YDR047W         (  137) TGGAACATCACTAATTCGAG  1 
 
138
//
 
139
 
 
140
--------------------------------------------------------------------------------
 
141
 
 
142
--------------------------------------------------------------------------------
 
143
        Motif 1 position-specific scoring matrix
 
144
--------------------------------------------------------------------------------
 
145
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7609 bayes= 9.89197 E= 1.0e-013 
 
146
  -965   -965   -965    162 
 
147
  -137   -965    232   -965 
 
148
  -137   -965    232   -965 
 
149
    95   -965    109   -965 
 
150
    62   -965    151   -965 
 
151
  -965    251   -965   -965 
 
152
   143   -965    -49   -965 
 
153
  -965   -965   -965    162 
 
154
  -137    109   -965     62 
 
155
   162   -965   -965   -965 
 
156
  -965     51    -49     95 
 
157
  -965   -965   -965    162 
 
158
  -137   -965    232   -965 
 
159
  -137    -49    209   -965 
 
160
  -965    -49   -965    143 
 
161
  -965   -965    151     62 
 
162
  -965    151    151   -965 
 
163
  -137   -965    232   -965 
 
164
   162   -965   -965   -965 
 
165
  -965   -965    251   -965 
 
166
--------------------------------------------------------------------------------
 
167
 
 
168
--------------------------------------------------------------------------------
 
169
        Motif 1 position-specific probability matrix
 
170
--------------------------------------------------------------------------------
 
171
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 8 E= 1.0e-013 
 
172
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
173
 0.125000  0.000000  0.875000  0.000000 
 
174
 0.125000  0.000000  0.875000  0.000000 
 
175
 0.625000  0.000000  0.375000  0.000000 
 
176
 0.500000  0.000000  0.500000  0.000000 
 
177
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
178
 0.875000  0.000000  0.125000  0.000000 
 
179
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
180
 0.125000  0.375000  0.000000  0.500000 
 
181
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
182
 0.000000  0.250000  0.125000  0.625000 
 
183
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
184
 0.125000  0.000000  0.875000  0.000000 
 
185
 0.125000  0.125000  0.750000  0.000000 
 
186
 0.000000  0.125000  0.000000  0.875000 
 
187
 0.000000  0.000000  0.500000  0.500000 
 
188
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
189
 0.125000  0.000000  0.875000  0.000000 
 
190
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
191
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
192
--------------------------------------------------------------------------------
 
193
 
 
194
--------------------------------------------------------------------------------
 
195
        Motif 1 regular expression
 
196
--------------------------------------------------------------------------------
 
197
TGG[AG][AG]CAT[TC]A[TC]TGGT[GT][CG]GAG
 
198
--------------------------------------------------------------------------------
 
199
 
 
200
 
 
201
 
 
202
 
 
203
Time  6.16 secs.
 
204
 
 
205
********************************************************************************
 
206
 
 
207
 
 
208
********************************************************************************
 
209
MOTIF  2        width =   20   sites =   8   llr = 161   E-value = 5.1e-011
 
210
********************************************************************************
 
211
--------------------------------------------------------------------------------
 
212
        Motif 2 Description
 
213
--------------------------------------------------------------------------------
 
214
Simplified        A  ::1:1::1:6:1:::1:98a
 
215
pos.-specific     C  1::951:9::a:85:3::::
 
216
probability       G  9:4:4:a:a4::154:513:
 
217
matrix            T  :a51:9:::::91:665:::
 
218
 
 
219
         bits    2.5       * * *         
 
220
                 2.3       * * *         
 
221
                 2.0 *     * * *         
 
222
                 1.8 *  *  *** *         
 
223
Information      1.5 ** *  *** *  *     *
 
224
content          1.3 ** * **** * **   * *
 
225
(29.0 bits)      1.0 ** ************ ****
 
226
                 0.8 ** ************ ****
 
227
                 0.5 ********************
 
228
                 0.3 ********************
 
229
                 0.0 --------------------
 
230
 
 
231
Multilevel           GTTCCTGCGACTCCTTGAAA
 
232
consensus              G G    G   GGCT G 
 
233
sequence                                 
 
234
                                         
 
235
--------------------------------------------------------------------------------
 
236
 
 
237
--------------------------------------------------------------------------------
 
238
        Motif 2 sites sorted by position p-value
 
239
--------------------------------------------------------------------------------
 
240
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
241
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
242
WashU_Smik_Contig2283.3      +    313  1.96e-11 TTGGTTTCGG GTTCCTGCGACTCGTTTAAA AAAGAAAAGG
 
243
MIT_Sbay_c896_21290          +    316  1.96e-11 AATGGCTTCG GTTCCTGCGACTCGTTTAAA AAGAAAAGGG
 
244
MIT_Spar_c130_3912           +    310  1.96e-11 TTTGGATTCT GTTCCTGCGACTCGTTTAAA AGAAGAAGGG
 
245
SGD_Scer_YDR044W             +    317  1.96e-11 TTTGGCTTCT GTTCCTGCGACTCGTTTAAA AGTAGAAGGG
 
246
SGD_Scer_YDR047W             +    871  6.56e-11 TAATGTAGCC GTGCATGCGGCTCCGCGAAA AGAGCTCTGC
 
247
MIT_Spar_c130_3923           +    880  1.43e-10 TTATATAGCC GTACGTGCGGCTCCTCGAGA AAGGCCCTGC
 
248
WashU_Skud_Contig1362.1      -    420  9.20e-09 GAAGGTGGCA CTGCGTGAGACTGCGTGGAA AGTATAAATA
 
249
MIT_Sbay_c896_21277          +    841  2.90e-08 TTTTATAGCC GTGTGCGCGGCATCGAGAGA CAGGTTCAGC
 
250
--------------------------------------------------------------------------------
 
251
 
 
252
--------------------------------------------------------------------------------
 
253
        Motif 2 block diagrams
 
254
--------------------------------------------------------------------------------
 
255
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
256
-------------            ----------------  -------------
 
257
WashU_Smik_Contig2283.3             2e-11  312_[+2]_668
 
258
MIT_Sbay_c896_21290                 2e-11  315_[+2]_665
 
259
MIT_Spar_c130_3912                  2e-11  309_[+2]_671
 
260
SGD_Scer_YDR044W                    2e-11  316_[+2]_664
 
261
SGD_Scer_YDR047W                  6.6e-11  870_[+2]_110
 
262
MIT_Spar_c130_3923                1.4e-10  879_[+2]_101
 
263
WashU_Skud_Contig1362.1           9.2e-09  419_[-2]_322
 
264
MIT_Sbay_c896_21277               2.9e-08  840_[+2]_140
 
265
--------------------------------------------------------------------------------
 
266
 
 
267
--------------------------------------------------------------------------------
 
268
        Motif 2 in BLOCKS format
 
269
--------------------------------------------------------------------------------
 
270
BL   MOTIF 2 width=20 seqs=8
 
271
WashU_Smik_Contig2283.3  (  313) GTTCCTGCGACTCGTTTAAA  1 
 
272
MIT_Sbay_c896_21290      (  316) GTTCCTGCGACTCGTTTAAA  1 
 
273
MIT_Spar_c130_3912       (  310) GTTCCTGCGACTCGTTTAAA  1 
 
274
SGD_Scer_YDR044W         (  317) GTTCCTGCGACTCGTTTAAA  1 
 
275
SGD_Scer_YDR047W         (  871) GTGCATGCGGCTCCGCGAAA  1 
 
276
MIT_Spar_c130_3923       (  880) GTACGTGCGGCTCCTCGAGA  1 
 
277
WashU_Skud_Contig1362.1  (  420) CTGCGTGAGACTGCGTGGAA  1 
 
278
MIT_Sbay_c896_21277      (  841) GTGTGCGCGGCATCGAGAGA  1 
 
279
//
 
280
 
 
281
--------------------------------------------------------------------------------
 
282
 
 
283
--------------------------------------------------------------------------------
 
284
        Motif 2 position-specific scoring matrix
 
285
--------------------------------------------------------------------------------
 
286
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7609 bayes= 9.89197 E= 5.1e-011 
 
287
  -965    -49    232   -965 
 
288
  -965   -965   -965    162 
 
289
  -137   -965    109     62 
 
290
  -965    232   -965   -137 
 
291
  -137    151    109   -965 
 
292
  -965    -49   -965    143 
 
293
  -965   -965    251   -965 
 
294
  -137    232   -965   -965 
 
295
  -965   -965    251   -965 
 
296
    95   -965    109   -965 
 
297
  -965    251   -965   -965 
 
298
  -137   -965   -965    143 
 
299
  -965    209    -49   -137 
 
300
  -965    151    151   -965 
 
301
  -965   -965    109     95 
 
302
  -137     51   -965     95 
 
303
  -965   -965    151     62 
 
304
   143   -965    -49   -965 
 
305
   121   -965     51   -965 
 
306
   162   -965   -965   -965 
 
307
--------------------------------------------------------------------------------
 
308
 
 
309
--------------------------------------------------------------------------------
 
310
        Motif 2 position-specific probability matrix
 
311
--------------------------------------------------------------------------------
 
312
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 8 E= 5.1e-011 
 
313
 0.000000  0.125000  0.875000  0.000000 
 
314
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
315
 0.125000  0.000000  0.375000  0.500000 
 
316
 0.000000  0.875000  0.000000  0.125000 
 
317
 0.125000  0.500000  0.375000  0.000000 
 
318
 0.000000  0.125000  0.000000  0.875000 
 
319
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
320
 0.125000  0.875000  0.000000  0.000000 
 
321
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
322
 0.625000  0.000000  0.375000  0.000000 
 
323
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
324
 0.125000  0.000000  0.000000  0.875000 
 
325
 0.000000  0.750000  0.125000  0.125000 
 
326
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
327
 0.000000  0.000000  0.375000  0.625000 
 
328
 0.125000  0.250000  0.000000  0.625000 
 
329
 0.000000  0.000000  0.500000  0.500000 
 
330
 0.875000  0.000000  0.125000  0.000000 
 
331
 0.750000  0.000000  0.250000  0.000000 
 
332
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
333
--------------------------------------------------------------------------------
 
334
 
 
335
--------------------------------------------------------------------------------
 
336
        Motif 2 regular expression
 
337
--------------------------------------------------------------------------------
 
338
GT[TG]C[CG]TGCG[AG]CTC[CG][TG][TC][GT]A[AG]A
 
339
--------------------------------------------------------------------------------
 
340
 
 
341
 
 
342
 
 
343
 
 
344
Time 12.22 secs.
 
345
 
 
346
********************************************************************************
 
347
 
 
348
 
 
349
********************************************************************************
 
350
MOTIF  3        width =   15   sites =   8   llr = 136   E-value = 3.8e-008
 
351
********************************************************************************
 
352
--------------------------------------------------------------------------------
 
353
        Motif 3 Description
 
354
--------------------------------------------------------------------------------
 
355
Simplified        A  :9::6:::::1::::
 
356
pos.-specific     C  5::::::5:5:::4:
 
357
probability       G  519a4:::a59a5::
 
358
matrix            T  ::1::aa5::::56a
 
359
 
 
360
         bits    2.5    *    *  *   
 
361
                 2.3    *    *  *   
 
362
                 2.0    *    *  *   
 
363
                 1.8   **    * **   
 
364
Information      1.5 * ** ** ****  *
 
365
content          1.3 **** ** ****  *
 
366
(24.5 bits)      1.0 ***************
 
367
                 0.8 ***************
 
368
                 0.5 ***************
 
369
                 0.3 ***************
 
370
                 0.0 ---------------
 
371
 
 
372
Multilevel           CAGGATTCGCGGGTT
 
373
consensus            G   G  T G  TC 
 
374
sequence                            
 
375
                                    
 
376
--------------------------------------------------------------------------------
 
377
 
 
378
--------------------------------------------------------------------------------
 
379
        Motif 3 sites sorted by position p-value
 
380
--------------------------------------------------------------------------------
 
381
Sequence name            Strand  Start   P-value                 Site    
 
382
-------------            ------  ----- ---------            ---------------
 
383
SGD_Scer_YDR044W             +    623  5.51e-09 ACAAACTCCA GAGGATTTGCGGGCT TGATGATAAA
 
384
MIT_Sbay_c896_21277          -    211  5.51e-09 CTCGTTTATA CAGGGTTCGGGGTTT TTTGACGCCA
 
385
MIT_Spar_c130_3923           -    240  5.51e-09 ATATACGGGA CAGGGTTCGGGGTTT TGGTGGCAGG
 
386
SGD_Scer_YDR047W             -    243  5.51e-09 ATATACAGGA CAGGGTTCGGGGTTT TTGGCGGCAG
 
387
WashU_Smik_Contig2283.3      +    624  8.25e-09 TGAACTTCTT GAGGATTTGCGGGTT CGGTGATAAA
 
388
MIT_Sbay_c896_21290          +    622  1.72e-08 CGGAACTCTT GGGGATTTGCGGGCT CGCTAATAAA
 
389
MIT_Spar_c130_3912           +    618  4.23e-08 CGAAACTCTA GAGGATTTGCAGGCT CGGTGATAAA
 
390
WashU_Skud_Contig1362.1      -    206  5.24e-08 CTCGCTTCTA CATGATTCGGGGTTT TTTGGCAGCA
 
391
--------------------------------------------------------------------------------
 
392
 
 
393
--------------------------------------------------------------------------------
 
394
        Motif 3 block diagrams
 
395
--------------------------------------------------------------------------------
 
396
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
397
-------------            ----------------  -------------
 
398
SGD_Scer_YDR044W                  5.5e-09  622_[+3]_363
 
399
MIT_Sbay_c896_21277               5.5e-09  210_[-3]_775
 
400
MIT_Spar_c130_3923                5.5e-09  239_[-3]_746
 
401
SGD_Scer_YDR047W                  5.5e-09  242_[-3]_743
 
402
WashU_Smik_Contig2283.3           8.2e-09  623_[+3]_362
 
403
MIT_Sbay_c896_21290               1.7e-08  621_[+3]_364
 
404
MIT_Spar_c130_3912                4.2e-08  617_[+3]_368
 
405
WashU_Skud_Contig1362.1           5.2e-08  205_[-3]_541
 
406
--------------------------------------------------------------------------------
 
407
 
 
408
--------------------------------------------------------------------------------
 
409
        Motif 3 in BLOCKS format
 
410
--------------------------------------------------------------------------------
 
411
BL   MOTIF 3 width=15 seqs=8
 
412
SGD_Scer_YDR044W         (  623) GAGGATTTGCGGGCT  1 
 
413
MIT_Sbay_c896_21277      (  211) CAGGGTTCGGGGTTT  1 
 
414
MIT_Spar_c130_3923       (  240) CAGGGTTCGGGGTTT  1 
 
415
SGD_Scer_YDR047W         (  243) CAGGGTTCGGGGTTT  1 
 
416
WashU_Smik_Contig2283.3  (  624) GAGGATTTGCGGGTT  1 
 
417
MIT_Sbay_c896_21290      (  622) GGGGATTTGCGGGCT  1 
 
418
MIT_Spar_c130_3912       (  618) GAGGATTTGCAGGCT  1 
 
419
WashU_Skud_Contig1362.1  (  206) CATGATTCGGGGTTT  1 
 
420
//
 
421
 
 
422
--------------------------------------------------------------------------------
 
423
 
 
424
--------------------------------------------------------------------------------
 
425
        Motif 3 position-specific scoring matrix
 
426
--------------------------------------------------------------------------------
 
427
log-odds matrix: alength= 4 w= 15 n= 7649 bayes= 9.89955 E= 3.8e-008 
 
428
  -965    151    151   -965 
 
429
   143   -965    -49   -965 
 
430
  -965   -965    232   -137 
 
431
  -965   -965    251   -965 
 
432
    95   -965    109   -965 
 
433
  -965   -965   -965    162 
 
434
  -965   -965   -965    162 
 
435
  -965    151   -965     62 
 
436
  -965   -965    251   -965 
 
437
  -965    151    151   -965 
 
438
  -137   -965    232   -965 
 
439
  -965   -965    251   -965 
 
440
  -965   -965    151     62 
 
441
  -965    109   -965     95 
 
442
  -965   -965   -965    162 
 
443
--------------------------------------------------------------------------------
 
444
 
 
445
--------------------------------------------------------------------------------
 
446
        Motif 3 position-specific probability matrix
 
447
--------------------------------------------------------------------------------
 
448
letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 8 E= 3.8e-008 
 
449
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
450
 0.875000  0.000000  0.125000  0.000000 
 
451
 0.000000  0.000000  0.875000  0.125000 
 
452
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
453
 0.625000  0.000000  0.375000  0.000000 
 
454
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
455
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
456
 0.000000  0.500000  0.000000  0.500000 
 
457
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
458
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
459
 0.125000  0.000000  0.875000  0.000000 
 
460
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
461
 0.000000  0.000000  0.500000  0.500000 
 
462
 0.000000  0.375000  0.000000  0.625000 
 
463
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
464
--------------------------------------------------------------------------------
 
465
 
 
466
--------------------------------------------------------------------------------
 
467
        Motif 3 regular expression
 
468
--------------------------------------------------------------------------------
 
469
[CG]AGG[AG]TT[CT]G[CG]GG[GT][TC]T
 
470
--------------------------------------------------------------------------------
 
471
 
 
472
 
 
473
 
 
474
 
 
475
Time 18.15 secs.
 
476
 
 
477
********************************************************************************
 
478
 
 
479
 
 
480
********************************************************************************
 
481
MOTIF  4        width =   20   sites =   8   llr = 155   E-value = 1.1e-008
 
482
********************************************************************************
 
483
--------------------------------------------------------------------------------
 
484
        Motif 4 Description
 
485
--------------------------------------------------------------------------------
 
486
Simplified        A  aa13::a6a415:5::::1:
 
487
pos.-specific     C  ::::54::::9:111a:1:4
 
488
probability       G  ::5856:4:6:5::4:a::6
 
489
matrix            T  ::4:::::::::945::99:
 
490
 
 
491
         bits    2.5                **   
 
492
                 2.3                **   
 
493
                 2.0                **   
 
494
                 1.8           *    **   
 
495
Information      1.5 ** **** * *    **  *
 
496
content          1.3 ** **** *** *  *** *
 
497
(27.9 bits)      1.0 ** **********  *****
 
498
                 0.8 ************* ******
 
499
                 0.5 ************* ******
 
500
                 0.3 ********************
 
501
                 0.0 --------------------
 
502
 
 
503
Multilevel           AAGGCGAAAGCATATCGTTG
 
504
consensus              TAGC G A G TG    C
 
505
sequence                                 
 
506
                                         
 
507
--------------------------------------------------------------------------------
 
508
 
 
509
--------------------------------------------------------------------------------
 
510
        Motif 4 sites sorted by position p-value
 
511
--------------------------------------------------------------------------------
 
512
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
513
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
514
MIT_Spar_c130_3912           +    273  3.90e-12 GAAGCCAGAA AAGGCGAAAGCGTAGCGTTC TTTGAAATTT
 
515
SGD_Scer_YDR044W             +    280  3.90e-12 AGAACCAGAA AAGGCGAAAGCGTAGCGTTC TTTGAAATTT
 
516
MIT_Sbay_c896_21290          +    279  2.45e-10 GAAGCCAGAA AATGCGAAAGCGTACCGTTC TGTGAAAAAT
 
517
MIT_Spar_c130_3923           +    167  3.43e-10 TAATGACAAA AAGGGCAGAACATTTCGTTG GCAAAATTTA
 
518
MIT_Sbay_c896_21277          +    140  1.28e-09 TAGTGACACG AATAGGAAAGCATTTCGTTG ACAAAAATAA
 
519
SGD_Scer_YDR047W             +    170  3.28e-09 TAAAGATGAA AATGGCAGAACATTTCGCTG GCAAAATTAA
 
520
WashU_Smik_Contig2283.3      +    269  7.13e-09 GAAGCCAGAA AAGACGAAAGAGTAGCGTAG CGTTCTTTCA
 
521
WashU_Skud_Contig1362.1      +    134  8.94e-09 TAAACATACG AAAGGCAGAACACCTCGTTG ACAAAACTGA
 
522
--------------------------------------------------------------------------------
 
523
 
 
524
--------------------------------------------------------------------------------
 
525
        Motif 4 block diagrams
 
526
--------------------------------------------------------------------------------
 
527
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
528
-------------            ----------------  -------------
 
529
MIT_Spar_c130_3912                3.9e-12  272_[+4]_708
 
530
SGD_Scer_YDR044W                  3.9e-12  279_[+4]_701
 
531
MIT_Sbay_c896_21290               2.4e-10  278_[+4]_702
 
532
MIT_Spar_c130_3923                3.4e-10  166_[+4]_814
 
533
MIT_Sbay_c896_21277               1.3e-09  139_[+4]_841
 
534
SGD_Scer_YDR047W                  3.3e-09  169_[+4]_811
 
535
WashU_Smik_Contig2283.3           7.1e-09  268_[+4]_712
 
536
WashU_Skud_Contig1362.1           8.9e-09  133_[+4]_608
 
537
--------------------------------------------------------------------------------
 
538
 
 
539
--------------------------------------------------------------------------------
 
540
        Motif 4 in BLOCKS format
 
541
--------------------------------------------------------------------------------
 
542
BL   MOTIF 4 width=20 seqs=8
 
543
MIT_Spar_c130_3912       (  273) AAGGCGAAAGCGTAGCGTTC  1 
 
544
SGD_Scer_YDR044W         (  280) AAGGCGAAAGCGTAGCGTTC  1 
 
545
MIT_Sbay_c896_21290      (  279) AATGCGAAAGCGTACCGTTC  1 
 
546
MIT_Spar_c130_3923       (  167) AAGGGCAGAACATTTCGTTG  1 
 
547
MIT_Sbay_c896_21277      (  140) AATAGGAAAGCATTTCGTTG  1 
 
548
SGD_Scer_YDR047W         (  170) AATGGCAGAACATTTCGCTG  1 
 
549
WashU_Smik_Contig2283.3  (  269) AAGACGAAAGAGTAGCGTAG  1 
 
550
WashU_Skud_Contig1362.1  (  134) AAAGGCAGAACACCTCGTTG  1 
 
551
//
 
552
 
 
553
--------------------------------------------------------------------------------
 
554
 
 
555
--------------------------------------------------------------------------------
 
556
        Motif 4 position-specific scoring matrix
 
557
--------------------------------------------------------------------------------
 
558
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7609 bayes= 9.89197 E= 1.1e-008 
 
559
   162   -965   -965   -965 
 
560
   162   -965   -965   -965 
 
561
  -137   -965    151     21 
 
562
   -38   -965    209   -965 
 
563
  -965    151    151   -965 
 
564
  -965    109    183   -965 
 
565
   162   -965   -965   -965 
 
566
    95   -965    109   -965 
 
567
   162   -965   -965   -965 
 
568
    21   -965    183   -965 
 
569
  -137    232   -965   -965 
 
570
    62   -965    151   -965 
 
571
  -965    -49   -965    143 
 
572
    62    -49   -965     21 
 
573
  -965    -49    109     62 
 
574
  -965    251   -965   -965 
 
575
  -965   -965    251   -965 
 
576
  -965    -49   -965    143 
 
577
  -137   -965   -965    143 
 
578
  -965    109    183   -965 
 
579
--------------------------------------------------------------------------------
 
580
 
 
581
--------------------------------------------------------------------------------
 
582
        Motif 4 position-specific probability matrix
 
583
--------------------------------------------------------------------------------
 
584
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 8 E= 1.1e-008 
 
585
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
586
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
587
 0.125000  0.000000  0.500000  0.375000 
 
588
 0.250000  0.000000  0.750000  0.000000 
 
589
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
590
 0.000000  0.375000  0.625000  0.000000 
 
591
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
592
 0.625000  0.000000  0.375000  0.000000 
 
593
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
594
 0.375000  0.000000  0.625000  0.000000 
 
595
 0.125000  0.875000  0.000000  0.000000 
 
596
 0.500000  0.000000  0.500000  0.000000 
 
597
 0.000000  0.125000  0.000000  0.875000 
 
598
 0.500000  0.125000  0.000000  0.375000 
 
599
 0.000000  0.125000  0.375000  0.500000 
 
600
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
601
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
602
 0.000000  0.125000  0.000000  0.875000 
 
603
 0.125000  0.000000  0.000000  0.875000 
 
604
 0.000000  0.375000  0.625000  0.000000 
 
605
--------------------------------------------------------------------------------
 
606
 
 
607
--------------------------------------------------------------------------------
 
608
        Motif 4 regular expression
 
609
--------------------------------------------------------------------------------
 
610
AA[GT][GA][CG][GC]A[AG]A[GA]C[AG]T[AT][TG]CGTT[GC]
 
611
--------------------------------------------------------------------------------
 
612
 
 
613
 
 
614
 
 
615
 
 
616
Time 24.05 secs.
 
617
 
 
618
********************************************************************************
 
619
 
 
620
 
 
621
********************************************************************************
 
622
MOTIF  5        width =   20   sites =   8   llr = 150   E-value = 3.2e-007
 
623
********************************************************************************
 
624
--------------------------------------------------------------------------------
 
625
        Motif 5 Description
 
626
--------------------------------------------------------------------------------
 
627
Simplified        A  1::::1a643:6:85:aa::
 
628
pos.-specific     C  135:a:::44:4:11a::31
 
629
probability       G  :1:::9:431a:91:::::9
 
630
matrix            T  865a:::::3::1:4:::8:
 
631
 
 
632
         bits    2.5     *     *    *    
 
633
                 2.3     *     *    *    
 
634
                 2.0     *     *    *   *
 
635
                 1.8     **    * *  *   *
 
636
Information      1.5    ****   * *  *** *
 
637
content          1.3    ****   * *  *** *
 
638
(27.0 bits)      1.0   ******  ***  *****
 
639
                 0.8 ********  **** *****
 
640
                 0.5 ********* **** *****
 
641
                 0.3 ********************
 
642
                 0.0 --------------------
 
643
 
 
644
Multilevel           TTCTCGAAACGAGAACAATG
 
645
consensus             CT    GCA C  T   C 
 
646
sequence                     GT          
 
647
                                         
 
648
--------------------------------------------------------------------------------
 
649
 
 
650
--------------------------------------------------------------------------------
 
651
        Motif 5 sites sorted by position p-value
 
652
--------------------------------------------------------------------------------
 
653
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
654
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
655
MIT_Spar_c130_3912           +    160  8.41e-11 TTATATAGCC TTTTCGAAACGAGAACAATG GACAAATCAA
 
656
MIT_Sbay_c896_21290          +    166  1.14e-10 TTATATAGCT TTCTCGAAGGGAGAACAATG GATAAATCAA
 
657
MIT_Spar_c130_3923           +    927  2.25e-10 CACTAGCTGA TCCTCGAGCTGCGATCAACG AAAGCCCCAT
 
658
SGD_Scer_YDR044W             +    164  6.26e-10 CTTATATAGC CTTTCGAAACGAGAACAATG GGCAAAGCAA
 
659
MIT_Sbay_c896_21277          +    888  1.02e-09 ATTTGCCTAA TTCTCGAGCTGAGGCCAATG AAGGCAGCTT
 
660
SGD_Scer_YDR047W             +    918  1.45e-09 CTCTACCTGA ACTTCGAGCCGCGATCAACG AAAGCTCTCA
 
661
WashU_Smik_Contig2283.3      +    156  6.02e-09 TTATATAGCC TTTTCAAAAAGAGAACAATG GTCAAATAAA
 
662
WashU_Skud_Contig1362.1      +    363  3.46e-08 AATTTGCTAA TGCTCGAAGAGCTCTCAATC AATCACCCAC
 
663
--------------------------------------------------------------------------------
 
664
 
 
665
--------------------------------------------------------------------------------
 
666
        Motif 5 block diagrams
 
667
--------------------------------------------------------------------------------
 
668
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
669
-------------            ----------------  -------------
 
670
MIT_Spar_c130_3912                8.4e-11  159_[+5]_821
 
671
MIT_Sbay_c896_21290               1.1e-10  165_[+5]_815
 
672
MIT_Spar_c130_3923                2.2e-10  926_[+5]_54
 
673
SGD_Scer_YDR044W                  6.3e-10  163_[+5]_817
 
674
MIT_Sbay_c896_21277                 1e-09  887_[+5]_93
 
675
SGD_Scer_YDR047W                  1.4e-09  917_[+5]_63
 
676
WashU_Smik_Contig2283.3             6e-09  155_[+5]_825
 
677
WashU_Skud_Contig1362.1           3.5e-08  362_[+5]_379
 
678
--------------------------------------------------------------------------------
 
679
 
 
680
--------------------------------------------------------------------------------
 
681
        Motif 5 in BLOCKS format
 
682
--------------------------------------------------------------------------------
 
683
BL   MOTIF 5 width=20 seqs=8
 
684
MIT_Spar_c130_3912       (  160) TTTTCGAAACGAGAACAATG  1 
 
685
MIT_Sbay_c896_21290      (  166) TTCTCGAAGGGAGAACAATG  1 
 
686
MIT_Spar_c130_3923       (  927) TCCTCGAGCTGCGATCAACG  1 
 
687
SGD_Scer_YDR044W         (  164) CTTTCGAAACGAGAACAATG  1 
 
688
MIT_Sbay_c896_21277      (  888) TTCTCGAGCTGAGGCCAATG  1 
 
689
SGD_Scer_YDR047W         (  918) ACTTCGAGCCGCGATCAACG  1 
 
690
WashU_Smik_Contig2283.3  (  156) TTTTCAAAAAGAGAACAATG  1 
 
691
WashU_Skud_Contig1362.1  (  363) TGCTCGAAGAGCTCTCAATC  1 
 
692
//
 
693
 
 
694
--------------------------------------------------------------------------------
 
695
 
 
696
--------------------------------------------------------------------------------
 
697
        Motif 5 position-specific scoring matrix
 
698
--------------------------------------------------------------------------------
 
699
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 7609 bayes= 9.89197 E= 3.2e-007 
 
700
  -137    -49   -965    121 
 
701
  -965     51    -49     95 
 
702
  -965    151   -965     62 
 
703
  -965   -965   -965    162 
 
704
  -965    251   -965   -965 
 
705
  -137   -965    232   -965 
 
706
   162   -965   -965   -965 
 
707
    95   -965    109   -965 
 
708
    21    109     51   -965 
 
709
   -38    109    -49    -38 
 
710
  -965   -965    251   -965 
 
711
    95    109   -965   -965 
 
712
  -965   -965    232   -137 
 
713
   121    -49    -49   -965 
 
714
    62    -49   -965     21 
 
715
  -965    251   -965   -965 
 
716
   162   -965   -965   -965 
 
717
   162   -965   -965   -965 
 
718
  -965     51   -965    121 
 
719
  -965    -49    232   -965 
 
720
--------------------------------------------------------------------------------
 
721
 
 
722
--------------------------------------------------------------------------------
 
723
        Motif 5 position-specific probability matrix
 
724
--------------------------------------------------------------------------------
 
725
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 8 E= 3.2e-007 
 
726
 0.125000  0.125000  0.000000  0.750000 
 
727
 0.000000  0.250000  0.125000  0.625000 
 
728
 0.000000  0.500000  0.000000  0.500000 
 
729
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
730
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
731
 0.125000  0.000000  0.875000  0.000000 
 
732
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
733
 0.625000  0.000000  0.375000  0.000000 
 
734
 0.375000  0.375000  0.250000  0.000000 
 
735
 0.250000  0.375000  0.125000  0.250000 
 
736
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
737
 0.625000  0.375000  0.000000  0.000000 
 
738
 0.000000  0.000000  0.875000  0.125000 
 
739
 0.750000  0.125000  0.125000  0.000000 
 
740
 0.500000  0.125000  0.000000  0.375000 
 
741
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
742
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
743
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
744
 0.000000  0.250000  0.000000  0.750000 
 
745
 0.000000  0.125000  0.875000  0.000000 
 
746
--------------------------------------------------------------------------------
 
747
 
 
748
--------------------------------------------------------------------------------
 
749
        Motif 5 regular expression
 
750
--------------------------------------------------------------------------------
 
751
T[TC][CT]TCGA[AG][ACG][CAT]G[AC]GA[AT]CAA[TC]G
 
752
--------------------------------------------------------------------------------
 
753
 
 
754
 
 
755
 
 
756
 
 
757
Time 29.84 secs.
 
758
 
 
759
********************************************************************************
 
760
 
 
761
 
 
762
********************************************************************************
 
763
SUMMARY OF MOTIFS
 
764
********************************************************************************
 
765
 
 
766
--------------------------------------------------------------------------------
 
767
        Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001
 
768
--------------------------------------------------------------------------------
 
769
SEQUENCE NAME            COMBINED P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
770
-------------            ----------------  -------------
 
771
SGD_Scer_YDR047W                 7.45e-23  50_[+5(5.03e-05)]_66_[+1(1.93e-09)]_13_[+4(3.28e-09)]_53_[-3(5.51e-09)]_613_[+2(6.56e-11)]_27_[+5(1.45e-09)]_63
 
772
MIT_Spar_c130_3923               1.06e-24  133_[+1(5.96e-10)]_13_[+4(3.43e-10)]_53_[-3(5.51e-09)]_110_[-4(7.03e-05)]_238_[+1(6.23e-05)]_237_[+2(1.43e-10)]_27_[+5(2.25e-10)]_54
 
773
MIT_Sbay_c896_21277              2.78e-21  5_[-4(5.78e-05)]_81_[+1(7.56e-10)]_13_[+4(1.28e-09)]_51_[-3(5.51e-09)]_615_[+2(2.90e-08)]_27_[+5(1.02e-09)]_93
 
774
WashU_Skud_Contig1362.1          1.22e-19  100_[+1(2.45e-10)]_13_[+4(8.94e-09)]_52_[-3(5.24e-08)]_142_[+5(3.46e-08)]_37_[-2(9.20e-09)]_322
 
775
SGD_Scer_YDR044W                 3.05e-28  163_[+5(6.26e-10)]_68_[+1(2.47e-11)]_8_[+4(3.90e-12)]_17_[+2(1.96e-11)]_286_[+3(5.51e-09)]_363
 
776
MIT_Spar_c130_3912               1.93e-29  159_[+5(8.41e-11)]_64_[+1(1.31e-12)]_9_[+4(3.90e-12)]_17_[+2(1.96e-11)]_288_[+3(4.23e-08)]_69_[-4(1.60e-05)]_279
 
777
MIT_Sbay_c896_21290              7.41e-27  165_[+5(1.14e-10)]_64_[+1(2.00e-11)]_9_[+4(2.45e-10)]_17_[+2(1.96e-11)]_8_[-3(7.60e-05)]_3_[-4(2.55e-05)]_240_[+3(1.72e-08)]_66_[-4(1.70e-05)]_278
 
778
WashU_Smik_Contig2283.3          1.31e-23  7_[+3(8.33e-05)]_39_[-5(9.82e-05)]_74_[+5(6.02e-09)]_64_[+1(7.53e-11)]_9_[+4(7.13e-09)]_24_[+2(1.96e-11)]_61_[-2(3.93e-05)]_88_[+2(7.74e-05)]_102_[+3(8.25e-09)]_362
 
779
--------------------------------------------------------------------------------
 
780
 
 
781
********************************************************************************
 
782
 
 
783
 
 
784
********************************************************************************
 
785
Stopped because nmotifs = 5 reached.
 
786
********************************************************************************
 
787
 
 
788
CPU: dhn02990.mrc-dunn.cam.ac.uk
 
789
 
 
790
********************************************************************************