← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/OddCodes.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/OddCodes.t
1
 
# -*-Perl-*-
2
 
## Bioperl Test Harness Script for Modules
3
 
##$Id: OddCodes.t,v 1.5 2001/10/22 08:22:58 heikki Exp $
4
 
 
5
 
use strict;
6
 
 
7
 
BEGIN { 
8
 
    # to handle systems with no installed Test module
9
 
    # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
10
 
    # as a fallback
11
 
    eval { require Test; };
12
 
    if( $@ ) {
13
 
        use lib 't';
14
 
    }
15
 
    use Test;
16
 
    plan tests => 10;
17
 
}
18
 
 
19
 
use Bio::PrimarySeq;
20
 
use Bio::Tools::OddCodes;
21
 
ok 1;
22
 
 
23
 
my ($seqobj, $oddcode_obj);
24
 
 
25
 
$seqobj = Bio::PrimarySeq->new('-seq'=>'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ',
26
 
                               '-alphabet'=>'protein', 
27
 
                               '-id'=>'test');
28
 
$oddcode_obj  =  Bio::Tools::OddCodes->new('-seq' => $seqobj);
29
 
 
30
 
ok defined($oddcode_obj) && ref($oddcode_obj) && 
31
 
    $oddcode_obj->isa('Bio::Tools::OddCodes');
32
 
 
33
 
ok ${$oddcode_obj->structural()}, 'ABAEEIAEIJEIIEOAEEAAUIAXAZ';
34
 
ok ${$oddcode_obj->chemical()}, 'LBSAARLCLJCLSMOIMCHHULRXRZ';
35
 
ok ${$oddcode_obj->functional()}, 'HBPAAHPCHJCHHPOHPCPPUHHXPZ';
36
 
ok ${$oddcode_obj->charge()}, 'NBNAANNCNJCNNNONNCNNUNNXNZ';
37
 
ok ${$oddcode_obj->hydrophobic()}, 'IBOOOIOOIJOIIOOIOOOOUIIXOZ';
38
 
ok ${$oddcode_obj->Dayhoff()}, 'CBADDGCEFJEFFDOCDECCUFGXGZ';
39
 
ok ${$oddcode_obj->Sneath()}, 'CBEFFHCHAJGADDOCDGEEUAHXHZ';
40
 
ok ${$oddcode_obj->Stanfel()}, 'ABACCDAEAJEAACOACEAAUADXDZ';