← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/map_hem/HEM1-HEM15.meme.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/map_hem/HEM1-HEM15.meme.txt
 
1
********************************************************************************
 
2
MEME - Motif discovery tool
 
3
********************************************************************************
 
4
MEME version 3.5.4 (Release date:    )
 
5
 
 
6
For further information on how to interpret these results or to get
 
7
a copy of the MEME software please access http://meme.nbcr.net.
 
8
 
 
9
This file may be used as input to the MAST algorithm for searching
 
10
sequence databases for matches to groups of motifs.  MAST is available
 
11
for interactive use and downloading at http://meme.nbcr.net.
 
12
********************************************************************************
 
13
 
 
14
 
 
15
********************************************************************************
 
16
REFERENCE
 
17
********************************************************************************
 
18
If you use this program in your research, please cite:
 
19
 
 
20
Timothy L. Bailey and Charles Elkan,
 
21
"Fitting a mixture model by expectation maximization to discover
 
22
motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International
 
23
Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36,
 
24
AAAI Press, Menlo Park, California, 1994.
 
25
********************************************************************************
 
26
 
 
27
 
 
28
********************************************************************************
 
29
TRAINING SET
 
30
********************************************************************************
 
31
DATAFILE= HEM1-HEM15.fa
 
32
ALPHABET= ACGT
 
33
Sequence name            Weight Length  Sequence name            Weight Length  
 
34
-------------            ------ ------  -------------            ------ ------  
 
35
SGD_Scer_YDR232W         1.0000    498  MIT_Spar_c117_4603       1.0000    498  
 
36
MIT_Smik_c228_4055       1.0000    498  WashU_Skud_Contig2069.5  1.0000    498  
 
37
WashU_Sbay_Contig461.5   1.0000    498  SGD_Scer_YOR176W         1.0000    727  
 
38
MIT_Spar_c278_20970      1.0000    727  MIT_Smik_c935_20455      1.0000    727  
 
39
WashU_Skud_Contig2050.4  1.0000    727  WashU_Sbay_Contig480.2   1.0000    727  
 
40
********************************************************************************
 
41
 
 
42
********************************************************************************
 
43
COMMAND LINE SUMMARY
 
44
********************************************************************************
 
45
This information can also be useful in the event you wish to report a
 
46
problem with the MEME software.
 
47
 
 
48
command: meme HEM1-HEM15.fa -nostatus -dna -revcomp -nmotifs 5 -bfile yeast.nc.1.freq -maxw 20 -mod oops -dir /Volumes/DATA/Home/ajr/sw/powerpc/meme-3.5.4 
 
49
 
 
50
model:  mod=          oops    nmotifs=         5    evt=           inf
 
51
object function=  E-value of product of p-values
 
52
width:  minw=            6    maxw=           20    minic=        0.00
 
53
width:  wg=             11    ws=              1    endgaps=       yes
 
54
nsites: minsites=       10    maxsites=       10    wnsites=       0.8
 
55
theta:  prob=            1    spmap=         uni    spfuzz=        0.5
 
56
em:     prior=   dirichlet    b=            0.01    maxiter=        50
 
57
        distance=    1e-05
 
58
data:   n=            6125    N=              10
 
59
strands: + -
 
60
sample: seed=            0    seqfrac=         1
 
61
Letter frequencies in dataset:
 
62
A 0.296 C 0.204 G 0.204 T 0.296 
 
63
Background letter frequencies (from yeast.nc.1.freq):
 
64
A 0.324 C 0.176 G 0.176 T 0.324 
 
65
********************************************************************************
 
66
 
 
67
 
 
68
********************************************************************************
 
69
MOTIF  1        width =   20   sites =  10   llr = 225   E-value = 1.2e-031
 
70
********************************************************************************
 
71
--------------------------------------------------------------------------------
 
72
        Motif 1 Description
 
73
--------------------------------------------------------------------------------
 
74
Simplified        A  4a5::5:::5:1aa61:5:5
 
75
pos.-specific     C  6::::5:a::a::::5a:55
 
76
probability       G  ::2:a:a:a::9::44:55:
 
77
matrix            T  ::3a:::::5::::::::::
 
78
 
 
79
         bits    2.5     * *** *     *   
 
80
                 2.3     * *** *     *   
 
81
                 2.0     * *** **    *   
 
82
                 1.8     * *** **    *   
 
83
Information      1.5  * ** *** ****  * * 
 
84
content          1.3 ** ** *** ****  * * 
 
85
(32.4 bits)      1.0 ** ****** **********
 
86
                 0.8 ** ****** **********
 
87
                 0.5 ** *****************
 
88
                 0.3 ********************
 
89
                 0.0 --------------------
 
90
 
 
91
Multilevel           CAATGAGCGACGAAACCACA
 
92
consensus            A T  C   T    GG GGC
 
93
sequence               G                 
 
94
                                         
 
95
--------------------------------------------------------------------------------
 
96
 
 
97
--------------------------------------------------------------------------------
 
98
        Motif 1 sites sorted by position p-value
 
99
--------------------------------------------------------------------------------
 
100
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
101
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
102
WashU_Skud_Contig2069.5      +    371  4.19e-12 GGCCGCAGAC CAATGAGCGACGAAGGCGGC CTTTCGTAGC
 
103
MIT_Spar_c117_4603           +    369  4.19e-12 GGCCGCAGAC CAATGAGCGACGAAGGCGGC CTTTCCGAGT
 
104
SGD_Scer_YDR232W             +    374  4.19e-12 GGCCGCAGAC CAATGAGCGACGAAGGCGGC CTTTCCGAGC
 
105
MIT_Smik_c228_4055           +    371  6.28e-12 AAGCGCAGAC CAATGAGCGACGAAAGCGGC CTTTTGAAGG
 
106
SGD_Scer_YOR176W             +    554  3.36e-11 AGATCTTTCA CATTGCGCGTCGAAACCACA AACCGTCGAA
 
107
WashU_Sbay_Contig480.2       +    567  8.33e-11 AGATCTTTCG AAGTGCGCGTCGAAACCACA AACCATCAAA
 
108
WashU_Skud_Contig2050.4      +    562  8.33e-11 GGATCTTTCA AAGTGCGCGTCGAAACCACA AACCGTCGAA
 
109
WashU_Sbay_Contig461.5       +    368  8.75e-11 GGGCGCAGAC CAATGAGCGACGAAGACGGC TTTTGGGCGG
 
110
MIT_Spar_c278_20970          +    556  9.22e-11 AGATCTTTCG AATTGCGCGTCGAAACCACA AACCGTCGAA
 
111
MIT_Smik_c935_20455          +    540  3.96e-10 AGTTCTCTCC AATTGCGCGTCAAAACCACA AACCGTCGAA
 
112
--------------------------------------------------------------------------------
 
113
 
 
114
--------------------------------------------------------------------------------
 
115
        Motif 1 block diagrams
 
116
--------------------------------------------------------------------------------
 
117
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
118
-------------            ----------------  -------------
 
119
WashU_Skud_Contig2069.5           4.2e-12  370_[+1]_108
 
120
MIT_Spar_c117_4603                4.2e-12  368_[+1]_110
 
121
SGD_Scer_YDR232W                  4.2e-12  373_[+1]_105
 
122
MIT_Smik_c228_4055                6.3e-12  370_[+1]_108
 
123
SGD_Scer_YOR176W                  3.4e-11  553_[+1]_154
 
124
WashU_Sbay_Contig480.2            8.3e-11  566_[+1]_141
 
125
WashU_Skud_Contig2050.4           8.3e-11  561_[+1]_146
 
126
WashU_Sbay_Contig461.5            8.7e-11  367_[+1]_111
 
127
MIT_Spar_c278_20970               9.2e-11  555_[+1]_152
 
128
MIT_Smik_c935_20455                 4e-10  539_[+1]_168
 
129
--------------------------------------------------------------------------------
 
130
 
 
131
--------------------------------------------------------------------------------
 
132
        Motif 1 in BLOCKS format
 
133
--------------------------------------------------------------------------------
 
134
BL   MOTIF 1 width=20 seqs=10
 
135
WashU_Skud_Contig2069.5  (  371) CAATGAGCGACGAAGGCGGC  1 
 
136
MIT_Spar_c117_4603       (  369) CAATGAGCGACGAAGGCGGC  1 
 
137
SGD_Scer_YDR232W         (  374) CAATGAGCGACGAAGGCGGC  1 
 
138
MIT_Smik_c228_4055       (  371) CAATGAGCGACGAAAGCGGC  1 
 
139
SGD_Scer_YOR176W         (  554) CATTGCGCGTCGAAACCACA  1 
 
140
WashU_Sbay_Contig480.2   (  567) AAGTGCGCGTCGAAACCACA  1 
 
141
WashU_Skud_Contig2050.4  (  562) AAGTGCGCGTCGAAACCACA  1 
 
142
WashU_Sbay_Contig461.5   (  368) CAATGAGCGACGAAGACGGC  1 
 
143
MIT_Spar_c278_20970      (  556) AATTGCGCGTCGAAACCACA  1 
 
144
MIT_Smik_c935_20455      (  540) AATTGCGCGTCAAAACCACA  1 
 
145
//
 
146
 
 
147
--------------------------------------------------------------------------------
 
148
 
 
149
--------------------------------------------------------------------------------
 
150
        Motif 1 position-specific scoring matrix
 
151
--------------------------------------------------------------------------------
 
152
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 5935 bayes= 9.21067 E= 1.2e-031 
 
153
    30    177   -997   -997 
 
154
   162   -997   -997   -997 
 
155
    62   -997     19    -11 
 
156
  -997   -997   -997    162 
 
157
  -997   -997    251   -997 
 
158
    62    151   -997   -997 
 
159
  -997   -997    251   -997 
 
160
  -997    251   -997   -997 
 
161
  -997   -997    251   -997 
 
162
    62   -997   -997     62 
 
163
  -997    251   -997   -997 
 
164
  -169   -997    236   -997 
 
165
   162   -997   -997   -997 
 
166
   162   -997   -997   -997 
 
167
    89   -997    119   -997 
 
168
  -169    151    119   -997 
 
169
  -997    251   -997   -997 
 
170
    62   -997    151   -997 
 
171
  -997    151    151   -997 
 
172
    62    151   -997   -997 
 
173
--------------------------------------------------------------------------------
 
174
 
 
175
--------------------------------------------------------------------------------
 
176
        Motif 1 position-specific probability matrix
 
177
--------------------------------------------------------------------------------
 
178
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 10 E= 1.2e-031 
 
179
 0.400000  0.600000  0.000000  0.000000 
 
180
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
181
 0.500000  0.000000  0.200000  0.300000 
 
182
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
183
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
184
 0.500000  0.500000  0.000000  0.000000 
 
185
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
186
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
187
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
188
 0.500000  0.000000  0.000000  0.500000 
 
189
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
190
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
191
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
192
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
193
 0.600000  0.000000  0.400000  0.000000 
 
194
 0.100000  0.500000  0.400000  0.000000 
 
195
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
196
 0.500000  0.000000  0.500000  0.000000 
 
197
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
198
 0.500000  0.500000  0.000000  0.000000 
 
199
--------------------------------------------------------------------------------
 
200
 
 
201
--------------------------------------------------------------------------------
 
202
        Motif 1 regular expression
 
203
--------------------------------------------------------------------------------
 
204
[CA]A[ATG]TG[AC]GCG[AT]CGAA[AG][CG]C[AG][CG][AC]
 
205
--------------------------------------------------------------------------------
 
206
 
 
207
 
 
208
 
 
209
 
 
210
Time  3.95 secs.
 
211
 
 
212
********************************************************************************
 
213
 
 
214
 
 
215
********************************************************************************
 
216
MOTIF  2        width =   20   sites =  10   llr = 209   E-value = 9.7e-026
 
217
********************************************************************************
 
218
--------------------------------------------------------------------------------
 
219
        Motif 2 Description
 
220
--------------------------------------------------------------------------------
 
221
Simplified        A  ::2::::1:::::::::::9
 
222
pos.-specific     C  94:4:a6:3a:a41:a::9:
 
223
probability       G  1:5:4:4:6:1:1:3:::1:
 
224
matrix            T  :6366::91:9:597:aa:1
 
225
 
 
226
         bits    2.5      *   * *   *    
 
227
                 2.3      *   * *   *    
 
228
                 2.0 *    *   * *   *  * 
 
229
                 1.8 *    *   * *   *  * 
 
230
Information      1.5 *    **  * *   **** 
 
231
content          1.3 *    *** *** * *****
 
232
(30.1 bits)      1.0 ** ********* *******
 
233
                 0.8 ** *****************
 
234
                 0.5 ********************
 
235
                 0.3 ********************
 
236
                 0.0 --------------------
 
237
 
 
238
Multilevel           CTGTTCCTGCTCTTTCTTCA
 
239
consensus             CTCG G C   C G     
 
240
sequence               A                 
 
241
                                         
 
242
--------------------------------------------------------------------------------
 
243
 
 
244
--------------------------------------------------------------------------------
 
245
        Motif 2 sites sorted by position p-value
 
246
--------------------------------------------------------------------------------
 
247
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
248
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
249
MIT_Smik_c228_4055           +    312  4.12e-12 ATGAAAATTT CCGTTCCTGCTCTTTCTTCA TATATGAACA
 
250
SGD_Scer_YDR232W             +    315  4.12e-12 TGAAAAATTT CCGTTCCTGCTCTTTCTTCA TATATGAACA
 
251
MIT_Spar_c117_4603           +    310  6.47e-12 TGAAAAATTT CTGTTCCTGCTCTTTCTTCA TATATGAACA
 
252
WashU_Skud_Contig2069.5      +    313  8.03e-12 TGAAAAATTT CCGTTCCTGCTCTTGCTTCA TATATGACAA
 
253
MIT_Smik_c935_20455          +    154  7.23e-11 CAAAAGACTC CTTCGCGTCCTCCTTCTTCA AGTCTCATAT
 
254
MIT_Spar_c278_20970          +    159  7.23e-11 AAAAGTATTC CTTCGCGTCCTCCTTCTTCA ATCCCATATC
 
255
SGD_Scer_YOR176W             +    157  7.23e-11 AAAAGTATTC CTTCGCGTCCTCCTTCTTCA ATCCCATATC
 
256
WashU_Sbay_Contig461.5       +    308  1.78e-10 TGAAAAATCT CCGTTCCTGCTCTTGCTTGA TATATTAACA
 
257
WashU_Sbay_Contig480.2       +    207  1.47e-09 AGAAGTATTC CTACGCGAGCTCCCTCTTCA AGTGCCAAAT
 
258
WashU_Skud_Contig2050.4      +    157  2.43e-08 ACCAAAAGAA GTATTCCTTCGCGTGCTTCT CCTTTCTGTG
 
259
--------------------------------------------------------------------------------
 
260
 
 
261
--------------------------------------------------------------------------------
 
262
        Motif 2 block diagrams
 
263
--------------------------------------------------------------------------------
 
264
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
265
-------------            ----------------  -------------
 
266
MIT_Smik_c228_4055                4.1e-12  311_[+2]_167
 
267
SGD_Scer_YDR232W                  4.1e-12  314_[+2]_164
 
268
MIT_Spar_c117_4603                6.5e-12  309_[+2]_169
 
269
WashU_Skud_Contig2069.5             8e-12  312_[+2]_166
 
270
MIT_Smik_c935_20455               7.2e-11  153_[+2]_554
 
271
MIT_Spar_c278_20970               7.2e-11  158_[+2]_549
 
272
SGD_Scer_YOR176W                  7.2e-11  156_[+2]_551
 
273
WashU_Sbay_Contig461.5            1.8e-10  307_[+2]_171
 
274
WashU_Sbay_Contig480.2            1.5e-09  206_[+2]_501
 
275
WashU_Skud_Contig2050.4           2.4e-08  156_[+2]_551
 
276
--------------------------------------------------------------------------------
 
277
 
 
278
--------------------------------------------------------------------------------
 
279
        Motif 2 in BLOCKS format
 
280
--------------------------------------------------------------------------------
 
281
BL   MOTIF 2 width=20 seqs=10
 
282
MIT_Smik_c228_4055       (  312) CCGTTCCTGCTCTTTCTTCA  1 
 
283
SGD_Scer_YDR232W         (  315) CCGTTCCTGCTCTTTCTTCA  1 
 
284
MIT_Spar_c117_4603       (  310) CTGTTCCTGCTCTTTCTTCA  1 
 
285
WashU_Skud_Contig2069.5  (  313) CCGTTCCTGCTCTTGCTTCA  1 
 
286
MIT_Smik_c935_20455      (  154) CTTCGCGTCCTCCTTCTTCA  1 
 
287
MIT_Spar_c278_20970      (  159) CTTCGCGTCCTCCTTCTTCA  1 
 
288
SGD_Scer_YOR176W         (  157) CTTCGCGTCCTCCTTCTTCA  1 
 
289
WashU_Sbay_Contig461.5   (  308) CCGTTCCTGCTCTTGCTTGA  1 
 
290
WashU_Sbay_Contig480.2   (  207) CTACGCGAGCTCCCTCTTCA  1 
 
291
WashU_Skud_Contig2050.4  (  157) GTATTCCTTCGCGTGCTTCT  1 
 
292
//
 
293
 
 
294
--------------------------------------------------------------------------------
 
295
 
 
296
--------------------------------------------------------------------------------
 
297
        Motif 2 position-specific scoring matrix
 
298
--------------------------------------------------------------------------------
 
299
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 5935 bayes= 9.21067 E= 9.7e-026 
 
300
  -997    236    -81   -997 
 
301
  -997    119   -997     89 
 
302
   -70   -997    151    -11 
 
303
  -997    119   -997     89 
 
304
  -997   -997    119     89 
 
305
  -997    251   -997   -997 
 
306
  -997    177    119   -997 
 
307
  -169   -997   -997    147 
 
308
  -997     77    177   -169 
 
309
  -997    251   -997   -997 
 
310
  -997   -997    -81    147 
 
311
  -997    251   -997   -997 
 
312
  -997    119    -81     62 
 
313
  -997    -81   -997    147 
 
314
  -997   -997     77    111 
 
315
  -997    251   -997   -997 
 
316
  -997   -997   -997    162 
 
317
  -997   -997   -997    162 
 
318
  -997    236    -81   -997 
 
319
   147   -997   -997   -169 
 
320
--------------------------------------------------------------------------------
 
321
 
 
322
--------------------------------------------------------------------------------
 
323
        Motif 2 position-specific probability matrix
 
324
--------------------------------------------------------------------------------
 
325
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 10 E= 9.7e-026 
 
326
 0.000000  0.900000  0.100000  0.000000 
 
327
 0.000000  0.400000  0.000000  0.600000 
 
328
 0.200000  0.000000  0.500000  0.300000 
 
329
 0.000000  0.400000  0.000000  0.600000 
 
330
 0.000000  0.000000  0.400000  0.600000 
 
331
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
332
 0.000000  0.600000  0.400000  0.000000 
 
333
 0.100000  0.000000  0.000000  0.900000 
 
334
 0.000000  0.300000  0.600000  0.100000 
 
335
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
336
 0.000000  0.000000  0.100000  0.900000 
 
337
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
338
 0.000000  0.400000  0.100000  0.500000 
 
339
 0.000000  0.100000  0.000000  0.900000 
 
340
 0.000000  0.000000  0.300000  0.700000 
 
341
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
342
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
343
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
344
 0.000000  0.900000  0.100000  0.000000 
 
345
 0.900000  0.000000  0.000000  0.100000 
 
346
--------------------------------------------------------------------------------
 
347
 
 
348
--------------------------------------------------------------------------------
 
349
        Motif 2 regular expression
 
350
--------------------------------------------------------------------------------
 
351
C[TC][GTA][TC][TG]C[CG]T[GC]CTC[TC]T[TG]CTTCA
 
352
--------------------------------------------------------------------------------
 
353
 
 
354
 
 
355
 
 
356
 
 
357
Time  7.93 secs.
 
358
 
 
359
********************************************************************************
 
360
 
 
361
 
 
362
********************************************************************************
 
363
MOTIF  3        width =   20   sites =  10   llr = 194   E-value = 5.5e-020
 
364
********************************************************************************
 
365
--------------------------------------------------------------------------------
 
366
        Motif 3 Description
 
367
--------------------------------------------------------------------------------
 
368
Simplified        A  :1:3::111:1:11:91:::
 
369
pos.-specific     C  122:6661:9::1::1:8::
 
370
probability       G  :::7::3:91:a:3a:9::7
 
371
matrix            T  978:44:8::9:86:::2a3
 
372
 
 
373
         bits    2.5            *  *     
 
374
                 2.3            *  *     
 
375
                 2.0         ** *  * *   
 
376
                 1.8         ** *  * *   
 
377
Information      1.5         ** *  * *** 
 
378
content          1.3 *  ***  ****  ******
 
379
(28.0 bits)      1.0 * ***** ****  ******
 
380
                 0.8 ************* ******
 
381
                 0.5 ********************
 
382
                 0.3 ********************
 
383
                 0.0 --------------------
 
384
 
 
385
Multilevel           TTTGCCCTGCTGTTGAGCTG
 
386
consensus             CCATTG      G   T T
 
387
sequence                                 
 
388
                                         
 
389
--------------------------------------------------------------------------------
 
390
 
 
391
--------------------------------------------------------------------------------
 
392
        Motif 3 sites sorted by position p-value
 
393
--------------------------------------------------------------------------------
 
394
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
395
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
396
MIT_Spar_c278_20970          +    497  1.95e-13 TTTAGCTTTT TTTGCCCTGCTGTTGAGCTG TTTTGCTTCA
 
397
MIT_Smik_c935_20455          +    481  1.64e-12 TTCAGCTTTT TTTGCTCTGCTGTTGAGCTG TTTTACTTCA
 
398
SGD_Scer_YOR176W             +    495  1.64e-12 TTTAGCTTTT TTTGTCCTGCTGTTGAGCTG TTTTGCTTTA
 
399
WashU_Sbay_Contig480.2       +    507  8.61e-12 TTAGCTGTTT TTTGTTCTGCTGTTGAGCTG TTTTGCTCCA
 
400
WashU_Skud_Contig2050.4      +    498  8.61e-12 TCAGCTGTTT TTTGTTCTGCTGTTGAGCTG TTTTGTTCCA
 
401
MIT_Spar_c117_4603           -    457  3.51e-09 ACTGCAATGC TTCACCGTGCTGTGGAACTT GATATAGTGG
 
402
WashU_Sbay_Contig461.5       -    260  8.74e-09 TGCCCATTGT TCTGTCCCGGTGCTGCGCTG TTGGAACCAC
 
403
SGD_Scer_YDR232W             -    465  2.27e-08 ACTACAATGC TTTACCGAGCAGTGGAGTTT GATATAGTGG
 
404
WashU_Skud_Contig2069.5      -    460  2.39e-08 GCTGTAATGG CCTACCATGCTGAAGAGCTG ATATAGTGGT
 
405
MIT_Smik_c228_4055           -    459  3.73e-08 ACAGCAATGT TACGCTGTACTGTGGAGTTT GATATAATGC
 
406
--------------------------------------------------------------------------------
 
407
 
 
408
--------------------------------------------------------------------------------
 
409
        Motif 3 block diagrams
 
410
--------------------------------------------------------------------------------
 
411
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
412
-------------            ----------------  -------------
 
413
MIT_Spar_c278_20970               1.9e-13  496_[+3]_211
 
414
MIT_Smik_c935_20455               1.6e-12  480_[+3]_227
 
415
SGD_Scer_YOR176W                  1.6e-12  494_[+3]_213
 
416
WashU_Sbay_Contig480.2            8.6e-12  506_[+3]_201
 
417
WashU_Skud_Contig2050.4           8.6e-12  497_[+3]_210
 
418
MIT_Spar_c117_4603                3.5e-09  456_[-3]_22
 
419
WashU_Sbay_Contig461.5            8.7e-09  259_[-3]_219
 
420
SGD_Scer_YDR232W                  2.3e-08  464_[-3]_14
 
421
WashU_Skud_Contig2069.5           2.4e-08  459_[-3]_19
 
422
MIT_Smik_c228_4055                3.7e-08  458_[-3]_20
 
423
--------------------------------------------------------------------------------
 
424
 
 
425
--------------------------------------------------------------------------------
 
426
        Motif 3 in BLOCKS format
 
427
--------------------------------------------------------------------------------
 
428
BL   MOTIF 3 width=20 seqs=10
 
429
MIT_Spar_c278_20970      (  497) TTTGCCCTGCTGTTGAGCTG  1 
 
430
MIT_Smik_c935_20455      (  481) TTTGCTCTGCTGTTGAGCTG  1 
 
431
SGD_Scer_YOR176W         (  495) TTTGTCCTGCTGTTGAGCTG  1 
 
432
WashU_Sbay_Contig480.2   (  507) TTTGTTCTGCTGTTGAGCTG  1 
 
433
WashU_Skud_Contig2050.4  (  498) TTTGTTCTGCTGTTGAGCTG  1 
 
434
MIT_Spar_c117_4603       (  457) TTCACCGTGCTGTGGAACTT  1 
 
435
WashU_Sbay_Contig461.5   (  260) TCTGTCCCGGTGCTGCGCTG  1 
 
436
SGD_Scer_YDR232W         (  465) TTTACCGAGCAGTGGAGTTT  1 
 
437
WashU_Skud_Contig2069.5  (  460) CCTACCATGCTGAAGAGCTG  1 
 
438
MIT_Smik_c228_4055       (  459) TACGCTGTACTGTGGAGTTT  1 
 
439
//
 
440
 
 
441
--------------------------------------------------------------------------------
 
442
 
 
443
--------------------------------------------------------------------------------
 
444
        Motif 3 position-specific scoring matrix
 
445
--------------------------------------------------------------------------------
 
446
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 5935 bayes= 9.21067 E= 5.5e-020 
 
447
  -997    -81   -997    147 
 
448
  -169     19   -997    111 
 
449
  -997     19   -997    130 
 
450
   -11   -997    199   -997 
 
451
  -997    177   -997     30 
 
452
  -997    177   -997     30 
 
453
  -169    177     77   -997 
 
454
  -169    -81   -997    130 
 
455
  -169   -997    236   -997 
 
456
  -997    236    -81   -997 
 
457
  -169   -997   -997    147 
 
458
  -997   -997    251   -997 
 
459
  -169    -81   -997    130 
 
460
  -169   -997     77     89 
 
461
  -997   -997    251   -997 
 
462
   147    -81   -997   -997 
 
463
  -169   -997    236   -997 
 
464
  -997    219   -997    -70 
 
465
  -997   -997   -997    162 
 
466
  -997   -997    199    -11 
 
467
--------------------------------------------------------------------------------
 
468
 
 
469
--------------------------------------------------------------------------------
 
470
        Motif 3 position-specific probability matrix
 
471
--------------------------------------------------------------------------------
 
472
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 10 E= 5.5e-020 
 
473
 0.000000  0.100000  0.000000  0.900000 
 
474
 0.100000  0.200000  0.000000  0.700000 
 
475
 0.000000  0.200000  0.000000  0.800000 
 
476
 0.300000  0.000000  0.700000  0.000000 
 
477
 0.000000  0.600000  0.000000  0.400000 
 
478
 0.000000  0.600000  0.000000  0.400000 
 
479
 0.100000  0.600000  0.300000  0.000000 
 
480
 0.100000  0.100000  0.000000  0.800000 
 
481
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
482
 0.000000  0.900000  0.100000  0.000000 
 
483
 0.100000  0.000000  0.000000  0.900000 
 
484
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
485
 0.100000  0.100000  0.000000  0.800000 
 
486
 0.100000  0.000000  0.300000  0.600000 
 
487
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
488
 0.900000  0.100000  0.000000  0.000000 
 
489
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
490
 0.000000  0.800000  0.000000  0.200000 
 
491
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
492
 0.000000  0.000000  0.700000  0.300000 
 
493
--------------------------------------------------------------------------------
 
494
 
 
495
--------------------------------------------------------------------------------
 
496
        Motif 3 regular expression
 
497
--------------------------------------------------------------------------------
 
498
T[TC][TC][GA][CT][CT][CG]TGCTGT[TG]GAG[CT]T[GT]
 
499
--------------------------------------------------------------------------------
 
500
 
 
501
 
 
502
 
 
503
 
 
504
Time 11.72 secs.
 
505
 
 
506
********************************************************************************
 
507
 
 
508
 
 
509
********************************************************************************
 
510
MOTIF  4        width =   20   sites =  10   llr = 192   E-value = 5.7e-019
 
511
********************************************************************************
 
512
--------------------------------------------------------------------------------
 
513
        Motif 4 Description
 
514
--------------------------------------------------------------------------------
 
515
Simplified        A  :1:19421:1::::1:5:9:
 
516
pos.-specific     C  :::9:1621:5a3::a58::
 
517
probability       G  :1::::2219::::9:::1:
 
518
matrix            T  a8a:15:58:5:7a:::2:a
 
519
 
 
520
         bits    2.5            *   *    
 
521
                 2.3            *   *    
 
522
                 2.0    *     * *  **    
 
523
                 1.8    *     * *  **    
 
524
Information      1.5 * **     * * *** * *
 
525
content          1.3 * ***    * * *** ***
 
526
(27.7 bits)      1.0 * *** * ************
 
527
                 0.8 ***** * ************
 
528
                 0.5 ***** * ************
 
529
                 0.3 ********************
 
530
                 0.0 --------------------
 
531
 
 
532
Multilevel           TTTCATCTTGCCTTGCACAT
 
533
consensus                 AAC  T C   CT  
 
534
sequence                   GG            
 
535
                                         
 
536
--------------------------------------------------------------------------------
 
537
 
 
538
--------------------------------------------------------------------------------
 
539
        Motif 4 sites sorted by position p-value
 
540
--------------------------------------------------------------------------------
 
541
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
542
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
543
WashU_Sbay_Contig461.5       -    283  6.64e-13 AACGGAGATT TTTCATCTTGCCTTGCCCAT TGTTCTGTCC
 
544
MIT_Smik_c228_4055           -    288  6.64e-13 GAACGGAAAT TTTCATCTTGCCTTGCCCAT TGTTCTAATT
 
545
MIT_Spar_c117_4603           -    285  6.64e-13 AACAGAAATT TTTCATCTTGCCTTGCCCAT TGTTCTGACC
 
546
SGD_Scer_YDR232W             -    290  6.64e-13 AACGGAAATT TTTCATCTTGCCTTGCCCAT TGTTCTGATC
 
547
WashU_Skud_Contig2069.5      -    288  1.75e-10 AACGGAAATT TTTCACATTGCCTTGCCCAT TGTTCCGATC
 
548
MIT_Spar_c278_20970          +    302  3.17e-10 AGTAGAGATA TTTCAAGCTGTCCTGCACAT GCTACATATT
 
549
MIT_Smik_c935_20455          +    298  3.30e-09 AATAAAGAAG TTTCAACGTGTCCTGCATGT TCTACAAATT
 
550
WashU_Skud_Contig2050.4      +    308  1.63e-08 ATAATTAAAA TGTCTTCAGGTCTTGCACAT ACTCCTACAT
 
551
SGD_Scer_YOR176W             +    301  5.38e-08 AGCGGAGATG TTTCAAGGCATCCTACACAT GCTACATATT
 
552
WashU_Sbay_Contig480.2       +    345  5.53e-08 GAAAGATGTT TATAAAACTGTCTTGCATAT GCTCTATTTA
 
553
--------------------------------------------------------------------------------
 
554
 
 
555
--------------------------------------------------------------------------------
 
556
        Motif 4 block diagrams
 
557
--------------------------------------------------------------------------------
 
558
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
559
-------------            ----------------  -------------
 
560
WashU_Sbay_Contig461.5            6.6e-13  282_[-4]_196
 
561
MIT_Smik_c228_4055                6.6e-13  287_[-4]_191
 
562
MIT_Spar_c117_4603                6.6e-13  284_[-4]_194
 
563
SGD_Scer_YDR232W                  6.6e-13  289_[-4]_189
 
564
WashU_Skud_Contig2069.5           1.7e-10  287_[-4]_191
 
565
MIT_Spar_c278_20970               3.2e-10  301_[+4]_406
 
566
MIT_Smik_c935_20455               3.3e-09  297_[+4]_410
 
567
WashU_Skud_Contig2050.4           1.6e-08  307_[+4]_400
 
568
SGD_Scer_YOR176W                  5.4e-08  300_[+4]_407
 
569
WashU_Sbay_Contig480.2            5.5e-08  344_[+4]_363
 
570
--------------------------------------------------------------------------------
 
571
 
 
572
--------------------------------------------------------------------------------
 
573
        Motif 4 in BLOCKS format
 
574
--------------------------------------------------------------------------------
 
575
BL   MOTIF 4 width=20 seqs=10
 
576
WashU_Sbay_Contig461.5   (  283) TTTCATCTTGCCTTGCCCAT  1 
 
577
MIT_Smik_c228_4055       (  288) TTTCATCTTGCCTTGCCCAT  1 
 
578
MIT_Spar_c117_4603       (  285) TTTCATCTTGCCTTGCCCAT  1 
 
579
SGD_Scer_YDR232W         (  290) TTTCATCTTGCCTTGCCCAT  1 
 
580
WashU_Skud_Contig2069.5  (  288) TTTCACATTGCCTTGCCCAT  1 
 
581
MIT_Spar_c278_20970      (  302) TTTCAAGCTGTCCTGCACAT  1 
 
582
MIT_Smik_c935_20455      (  298) TTTCAACGTGTCCTGCATGT  1 
 
583
WashU_Skud_Contig2050.4  (  308) TGTCTTCAGGTCTTGCACAT  1 
 
584
SGD_Scer_YOR176W         (  301) TTTCAAGGCATCCTACACAT  1 
 
585
WashU_Sbay_Contig480.2   (  345) TATAAAACTGTCTTGCATAT  1 
 
586
//
 
587
 
 
588
--------------------------------------------------------------------------------
 
589
 
 
590
--------------------------------------------------------------------------------
 
591
        Motif 4 position-specific scoring matrix
 
592
--------------------------------------------------------------------------------
 
593
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 5935 bayes= 9.21067 E= 5.7e-019 
 
594
  -997   -997   -997    162 
 
595
  -169   -997    -81    130 
 
596
  -997   -997   -997    162 
 
597
  -169    236   -997   -997 
 
598
   147   -997   -997   -169 
 
599
    30    -81   -997     62 
 
600
   -70    177     19   -997 
 
601
  -169     19     19     62 
 
602
  -997    -81    -81    130 
 
603
  -169   -997    236   -997 
 
604
  -997    151   -997     62 
 
605
  -997    251   -997   -997 
 
606
  -997     77   -997    111 
 
607
  -997   -997   -997    162 
 
608
  -169   -997    236   -997 
 
609
  -997    251   -997   -997 
 
610
    62    151   -997   -997 
 
611
  -997    219   -997    -70 
 
612
   147   -997    -81   -997 
 
613
  -997   -997   -997    162 
 
614
--------------------------------------------------------------------------------
 
615
 
 
616
--------------------------------------------------------------------------------
 
617
        Motif 4 position-specific probability matrix
 
618
--------------------------------------------------------------------------------
 
619
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 10 E= 5.7e-019 
 
620
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
621
 0.100000  0.000000  0.100000  0.800000 
 
622
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
623
 0.100000  0.900000  0.000000  0.000000 
 
624
 0.900000  0.000000  0.000000  0.100000 
 
625
 0.400000  0.100000  0.000000  0.500000 
 
626
 0.200000  0.600000  0.200000  0.000000 
 
627
 0.100000  0.200000  0.200000  0.500000 
 
628
 0.000000  0.100000  0.100000  0.800000 
 
629
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
630
 0.000000  0.500000  0.000000  0.500000 
 
631
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
632
 0.000000  0.300000  0.000000  0.700000 
 
633
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
634
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
635
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
636
 0.500000  0.500000  0.000000  0.000000 
 
637
 0.000000  0.800000  0.000000  0.200000 
 
638
 0.900000  0.000000  0.100000  0.000000 
 
639
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
640
--------------------------------------------------------------------------------
 
641
 
 
642
--------------------------------------------------------------------------------
 
643
        Motif 4 regular expression
 
644
--------------------------------------------------------------------------------
 
645
TTTCA[TA][CAG][TCG]TG[CT]C[TC]TGC[AC][CT]AT
 
646
--------------------------------------------------------------------------------
 
647
 
 
648
 
 
649
 
 
650
 
 
651
Time 15.38 secs.
 
652
 
 
653
********************************************************************************
 
654
 
 
655
 
 
656
********************************************************************************
 
657
MOTIF  5        width =   20   sites =  10   llr = 188   E-value = 9.3e-018
 
658
********************************************************************************
 
659
--------------------------------------------------------------------------------
 
660
        Motif 5 Description
 
661
--------------------------------------------------------------------------------
 
662
Simplified        A  216895a11:3::::13:11
 
663
pos.-specific     C  6931:2::5:678:7::69:
 
664
probability       G  1:1:13:91a::17:972:9
 
665
matrix            T  1::1::::3:13133::2::
 
666
 
 
667
         bits    2.5          *          
 
668
                 2.3          *          
 
669
                 2.0  *     * *     *  **
 
670
                 1.8  *     * *     *  **
 
671
Information      1.5  *    ** *  *  *  **
 
672
content          1.3  *  * ** * ****** **
 
673
(27.1 bits)      1.0  *  * ** * *********
 
674
                 0.8 ***** ** ***********
 
675
                 0.5 ********************
 
676
                 0.3 ********************
 
677
                 0.0 --------------------
 
678
 
 
679
Multilevel           CCAAAAAGCGCCCGCGGCCG
 
680
consensus            A C  G  T AT TT AG  
 
681
sequence                  C           T  
 
682
                                         
 
683
--------------------------------------------------------------------------------
 
684
 
 
685
--------------------------------------------------------------------------------
 
686
        Motif 5 sites sorted by position p-value
 
687
--------------------------------------------------------------------------------
 
688
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
689
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
690
MIT_Spar_c117_4603           +    344  3.06e-14 TGAACAATGA CCAAAAAGCGCCCGCGGCCG CAGACCAATG
 
691
SGD_Scer_YDR232W             +    349  3.06e-14 TGAACAATGA CCAAAAAGCGCCCGCGGCCG CAGACCAATG
 
692
WashU_Skud_Contig2069.5      +    346  1.65e-12 ATGACAATGA CCAAAAAGCGTCCGCGGCCG CAGACCAATG
 
693
MIT_Smik_c228_4055           +    346  1.43e-10 TGAACAATGA CCAAAAAGCGCCCGCAAGCG CAGACCAATG
 
694
MIT_Spar_c278_20970          +    126  3.60e-09 TTGGTGCCAA ACCAAGAGTGACCTTGACCG ACTAAAAGTA
 
695
SGD_Scer_YOR176W             +    124  3.90e-09 TTGGTGTCAA GCCAAGAGTGACCTTGACCG ACCAAAAGTA
 
696
WashU_Sbay_Contig461.5       +    343  4.91e-09 TAACAATGAC CAAAAAAACGCCGGCGGGCG CAGACCAATG
 
697
MIT_Smik_c935_20455          +    122  5.29e-09 TAATGATCAG ACCAACAGTGATCTTGGCCG ACCAAAAGAC
 
698
WashU_Skud_Contig2050.4      +    242  1.18e-07 TTCTCCTTCG TCGCAGAGAGCTCGCGGTAG CATTTCATTG
 
699
WashU_Sbay_Contig480.2       +    282  2.27e-07 ATGCCTCTCG CCATGCAGGGCTTGCGGTCA TGTTTTCTAC
 
700
--------------------------------------------------------------------------------
 
701
 
 
702
--------------------------------------------------------------------------------
 
703
        Motif 5 block diagrams
 
704
--------------------------------------------------------------------------------
 
705
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
706
-------------            ----------------  -------------
 
707
MIT_Spar_c117_4603                3.1e-14  343_[+5]_135
 
708
SGD_Scer_YDR232W                  3.1e-14  348_[+5]_130
 
709
WashU_Skud_Contig2069.5           1.6e-12  345_[+5]_133
 
710
MIT_Smik_c228_4055                1.4e-10  345_[+5]_133
 
711
MIT_Spar_c278_20970               3.6e-09  125_[+5]_582
 
712
SGD_Scer_YOR176W                  3.9e-09  123_[+5]_584
 
713
WashU_Sbay_Contig461.5            4.9e-09  342_[+5]_136
 
714
MIT_Smik_c935_20455               5.3e-09  121_[+5]_586
 
715
WashU_Skud_Contig2050.4           1.2e-07  241_[+5]_466
 
716
WashU_Sbay_Contig480.2            2.3e-07  281_[+5]_426
 
717
--------------------------------------------------------------------------------
 
718
 
 
719
--------------------------------------------------------------------------------
 
720
        Motif 5 in BLOCKS format
 
721
--------------------------------------------------------------------------------
 
722
BL   MOTIF 5 width=20 seqs=10
 
723
MIT_Spar_c117_4603       (  344) CCAAAAAGCGCCCGCGGCCG  1 
 
724
SGD_Scer_YDR232W         (  349) CCAAAAAGCGCCCGCGGCCG  1 
 
725
WashU_Skud_Contig2069.5  (  346) CCAAAAAGCGTCCGCGGCCG  1 
 
726
MIT_Smik_c228_4055       (  346) CCAAAAAGCGCCCGCAAGCG  1 
 
727
MIT_Spar_c278_20970      (  126) ACCAAGAGTGACCTTGACCG  1 
 
728
SGD_Scer_YOR176W         (  124) GCCAAGAGTGACCTTGACCG  1 
 
729
WashU_Sbay_Contig461.5   (  343) CAAAAAAACGCCGGCGGGCG  1 
 
730
MIT_Smik_c935_20455      (  122) ACCAACAGTGATCTTGGCCG  1 
 
731
WashU_Skud_Contig2050.4  (  242) TCGCAGAGAGCTCGCGGTAG  1 
 
732
WashU_Sbay_Contig480.2   (  282) CCATGCAGGGCTTGCGGTCA  1 
 
733
//
 
734
 
 
735
--------------------------------------------------------------------------------
 
736
 
 
737
--------------------------------------------------------------------------------
 
738
        Motif 5 position-specific scoring matrix
 
739
--------------------------------------------------------------------------------
 
740
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 5935 bayes= 9.21067 E= 9.3e-018 
 
741
   -70    177    -81   -169 
 
742
  -169    236   -997   -997 
 
743
    89     77    -81   -997 
 
744
   130    -81   -997   -169 
 
745
   147   -997    -81   -997 
 
746
    62     19     77   -997 
 
747
   162   -997   -997   -997 
 
748
  -169   -997    236   -997 
 
749
  -169    151    -81    -11 
 
750
  -997   -997    251   -997 
 
751
   -11    177   -997   -169 
 
752
  -997    199   -997    -11 
 
753
  -997    219    -81   -169 
 
754
  -997   -997    199    -11 
 
755
  -997    199   -997    -11 
 
756
  -169   -997    236   -997 
 
757
   -11   -997    199   -997 
 
758
  -997    177     19    -70 
 
759
  -169    236   -997   -997 
 
760
  -169   -997    236   -997 
 
761
--------------------------------------------------------------------------------
 
762
 
 
763
--------------------------------------------------------------------------------
 
764
        Motif 5 position-specific probability matrix
 
765
--------------------------------------------------------------------------------
 
766
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 10 E= 9.3e-018 
 
767
 0.200000  0.600000  0.100000  0.100000 
 
768
 0.100000  0.900000  0.000000  0.000000 
 
769
 0.600000  0.300000  0.100000  0.000000 
 
770
 0.800000  0.100000  0.000000  0.100000 
 
771
 0.900000  0.000000  0.100000  0.000000 
 
772
 0.500000  0.200000  0.300000  0.000000 
 
773
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
774
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
775
 0.100000  0.500000  0.100000  0.300000 
 
776
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
777
 0.300000  0.600000  0.000000  0.100000 
 
778
 0.000000  0.700000  0.000000  0.300000 
 
779
 0.000000  0.800000  0.100000  0.100000 
 
780
 0.000000  0.000000  0.700000  0.300000 
 
781
 0.000000  0.700000  0.000000  0.300000 
 
782
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
783
 0.300000  0.000000  0.700000  0.000000 
 
784
 0.000000  0.600000  0.200000  0.200000 
 
785
 0.100000  0.900000  0.000000  0.000000 
 
786
 0.100000  0.000000  0.900000  0.000000 
 
787
--------------------------------------------------------------------------------
 
788
 
 
789
--------------------------------------------------------------------------------
 
790
        Motif 5 regular expression
 
791
--------------------------------------------------------------------------------
 
792
[CA]C[AC]AA[AGC]AG[CT]G[CA][CT]C[GT][CT]G[GA][CGT]CG
 
793
--------------------------------------------------------------------------------
 
794
 
 
795
 
 
796
 
 
797
 
 
798
Time 18.95 secs.
 
799
 
 
800
********************************************************************************
 
801
 
 
802
 
 
803
********************************************************************************
 
804
SUMMARY OF MOTIFS
 
805
********************************************************************************
 
806
 
 
807
--------------------------------------------------------------------------------
 
808
        Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001
 
809
--------------------------------------------------------------------------------
 
810
SEQUENCE NAME            COMBINED P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
811
-------------            ----------------  -------------
 
812
SGD_Scer_YDR232W                 2.26e-35  131_[-2(4.87e-05)]_138_[-4(6.64e-13)]_5_[+2(4.12e-12)]_14_[+5(3.06e-14)]_5_[+1(4.19e-12)]_71_[-3(2.27e-08)]_14
 
813
MIT_Spar_c117_4603               5.83e-36  284_[-4(6.64e-13)]_5_[+2(6.47e-12)]_14_[+5(3.06e-14)]_5_[+1(4.19e-12)]_68_[-3(3.51e-09)]_22
 
814
MIT_Smik_c228_4055               1.73e-31  287_[-4(6.64e-13)]_4_[+2(4.12e-12)]_14_[+5(1.43e-10)]_5_[+1(6.28e-12)]_68_[-3(3.73e-08)]_20
 
815
WashU_Skud_Contig2069.5          4.17e-31  264_[-3(3.20e-06)]_3_[-4(1.75e-10)]_5_[+2(8.03e-12)]_13_[+5(1.65e-12)]_5_[+1(4.19e-12)]_69_[-3(2.39e-08)]_19
 
816
WashU_Sbay_Contig461.5           5.52e-28  168_[+1(4.58e-05)]_71_[-3(8.74e-09)]_3_[-4(6.64e-13)]_5_[+2(1.78e-10)]_15_[+5(4.91e-09)]_5_[+1(8.75e-11)]_111
 
817
SGD_Scer_YOR176W                 6.45e-27  123_[+5(3.90e-09)]_13_[+2(7.23e-11)]_124_[+4(5.38e-08)]_81_[+3(6.18e-05)]_73_[+3(1.64e-12)]_39_[+1(3.36e-11)]_80_[-2(1.18e-05)]_54
 
818
MIT_Spar_c278_20970              1.57e-29  125_[+5(3.60e-09)]_13_[+2(7.23e-11)]_123_[+4(3.17e-10)]_83_[+3(6.18e-05)]_72_[+3(1.95e-13)]_39_[+1(9.22e-11)]_128_[+3(8.37e-05)]_4
 
819
MIT_Smik_c935_20455              6.31e-27  121_[+5(5.29e-09)]_12_[+2(7.23e-11)]_18_[-2(1.21e-05)]_86_[+4(3.30e-09)]_163_[+3(1.64e-12)]_39_[+1(3.96e-10)]_168
 
820
WashU_Skud_Contig2050.4          1.40e-22  67_[-1(8.16e-05)]_4_[-2(9.76e-05)]_15_[+5(6.67e-06)]_10_[+2(2.43e-08)]_65_[+5(1.18e-07)]_46_[+4(1.63e-08)]_170_[+3(8.61e-12)]_44_[+1(8.33e-11)]_146
 
821
WashU_Sbay_Contig480.2           5.90e-23  29_[-5(7.21e-05)]_121_[+5(9.26e-05)]_16_[+2(1.47e-09)]_55_[+5(2.27e-07)]_43_[+4(5.53e-08)]_142_[+3(8.61e-12)]_11_[-3(9.47e-05)]_9_[+1(8.33e-11)]_42_[-2(6.80e-06)]_14_[-4(5.59e-06)]_45
 
822
--------------------------------------------------------------------------------
 
823
 
 
824
********************************************************************************
 
825
 
 
826
 
 
827
********************************************************************************
 
828
Stopped because nmotifs = 5 reached.
 
829
********************************************************************************
 
830
 
 
831
CPU: dhn02990.mrc-dunn.cam.ac.uk
 
832
 
 
833
********************************************************************************