← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/RepeatMasker.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/RepeatMasker.t
1
 
# -*-Perl-*-
2
 
## Bioperl Test Harness Script for Modules
3
 
 
4
 
 
5
 
use strict;
6
 
BEGIN {
7
 
    eval { require Test; };
8
 
    if( $@ ) {
9
 
        use lib 't';
10
 
    }
11
 
    use Test;
12
 
    use vars qw($NTESTS);
13
 
    $NTESTS = 13;
14
 
    plan tests => $NTESTS;
15
 
}
16
 
use Bio::Tools::RepeatMasker;
17
 
use Bio::SeqIO;
18
 
 
19
 
END {
20
 
    for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
21
 
        skip("Cannot complete RepeatMasker tests",1);
22
 
    }
23
 
}
24
 
 
25
 
my $inputfilename= Bio::Root::IO->catfile("t","data","repeatmasker.fa.out");
26
 
my $parser = Bio::Tools::RepeatMasker->new(-file => $inputfilename);
27
 
my $i = 0;
28
 
while (my $rpt = $parser->next_result){
29
 
    unless( $i++ ) {
30
 
        ok ($rpt->feature1->seq_id, "contig11600");
31
 
        ok ($rpt->feature1->start, 1337);
32
 
        ok ($rpt->feature1->end, 1407);
33
 
        ok ($rpt->feature1->strand, 1);
34
 
        ok ($rpt->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
35
 
        ok ($rpt->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
36
 
        ok (scalar $rpt->feature1->get_tag_values('Target'), 3);
37
 
 
38
 
        ok ($rpt->feature2->seq_id, "(TTAGGG)n");
39
 
        ok ($rpt->feature2->start, 2);
40
 
        ok ($rpt->feature2->end, 76);
41
 
        ok ($rpt->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
42
 
        ok ($rpt->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
43
 
        ok (scalar $rpt->feature2->get_tag_values('Target'), 3);
44
 
    }
45
 
}
46
 
 
47
 
 
48
 
 
49
 
 
50
 
 
51