← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/LiveSeq/Mutation.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/LiveSeq/Mutation.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: Mutation.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN { 
 
7
    use lib '.';
 
8
    use Bio::Root::Test;
 
9
    
 
10
    test_begin(-tests => 19);
 
11
        
 
12
        use_ok('Bio::LiveSeq::Mutation');
 
13
}
 
14
 
 
15
 
 
16
my $a = Bio::LiveSeq::Mutation->new();
 
17
ok defined $a;
 
18
 
 
19
$a->seq('aaa');
 
20
is $a->seq, 'aaa';
 
21
 
 
22
$a->seqori('ggg');
 
23
is $a->seqori, 'ggg';
 
24
 
 
25
$a->pos(-4);
 
26
is $a->pos, -4;
 
27
 
 
28
$a->pos(5);
 
29
is $a->pos, 5;
 
30
 
 
31
is ($a->len, 3);
 
32
 
 
33
$a->len(9);
 
34
is ($a->len, 9);
 
35
 
 
36
$a->transpos(55);
 
37
is $a->transpos, 55;
 
38
 
 
39
$a->issue(1);
 
40
is $a->issue, 1;
 
41
 
 
42
$a->label(57);
 
43
is $a->label, '57';
 
44
 
 
45
$a->prelabel(57);
 
46
is $a->prelabel, '57';
 
47
 
 
48
$a->postlabel(57);
 
49
is $a->postlabel, '57';
 
50
 
 
51
$a->lastlabel(57);
 
52
is $a->lastlabel, '57';
 
53
 
 
54
#constuctor test
 
55
$b = Bio::LiveSeq::Mutation->new('-seq'=>'AC',
 
56
                                 '-seqori' => 'GG',
 
57
                                 '-pos' => 5,
 
58
                                 '-len' => 2,
 
59
                                 );
 
60
ok  defined $b;
 
61
is $b->seqori, 'GG';
 
62
is $b->len, 2;
 
63
is $b->seq, 'AC';
 
64
is $b->pos, 5;