← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bioperl/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Tools/Pseudowise.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Tools/Pseudowise.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: Pseudowise.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN {
 
7
    use lib '.';
 
8
    use Bio::Root::Test;
 
9
    
 
10
    test_begin(-tests => 21);
 
11
        
 
12
        use_ok('Bio::Tools::Pseudowise');
 
13
}
 
14
 
 
15
 
 
16
my $inputfilename= test_input_file('pseudowise.out');
 
17
my $parser = Bio::Tools::Pseudowise->new(-file => $inputfilename);
 
18
my @gene;
 
19
while (my $gene= $parser->next_prediction){
 
20
    push @gene, $gene;
 
21
}
 
22
my ($g) = @gene;
 
23
my @e = $g->sub_SeqFeature;
 
24
 
 
25
is ($g->primary_tag, 'pseudogene');
 
26
is ($g->source_tag, 'pseudowise');
 
27
 
 
28
is(($g->get_tag_values('Synonymous'))[0],7);
 
29
is(($g->get_tag_values('Nonsynonymous'))[0],18);
 
30
is(($g->get_tag_values('Ka/Ks'))[0],2.57);
 
31
is(($g->get_tag_values('Unlikely'))[0],0);
 
32
is(($g->get_tag_values('Identical'))[0],5);
 
33
is(($g->get_tag_values('Stop'))[0],0);
 
34
is(($g->get_tag_values('Total codons'))[0],30);
 
35
is(($g->get_tag_values('Frameshift'))[0],0);
 
36
is(($g->get_tag_values('Intron'))[0],1);
 
37
 
 
38
is($g->start,163);
 
39
is($g->end,626);
 
40
is($g->strand,1);
 
41
is($e[0]->start, 163);
 
42
is($e[0]->end,213);
 
43
is($e[0]->strand,1);
 
44
is($e[1]->start,585);
 
45
is($e[1]->end,626);
 
46
is($e[1]->strand,1);