← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/compute_gyration.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/compute_gyration.txt
25
25
group of atoms, including all effects due to atoms passing thru
26
26
periodic boundaries.
27
27
 
28
 
Rg is a measure of the size of the group of atoms, and is computed by
29
 
this formula
 
28
Rg is a measure of the size of the group of atoms, and is computed as
 
29
the square root of the Rg^2 value in this formula
30
30
 
31
31
:c,image(Eqs/compute_gyration.jpg)
32
32
 
33
33
where M is the total mass of the group, Rcm is the center-of-mass
34
34
position of the group, and the sum is over all atoms in the group.
35
35
 
36
 
A Rg tensor, stored as a 6-element vector, is also calculated by this
37
 
compute.  The formula for the components of the tensor is the same as
38
 
the above formula, except that (Ri - Rcm)^2 is replaced by (Rix -
39
 
Rcmx) * (Riy - Rcmy) for the xy component, etc.  The 6 components of
40
 
the vector are ordered xx, yy, zz, xy, xz, yz.
 
36
A Rg^2 tensor, stored as a 6-element vector, is also calculated by
 
37
this compute.  The formula for the components of the tensor is the
 
38
same as the above formula, except that (Ri - Rcm)^2 is replaced by
 
39
(Rix - Rcmx) * (Riy - Rcmy) for the xy component, etc.  The 6
 
40
components of the vector are ordered xx, yy, zz, xy, xz, yz.  Note
 
41
that unlike the scalar Rg, each of the 6 values of the tensor is
 
42
effectively a "squared" value, since the cross-terms may be negative
 
43
and taking a sqrt() would be invalid.
41
44
 
42
45
IMPORTANT NOTE: The coordinates of an atom contribute to Rg in
43
46
"unwrapped" form, by using the image flags associated with each atom.
51
54
[Output info:]
52
55
 
53
56
This compute calculates a global scalar (Rg) and a global vector of
54
 
length 6 (Rg tensor), which can be accessed by indices 1-6.  These
 
57
length 6 (Rg^2 tensor), which can be accessed by indices 1-6.  These
55
58
values can be used by any command that uses a global scalar value or
56
59
vector values from a compute as input.  See "Section_howto
57
60
15"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of LAMMPS output
58
61
options.
59
62
 
60
63
The scalar and vector values calculated by this compute are
61
 
"intensive".  The scalar and vector values will be in distance
62
 
"units"_units.html, since they are the square root of values
63
 
represented by the formula above.
 
64
"intensive".  The scalar and vector values will be in distance and
 
65
distance^2 "units"_units.html respectively.
64
66
 
65
67
[Restrictions:] none
66
68