← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/fix_bond_create.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/fix_bond_create.html
155
155
via the <A HREF = "create_atoms.html">create atoms</A> command, e.g. for a
156
156
percolation simulation.
157
157
</P>
158
 
<P>IMPORTANT NOTE: LAMMPS also maintains a data structure that stores a
159
 
list of 1st, 2nd, and 3rd neighbors of each atom (within the bond
 
158
<P>IMPORTANT NOTE: LAMMPS stores and maintains a data structure with a
 
159
list of the 1st, 2nd, and 3rd neighbors of each atom (within the bond
160
160
topology of the system) for use in weighting pairwise interactions for
161
 
bonded atoms.  Adding a bond adds a single entry to this list.  The
162
 
"extra special per atom" parameter must typically be set to allow for
163
 
it.  There are 3 ways to do this.  See the <A HREF = "read_data.html">read_data</A>
164
 
or <A HREF = "create_box.html">create_box</A> or "special_bonds extra" commands for
 
161
bonded atoms.  Note that adding a single bond always adds a new 1st
 
162
neighbor but may also induce *many* new 2nd and 3rd neighbors,
 
163
depending on the molecular topology of your system.  The "extra
 
164
special per atom" parameter must typically be set to allow for the new
 
165
maximum total size (1st + 2nd + 3rd neighbors) of this per-atom list.
 
166
There are 3 ways to do this.  See the <A HREF = "read_data.html">read_data</A> or
 
167
<A HREF = "create_box.html">create_box</A> or "special_bonds extra" commands for
165
168
details.
166
169
</P>
167
170
<P>IMPORTANT NOTE: Even if you do not use the <I>atype</I>, <I>dtype</I>, or