← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_solvent/cyclododecane+watMW/README_setup.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_solvent/cyclododecane+watMW/README_setup.sh
1
 
 
2
 
 
3
 
# Create LAMMPS input files this way:
4
 
cd moltemplate_files
5
 
 
6
 
  # run moltemplate
7
 
 
8
 
  moltemplate.sh -a "@atom:/WatMW/mW 1" system.lt
9
 
 
10
 
  # Here we just want to make sure that the "mW" atom type is assigned to 
11
 
  # number "1".  It should be by default, so usually you can leave out 
12
 
  #    -a "@atom:/WatMW/mW 1".
13
 
 
14
 
  # This will generate various files with names ending in *.in* and *.data. 
15
 
  # These files are the input files directly read by LAMMPS.  Move them to 
16
 
  # the parent directory (or wherever you plan to run the simulation).
17
 
 
18
 
  mv -f system.in* system.data ../
19
 
 
20
 
  # Optional:
21
 
  # The "./output_ttree/" directory is full of temporary files generated by 
22
 
  # moltemplate.  They can be useful for debugging, but are usually thrown away.
23
 
  rm -rf output_ttree/
24
 
 
25
 
cd ../