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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated+minichaperone/moltemplate_files/minichaperone.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated+minichaperone/moltemplate_files/minichaperone.lt
1
 
# Here we define a trivial molecule containing only one particle.
2
 
 
3
 
Minichaperone {
4
 
 
5
 
  # atomID molID atomType charge   x  y  z
6
 
 
7
 
  write("Data Atoms") {
8
 
    $atom:C $mol @atom:C   0.0   0.0 0.0 0.0
9
 
  }
10
 
 
11
 
  write_once("Data Masses") {
12
 
    @atom:C 100.0
13
 
  }
14
 
 
15
 
  write_once("In Settings") {
16
 
    # If for some reason there are multiple chaperones present, 
17
 
    # I assume that they interact repulsively (hence, L=0)
18
 
 
19
 
    #            i     j        pairStyle                   eps sig K L
20
 
 
21
 
    pair_coeff @atom:C @atom:C  lj/charmm/coul/charmm/inter 1.0 3.0 1 0
22
 
 
23
 
    # Optional: define the atoms in the "chaperonins" group:
24
 
    # (Defining a group for the chaperone makes it easy to immobilize it later.)
25
 
 
26
 
    group chaperones type @atom:C
27
 
  }
28
 
 
29
 
  # Specify which pair_styles, and atom styles work well with 
30
 
  # this model.  (Again this can be overridden later.)
31
 
 
32
 
  write_once("In Init") {
33
 
    units       lj
34
 
    atom_style  full
35
 
    pair_style  hybrid lj/charmm/coul/charmm/inter es4k4l maxmax 8.0 9.0
36
 
  }
37
 
 
38
 
} # Minichaperone
39
 
 
40
 
# We have not specified how this particle interacts with other particles
41
 
# besides itself.  Later on you must do this.