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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/vesicle_Brannigan2005+Bellesia2010/README_setup.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/vesicle_Brannigan2005+Bellesia2010/README_setup.sh
1
 
# Use these commands to generate the LAMMPS input script and data file
2
 
# (and other auxilliary files):
3
 
 
4
 
# First, generate the coordinates (the "system.xyz" file) this way
5
 
# (This can be a very slow process.)
6
 
cd packmol_files
7
 
 
8
 
  # You must run each packmol commend one after the other
9
 
  # NOTE: If PACKMOL gets stuck in an endless loop, then edit the corresponding
10
 
  # "inp" file.  This should not happen.  You can also usually interrupt
11
 
  # packmol after 30 minutes, and the solution at that point should be good
12
 
  # enough for use.
13
 
  packmol < step1_proteins.inp   # This step determines the protein's location
14
 
                                 # It takes ~20 minutes (on an intel i7)
15
 
  packmol < step2_innerlayer.inp # this step builds the inner monolayer
16
 
                                 # It takes ~90 minutes
17
 
  packmol < step3_outerlayer.inp # this step builds the outer monolayer
18
 
                                 # It takes ~4 hours
19
 
 
20
 
  # Running these three commands will probably take about an hour.
21
 
  # (It depends on how uniformly you need the packing to be.)
22
 
 
23
 
  mv -f step3_outerlayer.xyz ../system.xyz
24
 
cd ..
25
 
 
26
 
 
27
 
# Create LAMMPS input files this way:
28
 
cd moltemplate_files
29
 
 
30
 
  # run moltemplate
31
 
 
32
 
  moltemplate.sh -xyz ../system.xyz system.lt
33
 
 
34
 
  # This will generate various files with names ending in *.in* and *.data. 
35
 
  # These files are the input files directly read by LAMMPS.  Move them to 
36
 
  # the parent directory (or wherever you plan to run the simulation).
37
 
 
38
 
  mv -f system.in* system.data ../
39
 
 
40
 
  # The "table_int.dat" file contains tabular data for the lipid INT-INT atom 
41
 
  # 1/r^2 interaction.  We need it too. (This slows down the simulation by x2,
42
 
  # so I might look for a way to get rid of it later.)
43
 
  cp -f table_int.dat ../
44
 
 
45
 
  # Optional:
46
 
  # The "./output_ttree/" directory is full of temporary files generated by 
47
 
  # moltemplate.  They can be useful for debugging, but are usually thrown away.
48
 
  rm -rf output_ttree/
49
 
 
50
 
cd ../