← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/waterSPCE+Na+Cl/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/waterSPCE+Na+Cl/run.in.nvt
1
 
# PREREQUISITES:
2
 
#
3
 
#   1) You must use moltemplate.sh to create 3 files:
4
 
#        system.data  system.in.init  system.in.settings
5
 
#     (Follow the instructions in README_setup.sh, or run it using ./README_sh.)
6
 
#   2) You must equilibrate the system beforehand using "run.in.npt".
7
 
#      This will create the file "system_after_npt.data" which this file reads.
8
 
#      (Note: I have not verified that this equilibration protocol works well.)
9
 
 
10
 
# ------------------------------- Initialization Section --------------------
11
 
 
12
 
include         system.in.init
13
 
 
14
 
# ------------------------------- Atom Definition Section -------------------
15
 
 
16
 
# Read the coordinates generated by an earlier NPT simulation
17
 
 
18
 
read_data       system_after_npt.data
19
 
 
20
 
 
21
 
# (The "write_restart" and "read_restart" commands were buggy in 2012, 
22
 
#  but they should work also.  I prefer "write_data" and "read_data".)
23
 
 
24
 
# ------------------------------- Settings Section --------------------------
25
 
 
26
 
include         system.in.settings
27
 
 
28
 
# ------------------------------- Run Section -------------------------------
29
 
 
30
 
 
31
 
# -- minimization protocol --
32
 
# Note: If you are reading the restart file instead of the data file, 
33
 
#       then you should not need to minimize the system beforehand..
34
 
# fShakeSPCE was defined in system.in.settings.
35
 
# (It is incompatible with "minimize".)
36
 
unfix         fShakeSPCE
37
 
minimize 1.0e-5 1.0e-7 100000 400000
38
 
# Now read "system.in.settings" in order to redefine fShakeSPCE again:
39
 
include       system.in.settings
40
 
 
41
 
# -- simulation protocol --
42
 
 
43
 
 
44
 
 
45
 
timestep        1.0
46
 
dump            1 all custom 500 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
47
 
fix             fxnvt all nvt temp 300.0 300.0 500.0 tchain 1
48
 
thermo          500
49
 
 
50
 
run             10000
51
 
 
52
 
# Now that the system's temperature has become more equilibrated,
53
 
# we can increase the timestep:
54
 
 
55
 
timestep        2.0
56
 
run             50000
57
 
 
58
 
write_data  system_after_nvt.data