← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/pair_quip.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/pair_quip.html
 
1
<HTML>
 
2
<CENTER><A HREF = "http://lammps.sandia.gov">LAMMPS WWW Site</A> - <A HREF = "Manual.html">LAMMPS Documentation</A> - <A HREF = "Section_commands.html#comm">LAMMPS Commands</A> 
 
3
</CENTER>
 
4
 
 
5
 
 
6
 
 
7
 
 
8
 
 
9
 
 
10
<HR>
 
11
 
 
12
<H3>pair_style quip command 
 
13
</H3>
 
14
<P><B>Syntax:</B>
 
15
</P>
 
16
<PRE>pair_style quip 
 
17
</PRE>
 
18
<P><B>Examples:</B>
 
19
</P>
 
20
<PRE>pair_style      quip
 
21
pair_coeff      * * gap_example.xml "Potential xml_label=GAP_2014_5_8_60_17_10_38_466" 14
 
22
pair_coeff      * * sw_example.xml "IP SW" 14 
 
23
</PRE>
 
24
<P><B>Description:</B>
 
25
</P>
 
26
<P>Style <I>quip</I> provides an interface for calling potential routines from
 
27
the QUIP package. QUIP is built separately, and then linked to
 
28
LAMMPS. The most recent version of the QUIP package can be downloaded
 
29
from GitHub:
 
30
<A HREF = "https://github.com/libAtoms/QUIP">https://github.com/libAtoms/QUIP</A>. The
 
31
interface is chiefly intended to be used to run Gaussian Approximation
 
32
Potentials (GAP), which are described in the following publications:
 
33
<A HREF = "#Bartok_2010">(Bartok et al)</A> and <A HREF = "#Bartok_PhD">(PhD thesis of
 
34
Bartok)</A>.
 
35
</P>
 
36
<P>Only a single pair_coeff command is used with the <I>quip</I> style that
 
37
specifies a QUIP potential file containing the parameters of the
 
38
potential for all needed elements in XML format. This is followed by a
 
39
QUIP initialization string. Finally, the QUIP elements are mapped to
 
40
LAMMPS atom types by specifying N atomic numbers, where N is the
 
41
number of LAMMPS atom types:
 
42
</P>
 
43
<UL><LI>QUIP filename
 
44
<LI>QUIP initialization string
 
45
<LI>N atomic numbers = mapping of QUIP elements to atom types 
 
46
</UL>
 
47
<P>See the <A HREF = "pair_coeff.html">pair_coeff</A> doc page for alternate ways
 
48
to specify the path for the potential file.
 
49
</P>
 
50
<P>A QUIP potential is fully specified by the filename which contains the
 
51
parameters of the potential in XML format, the initialisation string,
 
52
and the map of atomic numbers.
 
53
</P>
 
54
<P>GAP potentials can be obtained from the Data repository section of
 
55
<A HREF = "http://www.libatoms.org">http://www.libatoms.org</A>, where the
 
56
appropriate initialisation strings are also advised. The list of
 
57
atomic numbers must be matched to the LAMMPS atom types specified in
 
58
the LAMMPS data file or elsewhere.
 
59
</P>
 
60
<P>Two examples input scripts are provided in the examples/USER/quip
 
61
directory.
 
62
</P>
 
63
<P><B>Mixing, shift, table, tail correction, restart, rRESPA info</B>:
 
64
</P>
 
65
<P>This pair style does not support the <A HREF = "pair_modify.html">pair_modify</A>
 
66
mix, shift, table, and tail options.
 
67
</P>
 
68
<P>This pair style does not write its information to <A HREF = "restart.html">binary restart
 
69
files</A>, since it is stored in potential files.  Thus, you
 
70
need to re-specify the pair_style and pair_coeff commands in an input
 
71
script that reads a restart file.
 
72
</P>
 
73
<P>This pair style can only be used via the <I>pair</I> keyword of the
 
74
<A HREF = "run_style.html">run_style respa</A> command.  It does not support the
 
75
<I>inner</I>, <I>middle</I>, <I>outer</I> keywords.
 
76
</P>
 
77
<P><B>Restrictions:</B>
 
78
</P>
 
79
<P>This pair style is part of the USER-QUIP package.  It is only enabled
 
80
if LAMMPS was built with that package.  See the <A HREF = "Section_start.html#start_3">Making
 
81
LAMMPS</A> section for more info.
 
82
</P>
 
83
<P>QUIP potentials are parametrized in electron-volts and Angstroms and
 
84
therefore should be used with LAMMPS metal <A HREF = "units.html">units</A>.
 
85
</P>
 
86
<P><B>Related commands:</B>
 
87
</P>
 
88
<P><A HREF = "pair_coeff.html">pair_coeff</A>
 
89
</P>
 
90
<HR>
 
91
 
 
92
<A NAME = "Bartok_2010"></A>
 
93
 
 
94
<P><B>(Bartok_2010)</B> AP Bartok, MC Payne, R Kondor, and G Csanyi, Physical
 
95
Review Letters 104, 136403 (2010).
 
96
</P>
 
97
<A NAME = "Bartok_PhD"></A>
 
98
 
 
99
<P><B>(Bartok_PhD)</B> A Bartok-Partay, PhD Thesis, University of Cambridge,
 
100
(2010).
 
101
</P>
 
102
</HTML>