← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/atc/hardy/consistency.screen

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
Upload into unstable.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/atc/hardy/consistency.screen
1
 
LAMMPS (30 Aug 2013)
2
 
units           metal
3
 
atom_style      atomic
4
 
variable L equal 16
5
 
variable E equal 8
6
 
# create domain
7
 
lattice         fcc 3.615 origin 0.25 0.25 0.25
8
 
Lattice spacing in x,y,z = 3.615 3.615 3.615
9
 
region          mdRegion block 0 $L -3 3 -3 3
10
 
region          mdRegion block 0 16 -3 3 -3 3
11
 
boundary        p p p
12
 
create_box      1 mdRegion
13
 
Created orthogonal box = (0 -10.845 -10.845) to (57.84 10.845 10.845)
14
 
  4 by 1 by 1 MPI processor grid
15
 
# create atoms
16
 
create_atoms    1 region mdRegion
17
 
Created 2304 atoms
18
 
mass            1 63.550
19
 
group           internal region mdRegion
20
 
2304 atoms in group internal
21
 
# specify inter-atomic potential
22
 
pair_style      eam
23
 
pair_coeff      * * ../../../../potentials/Cu_u3.eam
24
 
# specify neighbor/re-neighboring parameters
25
 
neighbor        0.3 bin
26
 
#neigh_modify   every 10 delay 0 check no
27
 
neigh_modify    delay 10000 check no
28
 
min_modify line quadratic
29
 
minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
30
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
31
 
Setting up minimization ...
32
 
Memory usage per processor = 2.95316 Mbytes
33
 
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 
34
 
       0            0     -8156.16            0     -8156.16 -0.027860375 
35
 
       1            0     -8156.16            0     -8156.16 -0.027860375 
36
 
Loop time of 0.00680125 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
37
 
 
38
 
Minimization stats:
39
 
  Stopping criterion = energy tolerance
40
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
41
 
        -8156.16000524     -8156.16000524     -8156.16000524
42
 
  Force two-norm initial, final = 8.48911e-13 8.39584e-13
43
 
  Force max component initial, final = 3.2252e-14 3.01703e-14
44
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 3.01703e-14
45
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
46
 
 
47
 
Pair  time (%) = 0.00625521 (91.9715)
48
 
Neigh time (%) = 0 (0)
49
 
Comm  time (%) = 0.000327826 (4.82008)
50
 
Outpt time (%) = 0 (0)
51
 
Other time (%) = 0.000218213 (3.20842)
52
 
 
53
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
54
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
55
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
56
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
57
 
Neighs:    15552 ave 15600 max 15504 min
58
 
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
59
 
 
60
 
Total # of neighbors = 62208
61
 
Ave neighs/atom = 27
62
 
Neighbor list builds = 0
63
 
Dangerous builds = 0
64
 
#               ID  group atc PhysicsType ParameterFile
65
 
fix             AtC internal   atc field
66
 
ATC: constructing shape function field estimate
67
 
 ATC: version 2.0
68
 
 ATC: peratom PE compute created with ID: 3
69
 
fix_modify      AtC mesh  create $E 1 1 mdRegion f p p
70
 
fix_modify      AtC mesh  create 8 1 1 mdRegion f p p
71
 
 ATC: created uniform mesh with 36 nodes, 9 unique nodes, and 8 elements
72
 
fix_modify      AtC fields none
73
 
fix_modify      AtC fields add mass_density displacement stress internal_energy eshelby_stress temperature
74
 
fix_modify      AtC gradients add displacement
75
 
fix_modify      AtC set reference_potential_energy
76
 
#fix_modify      AtC  hardy_reset 1
77
 
# output
78
 
thermo          10
79
 
thermo_style custom step pe ke press lx ly lz
80
 
fix_modify      AtC  output        consistencyFE 1 text tensor_components
81
 
 ATC: Warning : text output can create _LARGE_ files
82
 
 ATC: output custom names:
83
 
 
84
 
# displace atoms
85
 
# NOTE we need to figure out how to output post minimize w/o a "run"
86
 
#   or try to interface with "dump"
87
 
# this is fine, no integrator is being used
88
 
timestep 0.0
89
 
# initial before minimization?
90
 
run     1
91
 
Setting up run ...
92
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
93
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
94
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
95
 
       1     -8156.16            0 -0.027860375        57.84        21.69        21.69 
96
 
       2     -8156.16            0 -0.027860375        57.84        21.69        21.69 
97
 
Loop time of 0.0255541 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
98
 
 
99
 
Pair  time (%) = 0.00240105 (9.39598)
100
 
Neigh time (%) = 0 (0)
101
 
Comm  time (%) = 0.000230432 (0.901741)
102
 
Outpt time (%) = 0.000131726 (0.515481)
103
 
Other time (%) = 0.0227908 (89.1868)
104
 
 
105
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
106
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
107
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
108
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
109
 
Neighs:    15552 ave 15678 max 15411 min
110
 
Histogram: 1 0 0 0 0 2 0 0 0 1
111
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
112
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
113
 
 
114
 
Total # of neighbors = 124416
115
 
Ave neighs/atom = 54
116
 
Neighbor list builds = 0
117
 
Dangerous builds = 0
118
 
# increment
119
 
variable n equal 10
120
 
variable i loop $n
121
 
variable i loop 10
122
 
# NOTE this does not generate KE
123
 
label loop_i
124
 
  change_box all x scale 1.001 remap
125
 
Changing box ...
126
 
  orthogonal box = (-0.02892 -10.845 -10.845) to (57.8689 10.845 10.845)
127
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
128
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
129
 
Setting up minimization ...
130
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
131
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
132
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
133
 
       2   -8156.1458            0   -1381.2949     57.89784        21.69        21.69 
134
 
       3   -8156.1458            0   -1381.2949     57.89784        21.69        21.69 
135
 
Loop time of 0.00759006 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
136
 
 
137
 
Minimization stats:
138
 
  Stopping criterion = energy tolerance
139
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
140
 
        -8156.14582163     -8156.14582163     -8156.14582163
141
 
  Force two-norm initial, final = 1.20171e-12 7.98441e-13
142
 
  Force max component initial, final = 5.47843e-14 2.98234e-14
143
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 2.98234e-14
144
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
145
 
 
146
 
Pair  time (%) = 0.00667787 (87.9818)
147
 
Neigh time (%) = 0 (0)
148
 
Comm  time (%) = 0.000374675 (4.93639)
149
 
Outpt time (%) = 0 (0)
150
 
Other time (%) = 0.000537515 (7.08183)
151
 
 
152
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
153
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
154
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
155
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
156
 
Neighs:    15552 ave 15597 max 15508 min
157
 
Histogram: 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1
158
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
159
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
160
 
 
161
 
Total # of neighbors = 124416
162
 
Ave neighs/atom = 54
163
 
Neighbor list builds = 0
164
 
Dangerous builds = 0
165
 
  velocity all set 0 0 0
166
 
  run 1
167
 
Setting up run ...
168
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
169
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
170
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
171
 
       3   -8156.1458            0   -1381.2949     57.89784        21.69        21.69 
172
 
       4   -8156.1458            0   -1381.2949     57.89784        21.69        21.69 
173
 
Loop time of 0.0305048 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
174
 
 
175
 
Pair  time (%) = 0.00235128 (7.70792)
176
 
Neigh time (%) = 0 (0)
177
 
Comm  time (%) = 0.000155747 (0.510566)
178
 
Outpt time (%) = 0.000559568 (1.83436)
179
 
Other time (%) = 0.0274382 (89.9471)
180
 
 
181
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
182
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
183
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
184
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
185
 
Neighs:    15552 ave 15623 max 15488 min
186
 
Histogram: 1 1 0 0 0 0 0 1 0 1
187
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
188
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
189
 
 
190
 
Total # of neighbors = 124416
191
 
Ave neighs/atom = 54
192
 
Neighbor list builds = 0
193
 
Dangerous builds = 0
194
 
next i
195
 
jump in.consistency loop_i
196
 
  change_box all x scale 1.001 remap
197
 
Changing box ...
198
 
  orthogonal box = (-0.0578689 -10.845 -10.845) to (57.8979 10.845 10.845)
199
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
200
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
201
 
Setting up minimization ...
202
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
203
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
204
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
205
 
       4   -8156.1033            0   -2755.9958    57.955738        21.69        21.69 
206
 
       5   -8156.1033            0   -2755.9958    57.955738        21.69        21.69 
207
 
Loop time of 0.00743103 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
208
 
 
209
 
Minimization stats:
210
 
  Stopping criterion = energy tolerance
211
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
212
 
        -8156.10329875     -8156.10329875     -8156.10329875
213
 
  Force two-norm initial, final = 1.39476e-12 8.93933e-13
214
 
  Force max component initial, final = 1.06757e-13 5.59136e-14
215
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 5.59136e-14
216
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
217
 
 
218
 
Pair  time (%) = 0.00667727 (89.8566)
219
 
Neigh time (%) = 0 (0)
220
 
Comm  time (%) = 0.000433147 (5.8289)
221
 
Outpt time (%) = 0 (0)
222
 
Other time (%) = 0.000320613 (4.31452)
223
 
 
224
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
225
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
226
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
227
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
228
 
Neighs:    15552 ave 15563 max 15540 min
229
 
Histogram: 1 1 0 0 0 0 0 0 0 2
230
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
231
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
232
 
 
233
 
Total # of neighbors = 124416
234
 
Ave neighs/atom = 54
235
 
Neighbor list builds = 0
236
 
Dangerous builds = 0
237
 
  velocity all set 0 0 0
238
 
  run 1
239
 
Setting up run ...
240
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
241
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
242
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
243
 
       5   -8156.1033            0   -2755.9958    57.955738        21.69        21.69 
244
 
       6   -8156.1033            0   -2755.9958    57.955738        21.69        21.69 
245
 
Loop time of 0.0286701 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
246
 
 
247
 
Pair  time (%) = 0.00227046 (7.91927)
248
 
Neigh time (%) = 0 (0)
249
 
Comm  time (%) = 0.000166774 (0.5817)
250
 
Outpt time (%) = 0.000535548 (1.86797)
251
 
Other time (%) = 0.0256973 (89.6311)
252
 
 
253
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
254
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
255
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
256
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
257
 
Neighs:    15552 ave 15650 max 15466 min
258
 
Histogram: 1 0 0 0 2 0 0 0 0 1
259
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
260
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
261
 
 
262
 
Total # of neighbors = 124416
263
 
Ave neighs/atom = 54
264
 
Neighbor list builds = 0
265
 
Dangerous builds = 0
266
 
next i
267
 
jump in.consistency loop_i
268
 
  change_box all x scale 1.001 remap
269
 
Changing box ...
270
 
  orthogonal box = (-0.0868468 -10.845 -10.845) to (57.9268 10.845 10.845)
271
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
272
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
273
 
Setting up minimization ...
274
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
275
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
276
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
277
 
       6   -8156.0325            0   -4124.1199    58.013694        21.69        21.69 
278
 
       7   -8156.0325            0   -4124.1199    58.013694        21.69        21.69 
279
 
Loop time of 0.00750422 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
280
 
 
281
 
Minimization stats:
282
 
  Stopping criterion = energy tolerance
283
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
284
 
        -8156.03247785     -8156.03247785     -8156.03247785
285
 
  Force two-norm initial, final = 2.13199e-12 8.14844e-13
286
 
  Force max component initial, final = 1.57712e-13 5.37209e-14
287
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 5.37209e-14
288
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
289
 
 
290
 
Pair  time (%) = 0.00677872 (90.332)
291
 
Neigh time (%) = 0 (0)
292
 
Comm  time (%) = 0.00043571 (5.8062)
293
 
Outpt time (%) = 0 (0)
294
 
Other time (%) = 0.000289798 (3.8618)
295
 
 
296
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
297
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
298
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
299
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
300
 
Neighs:    15552 ave 15567 max 15532 min
301
 
Histogram: 1 0 0 0 0 0 2 0 0 1
302
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
303
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
304
 
 
305
 
Total # of neighbors = 124416
306
 
Ave neighs/atom = 54
307
 
Neighbor list builds = 0
308
 
Dangerous builds = 0
309
 
  velocity all set 0 0 0
310
 
  run 1
311
 
Setting up run ...
312
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
313
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
314
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
315
 
       7   -8156.0325            0   -4124.1199    58.013694        21.69        21.69 
316
 
       8   -8156.0325            0   -4124.1199    58.013694        21.69        21.69 
317
 
Loop time of 0.0287238 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
318
 
 
319
 
Pair  time (%) = 0.00232071 (8.07938)
320
 
Neigh time (%) = 0 (0)
321
 
Comm  time (%) = 0.000146508 (0.510058)
322
 
Outpt time (%) = 0.000488341 (1.70012)
323
 
Other time (%) = 0.0257683 (89.7104)
324
 
 
325
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
326
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
327
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
328
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
329
 
Neighs:    15552 ave 15659 max 15491 min
330
 
Histogram: 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1
331
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
332
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
333
 
 
334
 
Total # of neighbors = 124416
335
 
Ave neighs/atom = 54
336
 
Neighbor list builds = 0
337
 
Dangerous builds = 0
338
 
next i
339
 
jump in.consistency loop_i
340
 
  change_box all x scale 1.001 remap
341
 
Changing box ...
342
 
  orthogonal box = (-0.115854 -10.845 -10.845) to (57.9559 10.845 10.845)
343
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
344
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
345
 
Setting up minimization ...
346
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
347
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
348
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
349
 
       8   -8155.9334            0   -5485.7179    58.071707        21.69        21.69 
350
 
       9   -8155.9334            0   -5485.7179    58.071707        21.69        21.69 
351
 
Loop time of 0.00728536 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
352
 
 
353
 
Minimization stats:
354
 
  Stopping criterion = energy tolerance
355
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
356
 
        -8155.93340042     -8155.93340042     -8155.93340042
357
 
  Force two-norm initial, final = 1.09341e-12 6.35419e-13
358
 
  Force max component initial, final = 5.68295e-14 3.66235e-14
359
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 3.66235e-14
360
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
361
 
 
362
 
Pair  time (%) = 0.00666147 (91.4365)
363
 
Neigh time (%) = 0 (0)
364
 
Comm  time (%) = 0.000346005 (4.74932)
365
 
Outpt time (%) = 0 (0)
366
 
Other time (%) = 0.000277877 (3.81418)
367
 
 
368
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
369
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
370
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
371
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
372
 
Neighs:    15552 ave 15569 max 15539 min
373
 
Histogram: 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1
374
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
375
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
376
 
 
377
 
Total # of neighbors = 124416
378
 
Ave neighs/atom = 54
379
 
Neighbor list builds = 0
380
 
Dangerous builds = 0
381
 
  velocity all set 0 0 0
382
 
  run 1
383
 
Setting up run ...
384
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
385
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
386
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
387
 
       9   -8155.9334            0   -5485.7179    58.071707        21.69        21.69 
388
 
      10   -8155.9334            0   -5485.7179    58.071707        21.69        21.69 
389
 
Loop time of 0.0293248 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
390
 
 
391
 
Pair  time (%) = 0.00235546 (8.03231)
392
 
Neigh time (%) = 0 (0)
393
 
Comm  time (%) = 0.000166237 (0.566884)
394
 
Outpt time (%) = 0.000518978 (1.76976)
395
 
Other time (%) = 0.0262841 (89.631)
396
 
 
397
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
398
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
399
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
400
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
401
 
Neighs:    15552 ave 15643 max 15487 min
402
 
Histogram: 1 0 0 2 0 0 0 0 0 1
403
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
404
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
405
 
 
406
 
Total # of neighbors = 124416
407
 
Ave neighs/atom = 54
408
 
Neighbor list builds = 0
409
 
Dangerous builds = 0
410
 
next i
411
 
jump in.consistency loop_i
412
 
  change_box all x scale 1.001 remap
413
 
Changing box ...
414
 
  orthogonal box = (-0.144889 -10.845 -10.845) to (57.9849 10.845 10.845)
415
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
416
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
417
 
Setting up minimization ...
418
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
419
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
420
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
421
 
      10   -8155.8061            0   -6840.8461    58.129779        21.69        21.69 
422
 
      11   -8155.8061            0   -6840.8461    58.129779        21.69        21.69 
423
 
Loop time of 0.00727099 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
424
 
 
425
 
Minimization stats:
426
 
  Stopping criterion = energy tolerance
427
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
428
 
        -8155.80610648     -8155.80610648     -8155.80610648
429
 
  Force two-norm initial, final = 1.05408e-12 6.84939e-13
430
 
  Force max component initial, final = 5.43732e-14 3.31436e-14
431
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 3.31436e-14
432
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
433
 
 
434
 
Pair  time (%) = 0.00667995 (91.8713)
435
 
Neigh time (%) = 0 (0)
436
 
Comm  time (%) = 0.00033623 (4.62426)
437
 
Outpt time (%) = 0 (0)
438
 
Other time (%) = 0.00025481 (3.50447)
439
 
 
440
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
441
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
442
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
443
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
444
 
Neighs:    15552 ave 15561 max 15539 min
445
 
Histogram: 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1
446
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
447
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
448
 
 
449
 
Total # of neighbors = 124416
450
 
Ave neighs/atom = 54
451
 
Neighbor list builds = 0
452
 
Dangerous builds = 0
453
 
  velocity all set 0 0 0
454
 
  run 1
455
 
Setting up run ...
456
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
457
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
458
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
459
 
      11   -8155.8061            0   -6840.8461    58.129779        21.69        21.69 
460
 
      12   -8155.8061            0   -6840.8461    58.129779        21.69        21.69 
461
 
Loop time of 0.0302055 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
462
 
 
463
 
Pair  time (%) = 0.00233757 (7.73891)
464
 
Neigh time (%) = 0 (0)
465
 
Comm  time (%) = 0.000163257 (0.540488)
466
 
Outpt time (%) = 0.000486493 (1.61061)
467
 
Other time (%) = 0.0272182 (90.11)
468
 
 
469
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
470
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
471
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
472
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
473
 
Neighs:    15552 ave 15606 max 15482 min
474
 
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 0 0 2
475
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
476
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
477
 
 
478
 
Total # of neighbors = 124416
479
 
Ave neighs/atom = 54
480
 
Neighbor list builds = 0
481
 
Dangerous builds = 0
482
 
next i
483
 
jump in.consistency loop_i
484
 
  change_box all x scale 1.001 remap
485
 
Changing box ...
486
 
  orthogonal box = (-0.173954 -10.845 -10.845) to (58.014 10.845 10.845)
487
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
488
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
489
 
Setting up minimization ...
490
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
491
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
492
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
493
 
      12   -8155.6506            0   -8189.4905    58.187909        21.69        21.69 
494
 
      13   -8155.6506            0   -8189.4905    58.187909        21.69        21.69 
495
 
Loop time of 0.00774026 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
496
 
 
497
 
Minimization stats:
498
 
  Stopping criterion = energy tolerance
499
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
500
 
        -8155.65063641     -8155.65063641     -8155.65063641
501
 
  Force two-norm initial, final = 1.14329e-12 6.31554e-13
502
 
  Force max component initial, final = 7.85249e-14 4.52208e-14
503
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 4.52208e-14
504
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
505
 
 
506
 
Pair  time (%) = 0.00686681 (88.7155)
507
 
Neigh time (%) = 0 (0)
508
 
Comm  time (%) = 0.000567853 (7.33636)
509
 
Outpt time (%) = 0 (0)
510
 
Other time (%) = 0.000305593 (3.9481)
511
 
 
512
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
513
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
514
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
515
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
516
 
Neighs:    15552 ave 15560 max 15537 min
517
 
Histogram: 1 0 0 0 0 0 1 0 0 2
518
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
519
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
520
 
 
521
 
Total # of neighbors = 124416
522
 
Ave neighs/atom = 54
523
 
Neighbor list builds = 0
524
 
Dangerous builds = 0
525
 
  velocity all set 0 0 0
526
 
  run 1
527
 
Setting up run ...
528
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
529
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
530
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
531
 
      13   -8155.6506            0   -8189.4905    58.187909        21.69        21.69 
532
 
      14   -8155.6506            0   -8189.4905    58.187909        21.69        21.69 
533
 
Loop time of 0.0298388 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
534
 
 
535
 
Pair  time (%) = 0.00234622 (7.86298)
536
 
Neigh time (%) = 0 (0)
537
 
Comm  time (%) = 0.000140786 (0.471822)
538
 
Outpt time (%) = 0.000484467 (1.62361)
539
 
Other time (%) = 0.0268673 (90.0416)
540
 
 
541
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
542
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
543
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
544
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
545
 
Neighs:    15552 ave 15642 max 15467 min
546
 
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1
547
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
548
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
549
 
 
550
 
Total # of neighbors = 124416
551
 
Ave neighs/atom = 54
552
 
Neighbor list builds = 0
553
 
Dangerous builds = 0
554
 
next i
555
 
jump in.consistency loop_i
556
 
  change_box all x scale 1.001 remap
557
 
Changing box ...
558
 
  orthogonal box = (-0.203048 -10.845 -10.845) to (58.043 10.845 10.845)
559
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
560
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
561
 
Setting up minimization ...
562
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
563
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
564
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
565
 
      14    -8155.467            0   -9531.6689    58.246097        21.69        21.69 
566
 
      15    -8155.467            0   -9531.6689    58.246097        21.69        21.69 
567
 
Loop time of 0.00734794 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
568
 
 
569
 
Minimization stats:
570
 
  Stopping criterion = energy tolerance
571
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
572
 
        -8155.46703122     -8155.46703122     -8155.46703122
573
 
  Force two-norm initial, final = 1.009e-12 7.09731e-13
574
 
  Force max component initial, final = 5.45874e-14 4.54584e-14
575
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 4.54584e-14
576
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
577
 
 
578
 
Pair  time (%) = 0.00674921 (91.8517)
579
 
Neigh time (%) = 0 (0)
580
 
Comm  time (%) = 0.00032419 (4.41198)
581
 
Outpt time (%) = 0 (0)
582
 
Other time (%) = 0.000274539 (3.73627)
583
 
 
584
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
585
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
586
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
587
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
588
 
Neighs:    15552 ave 15572 max 15532 min
589
 
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1
590
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
591
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
592
 
 
593
 
Total # of neighbors = 124416
594
 
Ave neighs/atom = 54
595
 
Neighbor list builds = 0
596
 
Dangerous builds = 0
597
 
  velocity all set 0 0 0
598
 
  run 1
599
 
Setting up run ...
600
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
601
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
602
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
603
 
      15    -8155.467            0   -9531.6689    58.246097        21.69        21.69 
604
 
      16    -8155.467            0   -9531.6689    58.246097        21.69        21.69 
605
 
Loop time of 0.0295253 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
606
 
 
607
 
Pair  time (%) = 0.00237668 (8.04961)
608
 
Neigh time (%) = 0 (0)
609
 
Comm  time (%) = 0.00020659 (0.699703)
610
 
Outpt time (%) = 0.00047797 (1.61885)
611
 
Other time (%) = 0.0264641 (89.6318)
612
 
 
613
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
614
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
615
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
616
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
617
 
Neighs:    15552 ave 15669 max 15428 min
618
 
Histogram: 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1
619
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
620
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
621
 
 
622
 
Total # of neighbors = 124416
623
 
Ave neighs/atom = 54
624
 
Neighbor list builds = 0
625
 
Dangerous builds = 0
626
 
next i
627
 
jump in.consistency loop_i
628
 
  change_box all x scale 1.001 remap
629
 
Changing box ...
630
 
  orthogonal box = (-0.232171 -10.845 -10.845) to (58.0722 10.845 10.845)
631
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
632
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
633
 
Setting up minimization ...
634
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
635
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
636
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
637
 
      16   -8155.2553            0   -10867.404    58.304343        21.69        21.69 
638
 
      17   -8155.2553            0   -10867.404    58.304343        21.69        21.69 
639
 
Loop time of 0.00736821 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
640
 
 
641
 
Minimization stats:
642
 
  Stopping criterion = energy tolerance
643
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
644
 
        -8155.25533188     -8155.25533188     -8155.25533188
645
 
  Force two-norm initial, final = 1.43358e-12 7.91452e-13
646
 
  Force max component initial, final = 8.69461e-14 3.39728e-14
647
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 3.39728e-14
648
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
649
 
 
650
 
Pair  time (%) = 0.00677371 (91.9316)
651
 
Neigh time (%) = 0 (0)
652
 
Comm  time (%) = 0.000338376 (4.59237)
653
 
Outpt time (%) = 0 (0)
654
 
Other time (%) = 0.000256121 (3.47603)
655
 
 
656
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
657
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
658
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
659
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
660
 
Neighs:    15552 ave 15577 max 15529 min
661
 
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 1 1
662
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
663
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
664
 
 
665
 
Total # of neighbors = 124416
666
 
Ave neighs/atom = 54
667
 
Neighbor list builds = 0
668
 
Dangerous builds = 0
669
 
  velocity all set 0 0 0
670
 
  run 1
671
 
Setting up run ...
672
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
673
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
674
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
675
 
      17   -8155.2553            0   -10867.404    58.304343        21.69        21.69 
676
 
      18   -8155.2553            0   -10867.404    58.304343        21.69        21.69 
677
 
Loop time of 0.0307941 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
678
 
 
679
 
Pair  time (%) = 0.00236946 (7.69453)
680
 
Neigh time (%) = 0 (0)
681
 
Comm  time (%) = 0.000199497 (0.64784)
682
 
Outpt time (%) = 0.000513554 (1.6677)
683
 
Other time (%) = 0.0277116 (89.9899)
684
 
 
685
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
686
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
687
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
688
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
689
 
Neighs:    15552 ave 15638 max 15446 min
690
 
Histogram: 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1
691
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
692
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
693
 
 
694
 
Total # of neighbors = 124416
695
 
Ave neighs/atom = 54
696
 
Neighbor list builds = 0
697
 
Dangerous builds = 0
698
 
next i
699
 
jump in.consistency loop_i
700
 
  change_box all x scale 1.001 remap
701
 
Changing box ...
702
 
  orthogonal box = (-0.261324 -10.845 -10.845) to (58.1013 10.845 10.845)
703
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
704
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
705
 
Setting up minimization ...
706
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
707
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
708
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
709
 
      18   -8155.0156            0   -12196.682    58.362647        21.69        21.69 
710
 
      19   -8155.0156            0   -12196.682    58.362647        21.69        21.69 
711
 
Loop time of 0.00725049 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
712
 
 
713
 
Minimization stats:
714
 
  Stopping criterion = energy tolerance
715
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
716
 
        -8155.01558008     -8155.01558008     -8155.01558008
717
 
  Force two-norm initial, final = 1.28582e-12 5.73333e-13
718
 
  Force max component initial, final = 7.8125e-14 4.13116e-14
719
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 4.13116e-14
720
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
721
 
 
722
 
Pair  time (%) = 0.00671351 (92.5939)
723
 
Neigh time (%) = 0 (0)
724
 
Comm  time (%) = 0.000296533 (4.08984)
725
 
Outpt time (%) = 0 (0)
726
 
Other time (%) = 0.000240445 (3.31626)
727
 
 
728
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
729
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
730
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
731
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
732
 
Neighs:    15552 ave 15592 max 15514 min
733
 
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1
734
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
735
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
736
 
 
737
 
Total # of neighbors = 124416
738
 
Ave neighs/atom = 54
739
 
Neighbor list builds = 0
740
 
Dangerous builds = 0
741
 
  velocity all set 0 0 0
742
 
  run 1
743
 
Setting up run ...
744
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
745
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
746
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
747
 
      19   -8155.0156            0   -12196.682    58.362647        21.69        21.69 
748
 
      20   -8155.0156            0   -12196.682    58.362647        21.69        21.69 
749
 
Loop time of 0.0297967 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
750
 
 
751
 
Pair  time (%) = 0.00233924 (7.85069)
752
 
Neigh time (%) = 0 (0)
753
 
Comm  time (%) = 0.00017792 (0.597113)
754
 
Outpt time (%) = 0.000502944 (1.68792)
755
 
Other time (%) = 0.0267766 (89.8643)
756
 
 
757
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
758
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
759
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
760
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
761
 
Neighs:    15552 ave 15677 max 15419 min
762
 
Histogram: 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1
763
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
764
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
765
 
 
766
 
Total # of neighbors = 124416
767
 
Ave neighs/atom = 54
768
 
Neighbor list builds = 0
769
 
Dangerous builds = 0
770
 
next i
771
 
jump in.consistency loop_i
772
 
  change_box all x scale 1.001 remap
773
 
Changing box ...
774
 
  orthogonal box = (-0.290505 -10.845 -10.845) to (58.1305 10.845 10.845)
775
 
  minimize  1.e-10 1.e-10 100000 1000000
776
 
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173)
777
 
Setting up minimization ...
778
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
779
 
Memory usage per processor = 24.3939 Mbytes
780
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
781
 
      20   -8154.7478            0   -13519.498     58.42101        21.69        21.69 
782
 
      21   -8154.7478            0   -13519.498     58.42101        21.69        21.69 
783
 
Loop time of 0.00733876 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
784
 
 
785
 
Minimization stats:
786
 
  Stopping criterion = energy tolerance
787
 
  Energy initial, next-to-last, final = 
788
 
        -8154.74781829     -8154.74781829     -8154.74781829
789
 
  Force two-norm initial, final = 1.23916e-12 7.54091e-13
790
 
  Force max component initial, final = 6.14256e-14 4.77318e-14
791
 
  Final line search alpha, max atom move = 1 4.77318e-14
792
 
  Iterations, force evaluations = 1 2
793
 
 
794
 
Pair  time (%) = 0.00675911 (92.1015)
795
 
Neigh time (%) = 0 (0)
796
 
Comm  time (%) = 0.000314295 (4.28267)
797
 
Outpt time (%) = 0 (0)
798
 
Other time (%) = 0.00026536 (3.61587)
799
 
 
800
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
801
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
802
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
803
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
804
 
Neighs:    15552 ave 15601 max 15502 min
805
 
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1
806
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
807
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
808
 
 
809
 
Total # of neighbors = 124416
810
 
Ave neighs/atom = 54
811
 
Neighbor list builds = 0
812
 
Dangerous builds = 0
813
 
  velocity all set 0 0 0
814
 
  run 1
815
 
Setting up run ...
816
 
 ATC: computing bond matrix ...........done
817
 
Memory usage per processor = 23.4019 Mbytes
818
 
Step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
819
 
      21   -8154.7478            0   -13519.498     58.42101        21.69        21.69 
820
 
      22   -8154.7478            0   -13519.498     58.42101        21.69        21.69 
821
 
Loop time of 0.0291134 on 4 procs for 1 steps with 2304 atoms
822
 
 
823
 
Pair  time (%) = 0.00235003 (8.07199)
824
 
Neigh time (%) = 0 (0)
825
 
Comm  time (%) = 0.000175238 (0.601914)
826
 
Outpt time (%) = 0.000495434 (1.70174)
827
 
Other time (%) = 0.0260927 (89.6244)
828
 
 
829
 
Nlocal:    576 ave 576 max 576 min
830
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
831
 
Nghost:    1692 ave 1692 max 1692 min
832
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
833
 
Neighs:    15552 ave 15703 max 15408 min
834
 
Histogram: 1 0 1 0 0 0 1 0 0 1
835
 
FullNghs:  31104 ave 31104 max 31104 min
836
 
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
837
 
 
838
 
Total # of neighbors = 124416
839
 
Ave neighs/atom = 54
840
 
Neighbor list builds = 0
841
 
Dangerous builds = 0
842
 
next i
843
 
jump in.consistency loop_i
 
1
No protocol specified
 
2
--------------------------------------------------------------------------
 
3
mpirun was unable to launch the specified application as it could not access
 
4
or execute an executable:
 
5
 
 
6
Executable: ../../../lmp_openmpi
 
7
Node: mithrandir
 
8
 
 
9
while attempting to start process rank 0.
 
10
--------------------------------------------------------------------------
 
11
4 total processes failed to start