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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/protein_folding_examples/1bead+chaperone/unfrustrated+chaperonin/moltemplate_files/chaperonin.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/coarse_grained_examples/protein_folding_examples/1bead+chaperone/unfrustrated+chaperonin/moltemplate_files/chaperonin.lt
 
1
# Here we define a trivial molecule containing only one particle.
 
2
 
 
3
Chaperonin {
 
4
 
 
5
  # atomID molID atomType charge   x  y  z
 
6
 
 
7
  write("Data Atoms") {
 
8
    $atom:C $mol @atom:C   0.0   0.0 0.0 0.0
 
9
  }
 
10
 
 
11
  write_once("Data Masses") {
 
12
    @atom:C 100.0
 
13
  }
 
14
 
 
15
  write_once("In Settings") {
 
16
    # If for some reason there are multiple chaperones present, 
 
17
    # I assume that they interact repulsively (hence, L=0)
 
18
    #            i       j                              epsilon sigma K L
 
19
 
 
20
    pair_coeff @atom:C @atom:C lj/charmm/coul/charmm/inter 1.0   6.0  1 0
 
21
 
 
22
    # Optional: define the atoms in the "chaperonins" group:
 
23
    # (Defining a group for the chaperone makes it easy to immobilize it later.)
 
24
 
 
25
    group chaperonins type @atom:C
 
26
  }
 
27
 
 
28
 
 
29
  # Specify which pair_styles, and atom styles work well with 
 
30
  # this model.  (Again this can be overridden later.)
 
31
 
 
32
  write_once("In Init") {
 
33
    units       lj
 
34
    atom_style  full
 
35
    pair_style  hybrid lj/charmm/coul/charmm/inter es4k4l maxmax 11.0 12.0
 
36
  }
 
37
 
 
38
} # Chaperonin
 
39
 
 
40
# We have not specified how this particle interacts with other particles
 
41
# besides itself.  Later on you must do this.