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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_misc/2bead_heteropolymer/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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tools/moltemplate/examples/CG_misc/2bead_heteropolymer/run.in.nvt
1
 
# -- Init Section --
2
 
 
3
 
include system.in.init
4
 
 
5
 
# -- Atom Definition Section --
6
 
 
7
 
# I you want to be careful, you can minimize the system first.  (Try using 
8
 
# "run.in.min" and uncomment the read_restart command in this file below.)
9
 
# read_restart system_after_min.rst
10
 
 
11
 
read_data system.data
12
 
 
13
 
# -- Settings Section --
14
 
 
15
 
include system.in.settings
16
 
 
17
 
# -- Run Section --
18
 
 
19
 
 
20
 
timestep        2.0
21
 
dump            1 all custom 2500 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
22
 
 
23
 
# To use Langevin dynamics in LAMMPS you need both "fix langevin" and "fix nve".
24
 
# (See http://lammps.sandia.gov/doc/fix_langevin.html for details.)
25
 
 
26
 
fix fxlan all langevin 300.0 300.0 5000.0 48279
27
 
fix fxnve all nve
28
 
 
29
 
 
30
 
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol epair ebond eangle edihed
31
 
thermo          2500  # time interval for printing out "thermo" data
32
 
 
33
 
restart         1000000  restart_nvt
34
 
 
35
 
run             1000000
36
 
 
37
 
write_restart  system_after_nvt.rst
38