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Viewing changes to doc/compute_property_molecule.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2015-04-29 23:44:49 UTC
  • mfrom: (5.1.3 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150429234449-mbhy9utku6hp6oq8
Tags: 0~20150313.gitfa668e1-1
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Lines of Context:
doc/compute_property_molecule.txt
1
 
"LAMMPS WWW Site"_lws - "LAMMPS Documentation"_ld - "LAMMPS Commands"_lc :c
2
 
 
3
 
:link(lws,http://lammps.sandia.gov)
4
 
:link(ld,Manual.html)
5
 
:link(lc,Section_commands.html#comm)
6
 
 
7
 
:line
8
 
 
9
 
compute property/molecule command :h3
10
 
 
11
 
[Syntax:]
12
 
 
13
 
compute ID group-ID property/molecule input1 input2 ... :pre
14
 
 
15
 
ID, group-ID are documented in "compute"_compute.html command :ulb,l
16
 
property/molecule = style name of this compute command :l
17
 
input = one or more attributes :l
18
 
  possible attributes = mol cout
19
 
    mol = molecule ID
20
 
    count = # of atoms in molecule :pre
21
 
:ule
22
 
 
23
 
[Examples:]
24
 
 
25
 
compute 1 all property/molecule mol :pre
26
 
 
27
 
[Description:]
28
 
 
29
 
Define a computation that stores the specified attributes as global
30
 
data so it can be accessed by other "output
31
 
commands"_Section_howto.html#howto_15 and used in conjunction with
32
 
other commands that generate per-molecule data, such as "compute
33
 
com/molecule"_compute_com_molecule.html and "compute
34
 
msd/molecule"_compute_msd_molecule.html.
35
 
 
36
 
The ordering of per-molecule quantities produced by this compute is
37
 
consistent with the ordering produced by other compute commands that
38
 
generate per-molecule datums.  Conceptually, them molecule IDs will be
39
 
in ascending order for any molecule with one or more of its atoms in
40
 
the specified group.
41
 
 
42
 
The {mol} attribute is the molecule ID.  This attribute can be used to
43
 
produce molecule IDs as labels for per-molecule datums generated by
44
 
other computes or fixes when they are output to a file, e.g. by the
45
 
"fix ave/time"_fix_ave_time.html command.
46
 
 
47
 
The {count} attribute is the number of atoms in the molecule.
48
 
 
49
 
[Output info:]
50
 
 
51
 
This compute calculates a global vector or global array depending on
52
 
the number of input values.  The length of the vector or number of
53
 
rows in the array is the number of molecules.  If a single input is
54
 
specified, a global vector is produced.  If two or more inputs are
55
 
specified, a global array is produced where the number of columns =
56
 
the number of inputs.  The vector or array can be accessed by any
57
 
command that uses global values from a compute as input.  See "this
58
 
section"_Section_howto.html#howto_15 for an overview of LAMMPS output
59
 
options.
60
 
 
61
 
The vector or array values will be integers that correspond to the
62
 
specified attribute.
63
 
 
64
 
[Restrictions:] none
65
 
 
66
 
[Related commands:] none
67
 
 
68
 
[Default:] none